Header Page of 128 Xác định tên số lồi thuộc chi tre (Bambusa Schreb.) biến đổi hình thái Việt Nam kỹ thuật phân tích AND Nguyễn Thị Thúy Hằng Trường Đại học Khoa học Tự nhiên Luận văn ThS chuyên ngành: Di truyền học; Mã số: 60 42 70 Người hướng dẫn: PGS.TS Đinh Thị Phòng Năm bảo vệ: 2012 Abstract: Nghiên cứu dạng biến đổi hình thái mẫu lồi có phải loài tre Bụng phật tre Vàng sọc tre Đùi gà không ? Tre Bụng phật tre Vàng sọc có phải lồi B vulgaris ? Tre Đùi gà (B ventricosa) có phải biến danh lồi Hóp nhỏ (B tuldoides) hay khơng ? Giải trình tự nucleotide 01 vùng gen nhân (PIF) 03 vùng gen lục lạp (trnL-trnF, psbA-trnH matK) cho 19 mẫu ba loài tre Bụng phật (Bambusa vulgaris Schr cv Wamin McClure), tre Vàng sọc (Bambusa vulgaris Schr ex Wendland cv Vittata McClure) tre Đùi gà (Bambusa ventricosa McClure ) có sự biế n đ ổi hình thái Việt Nam Keywords: Sinh học; Di truyền học; Phân loại thực vật; ADN Content MỞ ĐẦU Từ bao đời tre hình ảnh quen thuộc tâm trí người Việt Nam Tre có mặt hầu khắp nẻo đường đất nước gắn bó với cộng đồng dân tộc Việt Nam Đặc biệt tâm thức người Việt, tre chiếm vị trí sâu sắc lâu bền xem biểu tượng người Việt Nam Tre loại dễ trồng, sinh trưởng nhanh, sớm khai thác, dễ chế biến có nhiều đặc tính phù hợp với mục đích sử dụng khác Tre trúc phân bố nhiều châu lục, trừ châu Âu Châu Á nơi có số lượng lồi nhiều với 65 chi 900 loài Việt Nam nằm vùng nhiệt đới châu Á, với 25 chi 216 lồi chi tre (Bambusa Schreb.) có 67 lồi [51], nói tre Việt Nam luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page of 128 Header Page of 128 phong phú đa dạng Những nghiên cứu tre lâu việc phân loại định loại tên loài cho chi tre chưa thống tác giả phương pháp áp dụng chủ yếu dựa phương pháp hình thái Tuy nhiên, phương pháp đòi hỏi mẫu vật phải có đầy đủ đặc điểm phân loại, đặc biệt quan sinh sản mà tre mẫu vật có quan dinh dưỡng, hầu hết khơng có đặc điểm quan sinh sản (hoa quả) chu kỳ hoa tới vài chục năm, hoa thường lần chết việc phân loại phương pháp gặp khó khăn Hơn nữa, số trường hợp phương pháp phân loại hình thái khó thực dễ bị nhầm lẫn mẫu khơng ngun vẹn bị biến đổi điều kiện sinh thái khác Hai loài tre Bụng phật (Bambusa vulgaris Schr.cv Wamin McClure) tre Vàng sọc (Bambusa vulgaris Schr ex Wendland.cv Vittata McClure) có chung tên khoa học Bambusa vulgaris [15], giống nhiều đặc điểm hình thái, thứ trồng khác nên hai lồi có số đặc điểm khác như: chiều cao thân khí sinh (13-15 m tre Vàng sọc, – m tre Bụng phật), độ dài lóng thân (tre Vàng sọc dài 20 – 30 cm, tre Bụng phật dài – 10 cm), tre Bụng phật có dạng lóng phồng, lóng thẳng lóng phồng thẳng (½ thân phía phồng, ½ thân phía thẳng), tre Vàng sọc có dạng lóng thẳng tròn Theo tác giả Nguyễn Khắc Khơi (2007), Nguyễn Hồng Nghĩa (2006) [15, 51] đồng ý dạng biến thể loài dựa số đặc điểm hình thái thiếu tính xác thực khơng có quan sinh sản Tương tự, tre Đùi gà theo Lê Nguyên (1971), Nguyễn Hoàng Nghĩa (2006) [16, 51] cho tre Đùi gà có tên khoa học Bambusa ventricosa McClure Nguyễn Khắc Khôi (2007), Vũ Văn Dũng (2000), Dransfield Widjaja (1995) [15, 4, 34] cho tre Đùi gà biến danh loài Bambusa tuldoides (tên Việt Nam Hóp nhỏ) Khó khăn khơng Việt Nam mà giới Vì việc định loại tên lồi chi tre nan giải, cần có hỗ trợ kỹ thuật phân tích ADN Phương pháp phân loại học phân tử (Molecular taxonomy) phương pháp phân loại chủ yếu dựa kỹ thuật phân tích ADN cho kết xác, giúp cho việc phát loài mới, giải mối nghi ngờ vị trí phân loại, đánh giá đầy đủ tính đa dạng di truyền, chủng loại phát sinh tiến hóa nhiều lồi động vật, thực vật vi sinh vật So với thị hình thái thị ADN cho độ xác cao mà khơng lệ thuộc vào yếu tố môi trường Đối với thực vật, hai nhóm gen luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page of 128 Header Page of 128 thường sử dụng vùng gen nhân hệ gen lục lạp (cpADN) gen bao thủ tiến hóa Hiện nay, sở liệu ngân hàng gen (Genbank, 2012) lưu giữ 16542 trình tự nucleotide cho phân loại Họ phụ tre (Bambuso ideae), có 607 trình tự nucleotide cho chi Bambusa Schreb số nhiều loài cớ Việt Nam Đây nguồn liệu có giá trị để khai thác ứng dụng cho nghiên cứu Đến nay, Việt Nam có nhiều cơng trình cơng bố