10 A/Duck/VNBN/06/12 Vịt Bắc Ninh 24/02/
3.1.2. c tính di truyền (gene H5) của các chủng virút phân lập
Chúng tôi ñã giải trình tự các chủng vi rút cúm A phân lập từ thực ñịa, sử dụng vi rút nhân lên lần ñầu ñể chuẩn bị cDNA, giải trình tự vùng gene mã hóa cho Haemagglutilin. ðể ñánh giá quan hệ phát sinh loài (chủng vi rút), chúng tôi xây dựng cây phả hệ như trình bày ở hình 3.1.
Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận văn thạc sỹ khoa học Nông nghiệp ……… 41
Hình 3.1: Phả hệ vi rút cúm gia cầm clade 2.3.2.1
Ghi chú : Cây phả hệ phát sinh loài ñược xây dựng với sự hỗ trợ của phần mềm multiple sequence alignment Clustal Omega, quan hệ phát sinh loài ñược tính toán theo phương pháp neiborjoining với ñộ tin cậy qua 1000 lần lập lại (boostrap). Trình tự nucleotid ñã sử dụng bao gồm: Trình tự gene H5 mã hóa gene H5, với sử dụng 1080 bp mã hóa cho gene H vùng aa 35-374; trình tự của 22 chủng trong ñó có 10 chủng ñược sử dụng trong nghiên cứ này do Viện Thú Y cung cấp, một trình tự Acc No DQ797891 là từ geme bank.
Nhận xét:
Theo dõi sự phát sinh loài vi rút cúm gia cầm ñối với các ổ dịch xảy ra tại thực ñịa, kết quả ở hình 3.1 cho thấy :
(1) Cho ñến thời ñiểm hiện tại, ñã có ít nhất 3 clade vi rút gây dịch cúm gia cầm chủ yếu tại Việt Nam từ 2003: Clade 1; clade 2.3.4 và clade 2.3.2. Trong ñó, clade 2.3.2 sau này diễn biến khá phúc tạp và ñược chia nhỏ thành các nhánh clade 2.3.2.1A; 2.3.2.1B và 2.3.2.1C.
(2) Tại cây phả hệ ở hình 3.1, vi rút cúm gia cầm clade 1 xuất hiện năm 2003; clade 2.3.4 xuất hiện từ 2007 tiếp tục tồn tại ñến 2009; clade 2.3.2.1A xuất hiện từ năm 2009 và lưu hành ñến thời ñiểm ghi nhận tháng 3 năm 2010 ; clade
Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận văn thạc sỹ khoa học Nông nghiệp ……… 42 2.3.2.1B xuất hiện tháng 2/2010 lưu hành phổ biến trong năm 2011 và năm 2012, ñến tháng 7/2012 clade 2.3.2.1C xuất hiện. Tuy nhiên, ñôi khi vẫn phát hiện sự tồn tại của clade 2.3.2.1B vào năm 2013 (số liệu của Viện Thú Y, chủng này phát hiện gần ñây nên không nằm trong ñối tượng ñược phân tích tại nghiên cứu này).
(3) Sự xuất hiện của một clade mới dường như thay thế cho clade trước ñây tại một vùng ñịa lý xác ñịnh. Tuy nhiên trong phạm vi cả nước, cho ñến nay theo số liệu của Cục Thú Y, clade 1 vẫn tồn tại ở một số tỉnh phía Nam, clade 2.3.4 dường như chưa có thông báo còn lưu hành, clade 2.3.2.1B phổ biến nhất tại thời ñiểm chúng tôi nghiên cứu và vẫn rải rác xuất hiện; hiện tại clade 2.3.2.1C là phổ biến.
(4) Cả 10 chủng vi rút chúng tôi lựa chọn ñể nghiên cứu ñều thuộc về clade 2.3.2.1B. Theo quy tắc gọi tên vi rút cúm A, các chủng có trình tự nucleotid khác nhau trên 1,5% mức tương ñồng nucleotide ñược xem là thuộc về clade mớị Những chủng vi rút chúng tôi nghiên cứu có ñộ tương ñồng nucleotide trên 98% và ñược phân loại vào cùng clade 2.3.2.1B.