bằng chiều dài nhỏnh rất nhỏ hoặc bằng 0. Xột trờn
gen D-loop, hỡnh 2 cho thấy phõn thành 2 nhỏnh trong đú 7 đàn nghiờn cứu vào một nhỏnh, nhỏnh cịn lại chỉ cú NC 001606. Điều đú cú nghĩa 7 đàn cỏ cú mối quan hệ di truyền gần gũi khi xột trờn gen D- loop. Để hiểu rừ hơn mối quan hệ di truyền của 7 đàn này dựa trờn gen D-loop, tiếp tục xõy dựng cõy phỏt sinh loài phõn tử với phương phỏp tương tự và dữ liệu chỉ loại bỏ NC 001606 (Hỡnh 3). Theo hỡnh 3, đàn VN sau đú là đàn V1 là những đàn cú mối quan hệ di truyền xa hơn với cỏc đàn cũn lạị
4. KẾT LUẬN
Kết quả phõn tớch đa dạng di truyền của 7 đàn cỏ chộp dựa trờn phõn tớch trỡnh tự gen COI và D-loop thuộc mtDNA cho thấy cỏ chộp VN và V1 cú đa dạng haplotype và nucleotide cao nhất. Cỏc đàn cỏ nghiờn cứu cú sai khỏc di truyền lớn, đặc biệt là sai khỏc giữa cỏ chộp SE với tất cả cỏc đàn cỏ cũn lạị Kết quả phõn tớch AMOVA dựa trờn gen COI cho thấy cỏc đàn cỏ cú cấu trỳc quần thể rừ ràng. Cõy phỏt sinh loài phõn tử thể hiện mối quan hệ di truyền xa giữa SE và cỏc đàn cỏ cũn lại (xột trờn gen COI) và mối quan hệ di truyền gần gũi của 7 đàn cỏ nghiờn cứu (xột trờn gen D-loop).
LỜI CẢM ƠN
Nhúm tỏc giả xin chõn thành cảm ơn Viện Nghiờn cứu Nuụi trồng Thủy sản I đó cấp kinh phớ để thực hiện nghiờn cứu nàỵ
TÀI LIỆU THAM KHÁO
1. Chang Ỵ S., Huang F. L., Lo T. B., 1994. The complete nucleotide sequence and gene organization of carp (Cyprinus carpio) mitochondrial genomẹ J. Mol. Evol. 38 (2), 138-155.
2. Excoffier L., Laval G., Schneider S., 2005. Arlequin ver. 3.0: An integrated software package for population genetics data analysis. Evol. Bioinform. (1) 47–50.
3. Hall T. Ạ, 1999. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. Nucleic Acids Symposium Series, 41, 95-98.
4. Hubert N., Hanner R., Holm Ẹ, Mandrak N. Ẹ, Taylor Ẹ, Burridge M., Watkinson D., Dumont P., Curry Ạ, Bentzen P., Zhang J., 2008. Identifying Canadian freshwater fishes through DNA barcodes. PLoS one, 3(6), p.e2490.
5. Karnai, L. and Ị Szűcs., 2018. Outlooks and perspectives of the common carp production. Roczniki Naukowe Stowarzyszenia Ekonomistúw Rolnictwa i Agrobiznesu XX: 64-71.
6. Kohlmann K and Kersten P., 2013. Deeper insight into the origin and spread of European common carp (Cyprinus carpio carpio) based on mitochondrial D-loop sequence polymorphisms. Aquaculture, 376–379:97–104.
7. Kumar S., Stecher G., Li M., Knyaz C., and Tamura K., 2018. MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across computing platforms. Molecular Biology and Evolution 35:1547-1549.
8. Nguyễn Quang Huy, 2017. Bỏo cỏo tổng kết nhiệm vụ “Bảo tồn, lưu giữ nguồn gen và giống thủy sản”. Viện Nghiờn cứu Nuụi trồng Thủy sản 1. Bộ Nụng nghiệp và Phỏt triển nụng thụn.