hiệu việc giải trình tự số vùng gen giúp cho việc định loại tên loài nhiều đối tượng sinh vật [12, 22, 25], lồi tre có Nguyễn Minh Tâm (2006) [21] sử dụng số thị isozyme để nhận dạng cho hai loài tre Việt Nam Mặc dù kết thu nhận chưa nhiều sở để ứng dụng phương pháp phân tích ADN góp phần làm sáng tỏ tên khoa học cho số lồi thuộc chi tre (Bambusa Schreb.) có biến đổi hình thái Việt Nam Xuất phát từ sở trên, tiến hành nghiên cứu đề tài: “Xác định tên số loài thuộc chi tre (Bambusa Schreb.) biến đổi hình thái Việt Nam kỹ thuật phân tích ADN” Với mục tiêu nội dung nghiên cứu sau: - Giải trình tự nucleotide 01 vùng gen nhân (PIF) 03 vùng gen lục lạp (trnLtrnF, psbA-trnH matK) cho 19 mẫu ba loài tre Bụng phật (Bambusa vulgaris Schr cv Wamin McClure), tre Vàng sọc (Bambusa vulgaris Schr ex Wendland cv Vittata McClure) tre Đùi gà (Bambusa ventricosa McClure ) có sự biế n đ ổi hình thái Việt Nam - Các dạng biến đổi hình thái mẫu lồi có phải loài tre Bụng phật tre Vàng sọc tre Đùi gà không ? - Tre Bụng phật tre Vàng sọc có phải lồi B vulgaris ? - Tre Đùi gà (B ventricosa) có phải biến danh lồi Hóp nhỏ (B tuldoides) hay khơng ? luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page of 128 Header Page of 128 CHƢƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Giới thiệu tổng quát số loài thuộc chi tre (Bambusa Schreb.) 1.1.1 Vị trí phân loại chi Bambusa Schreb Cây tre phân bố rộng rãi nhiều vùng nước ta Tre quen thuộc người Việt Nam tre sử dụng nhiều tất lĩnh vực liên quan đến đời sống nông nghiệp, công nghiệp, ngư nghiệp, thủ công mỹ nghệ…Theo phân loại cổ điển, tre thuộc: Giới (regnum) : Plantae Ngành (division) : Magnoliophyta Lớp (classic) : Liliopsida Bộ (ordo) : Poales Họ (familia) : Poaceae Chi ( genus) : Bambusa Schreb 1.1.2 Một số đặc điểm sinh học giá trị sử dụng số loài tre 1.1.2.1 Tre Bụng phật Tên khoa học: Bambusa vulgaris Schr.cv Wamin McClure Tên khác: Bambusa wanin Camus Thân ngầm: mọc cụm thưa, cách 10 – 20cm Thân khí sinh: cao – 6m Mo thân: bẹ mo hình thang, mặt ngồi phủ lơng mềm, màu Lá: Phiến hình lưỡi mác hay giáo, dài 24 – 26,5cm, rộng 2,2 – 3cm Phân bố: Nhiều nơi nước giới Giá trị: Cây có dáng đẹp, lóng có hình dạng đặc biệt, thân uốn thành hình dạng vật tạo cảnh theo ý muốn Vì vậy, thường trồng làm cảnh công viên, vườn nhà Đôi dùng thân làm đồ thủ công mỹ nghệ A B luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page of 128 C Header Page of 128 Hình 1.1 Lồi tre Bụng phật dạng lóng thẳng (Bambusa vulgaris) số hiệu K.3005 (A: đoạn thân; B: C: mo) A B C Hình 1.2 Lồi tre Bụng phật dạng lóng phồng (Bambusa vulgaris) số hiệu K.3005 (A: đoạn thân; B: C: mo) 1.1.2.2 Tre Vàng sọc Tên khoa học: Bambusa vulgaris Schr ex Wendland cvVittata McClure (1961) Thân ngầm: Mọc cụm thưa, cách 20 – 30cm Thân khí sinh: Cao – 15m, đường kính – 12cm Mo thân: Bẹ mo hình thang, non màu lục tươi, có vân sọc dọc màu vàng, mặt lưng mọc dày lông gai màu nâu thẫm, dễ rụng Lá: Phiến hình lưỡi mác hay giáo, dài 22 – 30cm, rộng 2,3 – 3,6cm Phân bố: Hầu hết địa phương nước trồng Loài nhập nội Giá trị: Cây trồng làm cảnh thân nhẵn bóng, có màu vàng tươi, sọc dọc màu xanh lóng đẹp nhiều người ưa thích Thường trồng cơng viên, vườn nhà, chậu cảnh Thân uốn tạo dáng có giá trị, ngồi làm số cơng dụng xây dựng nhà cửa Mùa măng quanh năm, nhiều tháng 5, Tre Vàng sọc thứ trồng (cultivar) tre Mỡ [15] Do hình thái dễ biến đổi theo môi trường sống nên tre Mỡ tạo thành nhiều thứ trồng trọt khác nhau, có tre Vàng sọc, tre Bụng phật Tuy nhiên, sở khoa học tượng chưa có nguồn gốc chứng minh vững Cần phân tích ADN để làm rõ (vì nơi sống có dạng khác nhau) A B luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page of 128 C Header Page of 128 Hình 1.3 Lồi tre Vàng sọc (Bambusa vulgaris) số hiệu K.3011 (A: đoạn thân; B: C: mo) 1.1.2.3 Tre Đùi gà Tên khoa học: Bambusa ventricosa McClure Thân ngầm: Mọc cụm dày đặc Thân khí sinh: Khi mọc tự nhiên cao – 11m, đường kính – 6,2cm Mo thân: Bẹ mo hình thang Tai mo phát triển, mép phủ lơng dài 2mm Lá: Phiến hình trứng hay giáo, dài 22 – 24cm, rộng 2,1 – 2,7cm Phân bố: Mọc tự nhiên Quảng Ninh (Móng Cái), Lạng Sơn Trồng Phú Thọ (Đoan Hùng), Hà