Trong công tác quản lý trại giam, hiện nay Nhà nước Việt Nam đang áp dụng các hình thức quản lý, giam giữ đối với phạm nhân nhƣ sau:
1.2.3.1. Giam giữ phạm nhân theo khu
Theo Điều 27, Luật Thi hành án hình sự: căn cứ tính chất tội phạm, mang án của người chấp hành án phạt tù, trại giam tổ chức giam giữ phạm nhân thành 2 khu (Khu giam giữ người bị kết án tù trên 15 năm, tù chung thân, thuộc loại tái phạm nguy hiểm; khu giam giữ người bị kết án tù từ 15 năm tù trở xuống)
+ Khu I: là nơi giam giữ người bị kết án tù trên 15 năm, tù chung thân người bị kết án tù thuộc loại tái phạm nguy hiểm. Khu này bố trí ở phân trại gần trung tâm chỉ huy của trại giam.
+ Khu II: là nơi giam giữ những người bị kết án tù từ 15 năm trở xuống.
Trên thực tế hiện nay, tất cả các trại giam thuộc bộ Công an quản lý đƣợc cơ cấu thành một số phân trại, các phân trại phân bổ trên địa bàn rộng nhiều phân trại cách xa trung tâm, vì vậy, việc tổ chức giam giữ phạm nhân ở các trại giam là hết sức khó khăn trong quá trình thực hiện theo quy định của Luật Thi hành án hình sự và hướng dẫn của Tổng cục cảnh sát thi hành án hình sự và hỗ trợ tƣ pháp.
Tổ chức giam giữ phạm nhân theo khu trong mỗi trại giam đã làm thay đổi căn bản hình thức giam giữ phạm nhân theo loại trại giam trước đây. Tuy nhiên, hình thức giam giữ này đã đảm bảo đƣợc yêu cầu và nguyên tắc của công tác giam giữ phạm nhân là nghiêm ngặt, chặt chẽ, phân hóa đối tƣợng giam giữ;
là cơ sở tiến hành áp dụng các chính sách và đề ra các biện pháp giáo dục, cảm hóa phạm nhân trong quá trình chấp hành hình phạt.
Việc tổ chức giam giữ phạm nhân theo khu đã khắc phục đƣợc tình trạng tập trung số lƣợng đông phạm nhân nguy hiểm, mức án cao, nhiều tiền án, tiền sự vào một trại giam (trại giam loại I trước đây) gây ra tình trạng căng thẳng, khó khăn cho công tác quản lý giam giữ phạm nhân. Tổ chức giam giữ phạm nhân theo khu đảm bảo sự bình đẳng trong công tác, đồng thời huy động đƣợc sức mạnh tổng hợp của toàn bộ hệ thống trại giam. Mỗi trại giam đều có điều kiện củng cố, xây dựng ngày càng phát triển và đóng góp vào sự nghiệp giáo dục cải tạo người phạm tội.
Tổ chức giam giữ phạm nhân theo khu ở các trại giam tạo điều kiện cho phạm nhân chấp hành hình phạt tù gần địa phương nơi cư trú và tạo điều kiện thuận lợi cho thân nhân gia đình phạm nhân trong việc thăm nuôi, phối hợp với trại giam để giáo dục phạm nhân [4].
1.2.3.2. Giam giữ phạm nhân theo loại
Giam giữ phạm nhân theo loại là hình thức giam giữ phạm nhân theo những loại ký hiệu khác nhau. Khi tổ chức giam giữ phạm nhân không đƣợc giam chung cùng buồng những phạm nhân khác loại ký hiệu. Tùy theo tính chất tội phạm mà bố trí đội và buồng giam cho phù hợp.
Ngoài ra, số phạm nhân phạm tội xâm phạm an ninh quốc gia, phạm nhân có quốc tịch nước ngoài được tổ chức giam cùng một phân trại hoặc khu riêng đảm bảo nghiêm ngặt, chặt chẽ đáp ứng yêu cầu nghiệp vụ, pháp luật và đối ngoại. Không giam chung phạm nhân có các tội về xâm phạm an ninh quốc gia với phạm nhân có án tù về các tội liên quan đến trật tự an toàn xã hội trong cùng một buồng, một đội.
Giam giữ phạm nhân theo loại đã tách riêng đƣợc số phạm nhân phạm tội chống đối, không chịu cải tạo với các phạm nhân ăn năn hối cải… để lực lƣợng cảnh sát thi hành án hình sự và hỗ trợ tƣ pháp sử dụng biện pháp quản lý, giam giữ phù hợp.
- Giam giữ phạm nhân trong các trường hợp đặc biệt
Ngoài hai hình thức giam giữ nêu trên, Bộ Công an còn hướng dẫn tổ chức giam giữ trong một số trường hợp đặc biệt sau:
+ Giam giữ phạm nhân vi phạm kỷ luật tại buồng kỷ luật.
Những phạm nhân có hành vi vi phạm nội quy, quy chế trại giam ở mức phải xử lý bằng hình thức phạt giam trong nhà kỷ luật thì giám thị trại giam ký quyết định giam trong buồng kỷ luật đến 7 ngày và có thể gia hạn đến 15 ngày.
+ Giam giữ riêng những phạm nhân thuộc loại đặc biệt nguy hiểm hoặc do yêu cầu chính trị, nghiệp vụ.
+ Giam giữ phạm nhân ở trại tạm giam, nhà tạm giữ.
Giam giữ phạm nhân ở trại tạm giam, nhà tạm giữ, đây là hình thức giam giữ thường được áp dụng đối với những người phạm tội lần đầu, phạm tội ít nghiêm trọng, thuộc thành phần cơ bản và có thái độ thành khẩn, ăn năn hối cải.
Những phạm nhân này phải đƣợc quản lý và giam giữ ở khu vực riêng, tách biệt với khu giam giữ người bị tạm giữ, tạm giam.
Giám thị trại tạm giam chịu trách nhiệm về việc quản lý, giam giữ, giáo dục người chấp hành hình phạt tù tại trại tạm giam theo quy định của pháp luật về thi hành án phạt tù. Người chấp hành hình phạt tù tại trại tạm giam có nghĩa vụ và quyền lợi như người chấp hành hình phạt tù tại trại giam.