9. Rahman M. M., 2015. Effects of co-cultured common carp on nutrients and food web dynamics in rohu aquaculture ponds. Aquacult Environ Interact 6:223–232.
10. Rozas J., Ferrer-Mata Ạ, Sỏnchez-DelBarrio J. C., Guirao-Rico S., Librado P., Ramos-Onsins S. Ẹ, Sỏnchez-Gracia, Ạ, 2017. DnaSP 6: DNA sequence polymorphism analysis of large data sets. Molecular biology and evolution 34(12): 3299-3302.
11. Sambrook J and Russell D., 2001. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. Cold Spring Harbor, N.Ỵ: Cold Spring Harbor Laboratory Press.
12. Thai B. T., Pham T. Ạ, Austin C. M., 2006. Genetic diversity of common carp in Vietnam using direct sequencing and SSCP analysis of the mitochondrial DNA control region. Aquaculture 258(1):228-240.
13. Ward R. D., Zemlak T. S., Innes B. H., Last P. R. and Hebert P. D., 2005. DNA barcoding Australiỏs fish species. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 360(1462):1847-1857.
14. Weber M. J. and Brown M. L., 2011. Relationships among invasive common carp, native fishes and physicochemical characteristics in upper Midwest (USA) lakes. Ecology of Freshwater Fish, 20(2):270-278.
15. Zhao Ỵ, Zheng X., Zhu X., Kuang Ỵ, Sun X., 2020. Genetic variation of common carp Cyprinus carpio L. in China based on mitochondrial COII genẹ Aquaculture Reports 18: 100462.
Nông nghiệp và phỏt triển nụng thụn - KỲ 2 - THáNG 5/2021
100
GENETIC DIVERSITY AND POPULATION STRUCTURE OF COMMON CARP POPULATIONS IN VIETNAM Vu Thi Trang1*, Luu Thi Ha Giang1, Pham Hong Nhat1, Le Van Khoi1, Bui Thi Anh Nguyet2, Nguyen Huu Duc2, Dang Thi Lua1, 2
1Research Institute for Aquaculture Nọ1 (RIA1)
2Vietnam National University of Agriculture (VNUA) Email: vttrang@ria1.org Summary
In this study, genetic diversity, population structure, and phylogenetics of 7 common carp strains including Vietnamese white carp (VN), breeding carp V1 (V1), Hungarian scaly carp (HV), Indonesian goldfish (IN), Hungarian scaly carp Tata (TAT), Hungarian scaly carp Szarvas (SZA) and Czech Republic carp (SE) based on COI and D-loop sequences analysis. Results showed that VN and V1 were the highest genetic diversity populations while HV, TAT, SZA, SE, and IN had low genetic diversity in both COI and D-loop genes. This study identified a total of 53 haplotypes and all haplotype sequences were deposited in the GenBank database, accession numbers MW450991-MW451003 (for COI gene) and MW463062-MW463101 (for D- loop gene). In terms of genetic differentiation, the most notable was the genetic difference in the COI gene between SE and all other populations, specifically, between SE and HV, SE and SZA (both had FST = 1), this suggests that there was no genetic sharing between these populations based on studied genes. All populations had a clear population structure due to the significant contribution of genetic differences among populations based on COI AMOVA analysis. Phylogenetic presented a long genetic relationship between SE and other remaining populations (for COI gene) and a close genetic relationship of 7 studied populations (for D-loop gene). Our research contributed to creating a database of references and supporting studies that need information on genetic resources of some common carp populations in Vietnam as well as serving for breeding and conserving genetic resources.
Keywords: COI, D-loop, common carp, genetic diversity, haplotypẹ Người phản biện: PGS.TS. Nguyễn Hữu Ninh
Ngày nhận bài: 18/02/2021
Ngày thụng qua phản biện: 18/3/2021 Ngày duyệt đăng: 25/3/2021
Nụng nghiệp và phỏt triển nụng thụn - KỲ 2 - THáNG 5/2021 101