Nội (Ba Vì) Trên giới: phân bố vùng nam Trung Quốc Giá trị: Cây trồng làm cảnh đẹp có lóng hình đùi gà, thường trồng công viên, vườn nhà, chậu Thân dùng làm gậy chống Lồi gặp tự nhiên trồng trọt Khi trồng làm cảnh thường có loại thân bụi cây: Một loại thân có lóng phồng to hình đùi gà phía (1/4 thân), phía có lóng thẳng (3/4 thân) loại thân có lóng thẳng tròn tồn chiều cao Tỷ lệ loại lóng thẳng tới 70 – 80% bụi, loại lóng đùi gà 20 – 30% Trong tự nhiên to cao hồn tồn có mang lóng thẳng tròn đều, lồi với Hóp nhỏ (Bambusa tuldoides) [15] A Đùi gà dạng lóng thẳng (Bambusa Hình 1.4 Lồi tre ventricosa) số hiệuC K.3006 (A: đoạn B thân; B: C: mo) luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page of 128 Header Page of 128 A B C Hình 1.5 Lồi tre Đùi gà dạng lóng phồng (Bambusa ventricosa) số hiệu K.3006 (A: đoạn thân; B: C: mo) 1.1.3 Sự biến đổi hình thái điều kiện sống ba loài tre nghiên cứu Tre Bụng phật tre Vàng sọc có tên khoa học Bambusa vulgaris [15] có số đặc điểm giống thân ngầm mọc cụm, thân khí sinh có đường kính – 10cm, kích thước 22 – 30cm x 2,2 – 3,6cm; phân cành đốt có cành số cành nhỏ, vách thân dày (0,7 – 1,7cm) Một số đặc điểm gần giống mo thân (hình dạng, kích thước ) Một số đặc điểm phân biệt chúng chiều cao thân khí sinh: tre Vàng sọc cao nhiều (8 – 15m) so với tre Bụng phật (4 – 6m), độ dài lóng thân: tre Vàng sọc dài nhiều lần (20 – 30cm) so với tre Bụng phật lóng phồng (4 – 10cm) Lóng tre Vàng sọc thẳng, tròn đều; lóng tre Bụng phật phình to ngắn (trừ nửa phía thân thân lóng thẳng hồn tồn) Ngồi ra, chi tiết khác giống khác khơng nhiều (hình dạng, kích thước bẹ mo, phiến mo, tai mo, lưỡi mo, bẹ lá, tai lá, lưỡi đặc điểm lông, màu sắc ) Theo tác giả Nguyễn Khắc Khôi (2007), Nguyễn Hoàng Nghĩa (2006) [15, 51] đồng ý dạng biến thể loài dựa số đặc điểm hình thái, thiếu tính xác thực khơng có quan sinh sản Do cần có kết phân tích ADN để làm sáng tỏ Hóp nhỏ (Bambusa tuldoides) tre Đùi gà (Bambusa ventricosa) dạng lóng phồng có số đặc điểm hình thái giống thân ngầm mọc cụm dày, đường kính thân (3 – 6,2cm), độ dài lóng (28 – 33cm, trừ lóng sát gốc cuả tre Đùi gà ngắn hơn) Khác loài kích thước (Hóp nhỏ 10 – 18cm x 1,8 – 2cm; tre Đùi gà 22 – 24cm x 2,1 – 2,7cm) Phân biệt tre Đùi gà với Hóp nhỏ có lóng phía gốc thân phồng lên dạng đùi gà ngắn lóng thẳng phía Những đặc điểm bẹ lá, phiến lá, tai lá, thìa lìa mo khơng hồn tồn khác nhiều Ở thân tre Đùi luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page of 128 Header Page of 128 gà có dạng lóng bụi tồn thân có lóng khơng phồng, chiều dài lóng Hóp nhỏ Tre Đùi gà mọc tự nhiên hồn tồn thân lóng thẳng có lẽ giống Hóp nhỏ [15] Theo Nguyễn Khắc Khôi (2007), Vũ Văn Dũng (2000), S.Drasfield E.A Widjaja (1995), But & Chia (1995), Ohrnberger (1999) [15, 4, 35, 32, 52] cho B ventricosa Mc Clure (1938) (tre Đùi gà) biến danh lồi B tuldoides Munro (1868) (Hóp nhỏ) giống nhiều đặc điểm hình thái thứ trồng khác nên hai loài có đặc điểm khác điều kiện trồng trọt Trái lại, số tác McClure (1938), Lê Nguyên (1971), Nguyễn Hoàng Nghĩa (2006) [46, 16, 51] cho lồi độc lập Vì khơng có hoa để xác định nên nghi vấn chúng lồi hay khơng Cần phương pháp ADN xác định dạng Đùi gà thân phồng thân thẳng với Hóp nhỏ mặt phân loại 1.1.4 Tình hình phân bố tre giới Việt Nam 1.1.4.1 Trên giới Bảng 1 Phân bố loài tre trúc giới [54] Nƣớc Số chi Trung Quốc Nhật Bản Ấn Độ Việt Nam Myanma Indonexia Phillipnines Malaysia Thai Lan 26 13 23 16 20 10 12 Số loài 300 237 125 92* 90 65 54 44 41 Diện tích Nƣớc-Vùng Số chi (ha) lãnh thổ (ha) thổ 2.900.000 Singapore 825.000 Băngladet 9.600.000 Papua New Guinea 1.942.000 Srilanka 2.200.000 Hàn Quốc 10 50.000 Đài Loan Madagaxca 11 Châu Mỹ 20 1.000.000 Ơxtralia Số lồi 23 20 26 14 13 40 40 45 Diện tích (ha) (ha) 6.000.000 140.000 Ghi *: Nay khoảng 200 loài 1.1.4.2 Việt Nam Là đất nước nằm vùng nhiệt đới gió mùa châu Á, Việt Nam có hệ thực vật phong phú đa dạng, có lồi tre trúc Ở Việt Nam gặp tre từ độ cao ngang mực nước biển làng xóm thuộc vùng Tây Nam Bộ, đảo thuộc Vịnh Hạ Long đến độ cao gần 3000m (Hoàng Liên Sơn) [33, 44] Theo Biswas (1995) [31] Việt Nam có khoảng 92 lồi tre trúc 16 chi (Bảng 