3.2. Nghiên cứu đa hình của 10 giống lạc bằng kỹ thuật RAPD
3.2.2. Kết quả phân tích đa hình ADN bằng kỹ thuật RAPD
Kết quả phản ứng RAPD - PCR được thể hiện ở sự xuất hiện các băng ADN trên bản gel điện di. Mỗi đoạn ADN được nhân lên khi điện di sẽ cho một vạch có vị trí nhất định trên băng gel, kích thước đoạn ADN được nhân bản càng lớn sẽ di chuyển càng chậm và xuất hiện băng ở gần điểm xuất phát so với đoạn có kích thước nhỏ. Các mồi khác nhau sẽ cho kết quả các băng nhận được là khác nhau.
Trong nghiên cứu này, chúng tôi đã sử dụng tổng số 14 mồi để khảo sát đa hình với 10 giống lạc. Kết quả 14 mồi đều cho đa hình. Kết quả phân tích đa hình của các mồi nghiên cứu được thể hiện ở bảng 3.4.
Bảng 3.4. Kết quả phân tích đa hình của các mồi RAPD STT Ký
hiệu
Tổng số băng
Kích thước các băng
Số băng đa hình
Tỷ lệ băng đa hình
1 OPA02 39 400bp-1500bp 29 74,34%
2 OPA03 30 750bp-2500bp 20 66,67%
3 OPA04 40 400bp-1800bp 20 50,00%
4 OPA09 32 480bp-1000bp 22 68,75%
5 OPA10 27 500bp-1350bp 17 62,96%
6 OPA11 32 750bp-1800bp 22 68,75%
7 OPA12 35 270bp-1450bp 25 71,43%
8 OPA17 29 750bp-1500bp 19 65,52%
9 OPA18 28 400bp-1350bp 18 64,29%
10 OPB06 23 400bp-1400bp 13 56,52%
11 OPB07 26 400bp-1400bp 26 100%
12 OPB17 31 670bp-2000bp 21 67,74%
13 OPC11 28 300bp-1400bp 28 100%
14 OPM02 37 250bp-1450bp 27 72,97%
Tổng 437 307
Số liệu bảng 3.4 cho thấy, số băng thu được ở cả 14 mồi là 437, trong đó có 307 băng đa hình chiếm 70,25%. Số băng/mồi trung bình là 31,21 băng.
Mức độ đa hình của các mồi từ 50%-100%, cao nhất là 100% đạt được với 2 mồi là OPB17 và OPC11, mức độ đa hình thấp nhất là mồi OPA04 đạt 50%.
Tính đa hình không phụ thuộc vào số lượng băng ADN xuất hiện đối với mồi ngẫu nhiên, bởi có những mồi xuất hiện nhiều băng ADN nhưng lại có nhiều băng đơn hình. Chẳng hạn mồi OAP04 xuất hiện số băng nhiều nhất là 40 băng nhưng có 20 băng đơn hình chiếm 50% và chỉ có 20 băng đa hình.
Mồi OPA03 Mồi OPA17
Mồi OPA18 Mồi OPA12
Hình 3.4. Ảnh điện di sản phẩm RAPD trên gel agarose 0,8% của 10 giống lạc với một số mồi
Ghi chú: 1: Lạc Lỳ 2: L08 3: L12 4: L14 5: L18 6: L19 7: L23 8: L26 9: Sen Lai 10: TB25
Bằng phương pháp thống kê các băng xuất hiện ở các locut (1), không xuất hiện (0) và xử lý bằng phần mềm NTSYSpc21 với hệ số tương đồng Jaccard, chúng tôi đã thu được bảng hệ số tương đồng của 10 giống lạc nghiên cứu và cây quan hệ di truyền của 10 giống. Kết quả được trình bày ở bảng 3.5 và hình 3.5.