1.1) Những nghiên cứu gần cho thấy số lượng loài tre trúc phân bố Việt Nam lớn nhiều Theo Lê Viết luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page of 128 Header Page of 128 Lâm (2005) [42] Việt Nam có 140 lồi 29 chi tìm thấy lồi Năm 2006, Nguyễn Hồng Nghĩa rà sốt kết nghiên cứu phân loại tre trúc Việt Nam kết hợp với số nghiên cứu, khảo sát thực địa đưa danh sách 216 loài thuộc 25 chi tre trúc phân bố tự nhiên Việt Nam [51] Bảng Hiện trạng tre trúc Việt Nam tính tới tháng 12/2004 [2] Các loại rừng tre trúc Diện tích (ha) Rừng tre trúc tự nhiên loài Phân chia theo chức (ha) Rừng đặc chủng Rừng phòng hộ Rừng sản xuất 799.130 82.409 343.035 373.686 Rừng tre trúc tự nhiên hỗn loài 682.642 113.850 319.266 249.526 Rừng tre trúc trồng 81.484 285 10.186 71.013 Tổng cộng 1.563.256 196.544 672.487 694.225 1.2 Giới thiệu số phƣơng pháp phân loại thực vật 1.2.1 Phƣơng pháp hình thái học (phân loại học truyền thống) 1.2.2 Phƣơng pháp giải phẫu so sánh 1.2.3 Phƣơng pháp hoá học 1.2.4 Phƣơng pháp phân loại phân tử Phân loại học phân tử phương pháp phân loại sử dụng khác biệt cấu trúc phân tử để đạt thơng tin mối quan hệ tiến hóa loài Các biến đổi phân tử đơn giản nhiều so với biến đổi hình thái, vật chất di truyền ADN cấu thành từ loại nucleotide (adenine, guanine, thymine cytosine) Mặt khác biến đổi phân tử bị ảnh hưởng điều kiện mơi trường Vì vậy, ưu lớn phân loại học phân tử phân biệt rõ ràng đặc điểm tương đồng với đặc điểm tương tự [30, 53] 1.3 Một số thành tựu nghiên cứu phân loại học phân tử Ngoài nƣớc Tre trúc loại trồng phổ biến Trung Quốc, Nhật Bản, Việt Nam … có nhiều cơng dụng phục vụ cho đời sống người nên quan tâm nghiên cứu Vì sở liệu gen (Genbank, 2012) lưu giữ khoảng 16.542 trình tự nucleotide cho phân loại Họ phụ tre (Bambusoideae), có khoảng 607 trình tự nucleotide cho chi Bambusa, số nhiều loài có Việt Nam Đối với thực luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page of 128 Header Page 10 of 128 vật hai nhóm gen thường sử dụng gen nhân hệ gen lục lạp (cpADN) Chẳng hạn, Sun cộng (2005) [61] sử dụng trình tự nucleotide ADN vùng ITS nhân để nghiên cứu 21 loài tre thuộc chi Bambusa, Dendrocalamopsis, Dendrocalamus, Guadua, Leleba Lingnania giải mối quan hệ di truyền số loài thuộc chi Bambusa (B subaequalis, B multiplex, B emeiensis, B chungii, B contracta, B hainanensis, B flexuosa, B sinospinosa, B tuldoides, B surrecta, B intermedia B valida) Tương tự, Yang cộng (2008) [67] sử dụng trình tự ADN vùng ITS vùng trnL-F để nghiên cứu nguồn gốc phát sinh chủng loại 53 loài thuộc phân họ Bambusoideae Kết nhận làm sáng tỏ mối quan hệ di truyền số chi khác với chi Bambusa Năm 2010 W.L Goh cộng [37] xác định trình tự nucleotide vùng gen nhân GBSSI bốn vùng gen lục lạp: rps16-trnQ; trnC-rpoB; trnHpsbA; trnD-T để nghiên cứu mối quan hệ di truyền lồi tre (climbing bamboos) Đơng Nam Á với loài chi Bambusa Cũng năm 2010, Zhou cộng [68] sử dụng trình tự ADN PIF để làm rõ mối quan hệ di truyền loài thuộc phân họ Bambusoideae Năm 2009, Wu cộng [66] cơng bố trình tự genome lục lạp đầy đủ hai loài tre Dendrocalamus latiflorus Bambusa oldhamii, với kích thước tương ứng 139.350bp 139.365bp Đây nguồn liệu có giá trị để khai thác ứng dụng cho nghiên cứu chi Việt Nam Trong nƣớc Các nghiên cứu đa dạng di truyền phục vụ công tác bảo tồn đa dạng sinh học tái tạo nguồn gen giới quan tâm phát triển Theo hướng này, nhà nghiên cứu nước bước tiếp cận Gần đây, việc ứng dụng kỹ thuật sinh học phân tử nghiên cứu đa dạng di truyền, phân loại nhận dạng mẫu sinh vật Việt Nam đạt nhiều kết có giá trị Đối với số lồi động, thực vật nhóm nghiên cứu Nông Văn Hải [25] dùng gen ty thể (18S rRNA) để nghiên cứu phả hệ giám định ADN số lồi lan Hài, Bình vơi, gà Lôi, cá Bạc má, cá Chim trắng, cá Hố, cá Nục sò, cá Sòng gió phát mức độ tiến hóa chúng Hay nhóm tác giả Đặng Tất Thế (2003 -2006) sử dụng nhóm gen để phân tích tiến hóa phân tử phát sinh chủng loại số loài thú, bò sát q Việt Nam [26] Nhóm tác giả Vũ Thị Thu Hiền (2009) [12] sử dụng vùng gen tRNA-leu để phân loại cho hai loài gỗ quý thuộc chi Dalbergia….Tuy nhiên, loài tre, Việt Nam có tác giả Nguyễn Minh luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer 10 Page 10 of 128 Header Page 19 of 128 Hình 3.4 Sản phẩm PCR đại diện số mẫu tre phân tích với cặp mồi matK19F/matKR điện di gel agarose 0,9% (giếng 1: K3005/5; giếng 2: K3005/9; giếng 3: K3005/13; giếng 4: K3011/3; giếng 5: K3011/4; giếng 6: K3011/8; giếng 7: K3006/1; giếng 8: K3006/2; giếng 9: K3006/6; giếng 10: K3006/11; M: marker phân tử kb) 3.2.4 Kết nhân gen trnL - trnF Phản ứng nhân vùng gen trnL-trnF thực nhiệt độ tối ưu 550C Kết cho thấy, nhân phân đoạn đặc hiệu với kích thước dự đốn, đủ tiêu chuẩn cho nghiên cứu giải mã trình tự ADN M 10 kb 0.5 kb Hình 3.5 Sản phẩm PCR đại diện số mẫu tre phân tích với cặp mồi trnL/trnF điện di gel agarose 0,9% (giếng 1: K3005/5; giếng 2: K3005/9; giếng 3: K3005/13; giếng 4: K3011/3; giếng 5: K3011/4; giếng 6: K3011/8; giếng 7: K3006/1; giếng 8: K3006/2; giếng 9: K3006/6; giếng 10: K3006/11; M: marker phân tử kb) 3.3 Kết giải trình tự vùng gen nghiên cứu 3.3.1 Kết giải trình tự gen PIF Kết xác định trình tự vùng gen PIF nhân cho ảnh điện di đồ với đỉnh huỳnh quang rõ nét, cường độ mạnh rõ ràng (kết không đây) Các trình tự thu luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer 19 Page 19 of 128 Header Page 20 of 128 19 mẫu nghiên cứu xếp theo hàng (alignment) phần mềm Bioedit (hình 3.6) Sau loại bỏ trình tự mồi nucleotide so le hai đầu, thu trình tự nucleotide ba lồi nghiên cứu có độ dài 444 nucleotide Kết thống kê hình 3.6 vị trí (1, 22, 36, 291, 438, 441 444) đột biến thay hay nucleotide so sánh ba loài nghiên cứu Tại vị trí nucleotide thứ 1, 36 291 so sánh tre Bụng phật với tre Vàng sọc tre Đùi gà (TTT) thay (GCC), tương ứng So sánh trình tự nucleotide tre Bụng phật tre Vàng sọc với tre Đùi gà vị trí nucleotide thứ 22, 438 441 (ACT) thay (CTA), tương ứng Tại vị trí 444, tre Đùi gà khơng có nucleotide (A) 3.3.2 Kết giải trình tự vùng psbA - trnH Trình tự vùng psbA - trnH xác định cặp mồi psbA3’f/trnHf thu chiều dài 620 nucleotide hai loài tre Bụng phật, tre Đùi gà 615 nucleotide loài tre Vàng sọc Sở dĩ có khác biệt kích thước ba lồi nghiên cứu có đột biến thay thế, nucleotide xảy vùng gen psbA-trnH Sự khác vị trí nucleotide thể so sánh tre Vàng sọc, tre Đùi gà với tre Bụng phật vị trí nucleotide thứ 619 (C) thay (T) Trong vị trí 128, 129, 130, 131 132 lồi tre Đùi gà nucleotide (GTTTT), tương ứng 3.3.3 Kết giải trình tự vùng gen matK Trình tự nucleotide gen matK sau giải mã thu kích thước 1539 nucleotide ba loài tre Bụng phật, tre Vàng sọc tre Đùi gà Đặc biệt, gen matK gen mã hố cho protein, nên sau giải mã trình tự nucleotide vùng gen matK chúng tơi khơng tìm thấy vị trí đột biến hay sai khác nucleotide so sánh trình tự ba lồi nghiên cứu 3.3.4 Kết giải trình tự vùng gen trnL-trnF Trình tự gen trnL-trnF giải mã cặp mồi trnLF/trnFR thu đoạn nucleotide có độ dài 935 nucleotide lồi tre Đùi gà 933 nucleotide loài tre Bụng phật tre Vàng sọc Trình tự vùng gen trnL-trnF vị trí đột biến chèn vào hay luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer 20 Page 20 of 128 Header Page 21 of 128 thay nucleotide vị trí 790, 821 822 (hình 3.9) So sánh lồi tre Đùi gà với tre Bụng phật tre Vàng sọc vị trí nucleotide 790 (G) thay (A) Trong đó, vị trí nucleotide thứ 821 822, lồi tre Đùi gà xuất chèn thêm nucleotide (CC), tương ứng Từ kết giải mã trình tự 04 vùng gen cho ba loài nghiên cứu thuộc chi Bambusa chúng tơi có nhận xét sau: Đã giải mã 444 nucleotide thuộc vùng gen nhân (PIF) 3094 nucleotide thuộc vùng gen lục lạp (gen matK, gen psbA-trnH gen trnL-trnF) cho ba loài thuộc chi Bambusa tre Bụng phật, tre Vàng sọc tre Đùi gà Đây nghiên cứu phân tử cho ba loài thuộc chi Bambusa Việt Nam Phần lớn vị trí nucleotide thu có đỉnh huỳnh quang rõ nét, cường độ mạnh, nên kết đọc trình tự mang tính xác cao, mức độ sai sót thấp Tất mẫu đọc trình tự trực chiều, nên kết nhận có độ tin cậy cao 3.4 Mức độ tƣơng đồng nucleotide mẫu loài tre nghiên cứu Bảng 3.1 Mức độ tương đồng nucleotide mẫu lồi tre Vàng sọc phân tích với bốn vùng gen trnL-trnF, psbA-trnH, matK PIF Vùng gen TT Tên loài K3011/3 K3011/4 K3011/8 trnL-trnF 100 100 0.0 100 0.0 0.0 psbA-trnH 100 100 0.0 100 0.0 0.0 1 0.0 0.0 matK 100 