Bảng 3.5. Hệ số tương đồng Jaccard giữa các giống lạc nghiên cứu
Giống Lạc Lỳ L08 L12 L14 L18 L19 L23 L26 Sen Lai TB25 Lạc Lỳ 1,0000
L08 0,5750 1,0000
L12 0,6125 0,5375 1,0000
L14 0,6000 0,6000 0,5625 1,0000
L18 0,5750 0,5500 0,6125 0,5750 1,0000
L19 0,6125 0,5875 0,6500 0,6125 0,5375 1,0000
L23 0,5250 0,5500 0,6375 0,5000 0,5750 0,5125 1,0000
L26 0,5625 0,7125 0,5750 0,5375 0,6125 0,5750 0,6375 1,0000
Sen Lai 0,6375 0,5875 0,5250 0,6375 0,5375 0,5750 0,5125 0,5250 1,0000
TB25 0,4875 0,5625 0,5750 0,5875 0,6125 0,5500 0,5375 0,4750 0,5250 1,0000
Phân tích số liệu ở bảng 3.5 cho thấy, hệ số tương đồng Jaccard của 10 giống lạc dao động từ 0,4750 đến 0,7125. Trong đó giống L08 và L26 có hệ số tương đồng cao nhất là 0,7125; sau đó là hai giống L12 và L19 có hệ số tương đồng là 0,65. Hai giống có hệ số tương đồng thấp nhất là giống L26 và TB25 đạt giá trị 0,475 (hai giống này đều thuộc nhóm năng suất cao), tiếp theo là giống TB25 và lạc Lỳ đạt giá trị 0,4875.
Trong nhóm giống lạc năng suất thấp, hệ số tương đồng của giống lạc ở mức tương đối cao, cao nhất là giống lạc Lỳ và Sen Lai là 0,6375, tiếp theo là giữa giống lạc Lỳ và L12 là 0,6125, của giống L12 và Sen Lai là 0,5250.
Dựa vào sơ đồ hình 3.5 về mối quan hệ di truyền của 10 giống lạc nghiên cứu cho thấy, nếu xét ở mức độ tương đồng 0,57; 10 giống lạc được chia thành 3 nhóm như sau:
Nhóm I: Lạc Lỳ, Sen Lai, L14, L12, L19 với hệ số tương đồng từ 0,575 đến 0,65.
Nhóm II: L08, L26, L23 có hệ số tương đồng là 0,58, trong đó giống L08 và L26 có quan hệ chặt về mặt di truyền.
Nhóm III: L18, TB25 có hệ số tương đồng là 0,6125.
Coefficient
0.55 0.59 0.63 0.67 0.71
10MW
1
9
4
3
6
2
8
7
5
10
Hình 3.5. Sơ đồ hình cây về mối quan hệ di truyền của 10 giống lạc Ghi chú: 1: Lạc Lỳ 2: L08 3: L12 4: L14 5: L18
6: L19 7: L23 8: L26 9: Sen Lai 10: TB25 Từ kết quả cho thấy, hai giống L26 và TB25 có năng suất cao thuộc hai nhóm khác nhau, các giống có năng suất thấp như lạc Lỳ, Sen Lai, L12 thuộc cùng một nhóm (nhóm I) và có hệ số tương đồng khá cao. Điều này cho thấy giữa các nhóm năng suất thấp có quan hệ gần nhau về mặt di truyền, cũng thể hiện một đặc điểm là năng suất thực thu ở mức thấp, trong khi đó hai nhóm năng suất cao lại có mối quan hệ khác xa nhau hơn. Điều này là do trong quá trình lai tạo giống, các giống có năng suất cao có thể được tạo ra từ nhiều con đường khác nhau và ít có mối quan hệ với nhau về mặt di truyền nhưng lại đều thể hiện năng suất vượt trội.
Kết quả nghiên cứu cũng cho thấy 10 giống lạc nghiên cứu đa hình về mặt phân tử, có sự khác nhau về mặt di truyền và có nguồn gốc khác nhau.
I
II
III