100 100 0.0 luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer 21 Page 21 of 128 0.0 0.0 PIF 100 100 100 0.0 Header Page 22 of 128 Bảng 3.2 Mức độ tương đồng nucleotide loài tre Bụng phật tre Đùi gà phân tích với vùng gen trnL-trnF psbA-trnH Vùng gen TT Tên loài K3005/5 100 K3005/9 0.0 K3005/10 0.0 0.0 K3005/12 0.0 0.0 K3005/13 0.0 0.0 K3005/14 0.0 0.0 K3005/15 0.0 0.0 K3005/16 0.0 0.0 Tre Đùi gà (Bambusa vulgaris) TT Tên loài K3006/1 100 K3006/2 0.0 K3006/5 0.0 0.0 K3006/6 0.0 0.0 K3006/7 0.0 0.0 K3006/11 0.0 0.0 K3005/12 0.0 0.0 K3005/14 0.0 0.0 100 100 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 100 100 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 trnL-trnF Tre Bụng phật (Bambusa vulgaris) 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 0.0 100 100 100 100 100 0.0 0.0 100 100 100 100 0.0 0.0 0.0 100 100 100 0.0 0.0 0.0 0.0 100 100 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 100 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 100 100 100 0.0 0.0 0.0 0.0 100 100 100 100 0.0 0.0 0.0 100 100 100 100 100 0.0 0.0 100 100 100 100 100 100 0.0 22 luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page 22 of 128 100 100 100 100 100 100 100 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 100 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 psbA-trnH 100 100 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 100 100 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 100 100 100 0.0 0.0 0.0 0.0 100 100 100 0.0 0.0 0.0 0.0 100 100 100 100 0.0 0.0 0.0 100 100 100 100 0.0 0.0 0.0 100 100 100 100 100 0.0 0.0 100 100 100 100 100 0.0 0.0 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 0.0 100 100 100 100 100 100 0.0 100 100 100 100 100 100 100 Header Page 23 of 128 Bảng 3.3 Mức độ tương đồng nucleotide loài tre Bụng phật tre Đùi gà phân tích với vùng gen matK PIF Vùng gen Tre Bụng phật (Bambusa vulgaris) TT Tên loài K3005/5 100 100 K3005/9 0.0 100 K3005/10 0.0 0.0 K3005/12 0.0 0.0 0.0 K3005/13 0.0 0.0 0.0 K3005/14 0.0 0.0 0.0 K3005/15 0.0 0.0 0.0 K3005/16 0.0 0.0 0.0 Tre Đùi gà (Bambusa vulgaris) TT Tên loài K3006/1 100 100 K3006/2 0.0 100 K3006/5 0.0 0.0 K3006/6 0.0 0.0 0.0 K3006/7 0.0 0.0 0.0 K3006/11 0.0 0.0 0.0 K3005/12 0.0 0.0 0.0 K3005/14 0.0 0.0 0.0 matK 100 100 100 0.0 0.0 0.0 0.0 100 100 100 0.0 0.0 0.0 0.0 100 100 100 100 0.0 0.0 0.0 100 100 100 100 0.0 0.0 0.0 PIF 100 100 100 100 100 0.0 0.0 100 100 100 100 100 0.0 0.0 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 0.0 100 100 100 100 100 100 0.0 23 luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page 23 of 128 100 100 100 100 100 100 100 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 100 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 100 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 100 100 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 100 100 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 100 100 100 0.0 0.0 0.0 0.0 100 100 100 0.0 0.0 0.0 0.0 100 100 100 100 0.0 0.0 0.0 100 100 100 100 0.0 0.0 0.0 100 100 100 100 100 0.0 0.0 100 100 100 100 100 0.0 0.0 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 0.0 100 100 100 100 100 100 0.0 100 100 100 100 100 100 100 Header Page 24 of 128 3.5 Kết so sánh trình tự nucleotide loài tre Bụng phật, tre Vàng sọc lồi B vulgaris cơng bố trình tự Genbank Bảng 3.4 Mức độ tương đồng nucleotide phân tích với cặp mồi trnLF/trnFR loài tre Bụng phật, tre Vàng sọc loài B vulgaris (mã số EF137524) TT 10 11 12 Tên loài K3005/5 K3005/9 K3005/10 K3005/12 K3005/13 K3005/14 K3005/15 K3005/16 K3011/3 K3011/4 K3011/5 B vulgaris 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 100 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 100 100 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 100 100 100 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 100 100 100 100 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 100 100 100 100 100 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 100 100 100 100 100 100 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 100 100 100 100 100 100 100 0.0 0.0 0.0 1.0 100 100 100 100 100 100 100 100 0.0 0.0 1.0 10 100 100 100 100 100 100 100 100 100 0.0 1.0 11 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 12 98.1 98.1 98.1 98.1 98.1 98.1 98.1 98.1 98.1 98.1 98.1 1.0 Bảng 3.5 Mức độ tương đồng nucleotide phân tích với cặp mồi psbA3’f/trnH loài tre Bụng phật, tre Vàng sọc loài B vulgaris (mã số GU063097) TT 10 11 12 Tên loài K3005/5 K3005/9 K3005/10 K3005/12 K3005/13 K3005/14 K3005/15 K3005/16 K3011/3 K3011/4 K3011/5 B vulgaris 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 100 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 100 100 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 100 100 100 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 K3005/5 K3011/3 K3005/14 K3011/4 K3005/10 K3005/12 K3011/8 K3005/9 K3005/13 K3005/15 K3005/16 B vulgaris 100 100 100 100 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 100 100 100 100 100 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 100 100 100 100 100 100 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 100 100 100 100 100 100 100 0.0 0.0 0.0 0.0 24 luan van thac si - luan van kinh te -Akhoa luan - tai lieu -Footer Page 24 of 128 100 100 100 100 100 100 100 100 0.0 0.0 0.0 B 10 100 100 100 100 100 100 100 100 100 0.0 0.0 11 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 0.0 K3005/5 B vulgaris K3005/13 K3005/16 K3005/15 K3011/3 K3005/9 K3005/10 K3005/14 K3005/12 K3011/4 K3011/8 12 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 Header Page 25 of 128 Hình 3.10 Mối quan hệ di truyền được xây dựng bằ ng phương pháp Neighbor -Joining giữa hai loài tre Bụng phật tre Vàng sọc với loài Bambusa vulgaris ngân hàng Genbank phân tić h với vùng gen trnL-trnF (A) vùng gen psbA-trnH (B) ((trình tự sử dụng để so sánh vùng gen trnL-trnF có mã hiệu ngân hàng GenBank: B vugaris (EF137524)); ((trình tự sử dụng để so sánh vùng gen psbA-trnH có mã hiệu ngân hàng GenBank: B vugaris (GU063097)) 3.6 Kết so sánh trình tự nucleotide loài tre Đùi gà với loài B ventricosa lồi B tuldoides cơng bố trình tự Genbank Bảng 3.6 Mức độ tương đồng nucleotide phân tích với cặp mồi psbA3’f/trnH loài tre Đùi gà với loài B ventricosa (mã số GU063074) TT Tên loài K3006/1 K3006/2 K3006/5 K3006/6 K3006/7 K3006/11 K3005/12 K3005/14 B ventricosa 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.2 100 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.2 100 100 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.2 100 100 100 0.0 0.0 0.0 0.0 0.2 100 100 100 100 0.0 0.0 0.0 0.2 100 100 100 100 100 0.0 0.0 0.2 100 100 100 100 100 100 0.0 0.2 100 100 100 100 100 100 100 99.0 99.0 99.0 99.0 99.0 99.0 99.0 99.0 0.2 K3006/2 K3006/6 K3006/14 K3006/1 K3006/5 K3006/11 K3006/12 K3006/7 B ventricosa Hình 3.11 Mối quan hệ di truyền được xây dựng bằ ng phương pháp Neighbor -Joining giữa loài tre Đùi gà với loài Bambusa ventricosa ngân hàng Genbank phân tić h với vùng gen 25 luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page 25 of 128 psbA- Header Page 26 of 128 trnH ((trình tự sử dụng để so sánh có mã hiệu ngân hàng GenBank: B ventricosa (GU063074)) Để làm làm sáng tỏ tre Đùi gà (B.ventricosa) Hóp nhỏ (B tuldoides) có lồi hay lồi độc lập, chúng tơi so sánh trình tự nucleotide ba vùng gen trnL-trnF, psbA-trnH matK loài tre Đùi gà với loài B tuldoides (mã số HM448967, GU063083 HM448937, tương ứng) cơng bố trình tự ngân hàng Genbank (trình tự nucleotide vùng gen PIF cho lồi B.tuldoides chưa có Genbank), kết cho thấy mức độ tương đồng nucleotide loài 99,7 % vùng gen trnL-trnF (Bảng 3.7), 100% vùng gen psbA-trnH (Bảng 3.8) 100% vùng gen matK (Bảng 3.9) KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ KẾT LUẬN Đã nhân giải trình tự nucleotide đoạn ADN 01 vùng gen nhân 03 vùng gen lục lạp cho 19 mẫu thuộc ba loài tre nghiên cứu với độ dài 444 nucleotide vùng gen PIF (nhân), 935 nucleotide vùng gen trnL-trnF, 620 nucleotide vùng psbA-trnH 1539 nucleotide cho vùng gen matK Thông qua kết giải mã trình tự 3538 nucleotide bốn vùng gen cho thấy, mẫu loài tre giống 100 % so sánh trình tự nucleotide Như cho phép kết luận khác mặt hình thái dạng mẫu loài biến thái theo điều kiện sống địa phương Mức độ tương đồng nucleotide tre Bụng phật, tre Vàng sọc loài B vulgaris Genbank 98,1 % vùng gen trnL-trnF (khi so sánh với lồi B vulgaris có mã số EF137524 Genbank) 100 % vùng gen psbA-trnH (lồi B Vulgaris có mã số GU063097 Genbank) Kết cho phép nhâ ̣n đinh ̣ tre Bụng phật tre Vàng sọc loài B.vulgaris Mức độ tương đồng nucleotide tre Đùi gà B tuldoides Genbank 99,7% vùng gen trnL-trnF (HM448967), 100% vùng gen psbA-trnH (GU063083) gen matK (HM448937) Cho phép nhận định tre Đùi gà tên đồng nghĩa Hóp nhỏ (B tuldoides) 26 luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page 26 of 128 Header Page 27 of 128 KIẾN NGHỊ Tre Vàng sọc tre Bụng phật thuộc lồi Bambusa vulgaris Có thể thống hai lồi tên Việt Nam chung Tiế p tu ̣c sử du ̣ng các vùng gen khác để có thể khẳ ng đinh ̣ chắ c chắ n sự nghi ngờ giữa tre Bu ̣ng phâ ̣t với tre Vàng so ̣c , tre Đùi gà với loài Hóp nhỏ References TIẾNG VIỆT Kiều Hữu Ảnh (2007), Nguyên tắc phân loại sinh vật, Nxb khoa học kỹ thuật, Hà Nội Nguyễn Ngọc Bình, Phạm Đức Tuấn (2007), Các loại rừng tre trúc chủ yếu Việt Nam NXB Nông nghiệp, Hà Nội Lê Văn Cao (2010), Ứng dụng kỹ thuật phân tích trình tự ADN để định loại số loài gỗ quý thuộc chi trắc (Dalbergia), Khóa luận tốt nghiệp đại học, Trường Đại học Khoa học tự nhiên Hà Nội Vũ Văn Dũng (2000), “Bambusa”, Tên rừng Việt Nam, NXB Nông nghiệp, tr 270-271 Hồ Huỳnh Thùy Dương (2008), Sinh học phân tử, NXB Giáo dục, Hà Nội Nguyễn Ánh Điệp, Trần Ninh, Nguyễn Xuân Quýnh (2007), Nguyên tắc phân loại sinh vật, NXB Khoa học kỹ thuật, Hà Nội Trịnh Đình Đạt (2003), Bài giảng Phân loại học sinh học (chuyên đề cao học), Trường Đại học Khoa học Tự nhiên Hà Nội Phạm Thành Hổ (2008), Nhập môn công nghệ sinh học, NXB Giáo dục, Hà Nội Phạm Hoàng Hộ (1972), “Bambusoideae”, Cây cỏ miền Nam Việt Nam, Bộ giáo dục, trung tâm học liệu, Sài Gòn, (2), tr 844-869 10 Phạm Hoàng Hộ (1993), “Bambusoideae”, Cây cỏ Việt Nam, (3), tr 742-774 27 luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page 27 of 128 Header Page 28 of 128 11 Phạm Hoàng Hộ (2000), “Bambusoideae”, Cây cỏ Việt Nam, NXB Trẻ, Tp Hồ Chí Minh, (3), tr 600-627 12 Vũ Thị Thu Hiền, Lưu Đàm Cư, Đinh Thị Phòng (2009), “Xác định trình tự đoạn gen tRNA –Leu cho hai loài D tonkinensis D conchinchinensis phục vụ việc phân loại mẫu vật Bảo tàng Thiên nhiên Việt Nam”, Tạp chí Cơng nghệ sinh học, (4), tr 471-477 13 Nguyễn Khắc Khôi, Nguyễn Thị Đỏ (2005), “Bambusoideae”, Danh lục lồi thực vật Việt Nam, NXB Nơng Nghiệp, Hà Nội, tr 750-773 14 Nguyễn Khắc Khôi (1996), “Bambusoideae”, Sách đỏ Việt Nam, NXB Khoa học Kỹ thuật, Hà Nội, tr 306-365 15 Nguyễn Khắc Khôi (2007), “Bambusoideae”, Danh lục đỏ Việt Nam, NXB Khoa học tự nhiên Công nghệ, Hà Nội, tr 346-347 16 Lê Nguyên (1971), Nhận biết, gây trồng, bảo vệ khai thác Tre trúc, NXB Nơng thơn, Hà Nội 17 Nguyễn Hồng Nghĩa (2005), Tre trúc Việt Nam, NXB Nông nghiệp, Hà Nội 18 Võ Thị Thương Lan (2009), Sinh học phân tử tế bào ứng dụng, NXB Giáo dục, Hà Nội 19 Lê Đình Lương, Quyền Đình Thi (2009), Kỹ thuật di truyền ứng dụng, NXB Đại học quốc gia Hà Nội 20 Lê Đình Lương, Phan Cự Nhân (1994), Cơ sở di truyền học, NXB Giáo dục, Hà Nội 21 Nguyễn Minh Tâm (2006), Đa dạng di truyền hai lồi tre có giá trị kinh tế cao Việt Nam, Báo cáo tổng kết dự án hợp tác với Nhật (IPGRI), Hà Nội 22 Dương Văn Tăng (2010), Ứng dụng phương pháp phân tích ADN góp phần vào việc phân loại số loài gỗ quý thuộc chi Dalbergia Việt Nam, Luận văn thạc sỹ sinh học, Viện Sinh thái tài nguyên sinh vật, Hà Nội 23 Khuất Hữu Thanh (2006), Kỹ thuật gen nguyên lý ứng dụng, NXB Khoa học kỹ thuật, Hà Nội 28 luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page 28 of 128 Header Page 29 of 128 24 Phan Hải Triều (2009), Điều tra, mô tả giống tre, trúc sản phẩm làm từ tre, trúc xã Phú An làng tre Phú An, huyện Bến Cát, tỉnh Bình Dương, Khóa luận tốt nghiệp đại học, Trường Đại học Nơng lâm Thành phố Hồ Chí Minh 25 Quyền Đình Thi, Nơng Văn Hải, “Những kỹ thuật PCR ứng dụng phân tích ADN”, Cơng nghệ sinh học, tập II, Viện Khoa học Công nghệ Việt Nam 26 Đặng Tất Thế, Lê Xuân Cảnh, Nông Văn Hải (2004), “Phân tích gen ty thể giả voọc vá Việt Nam”, Tạp chí Sinh học, 2(1), tr 25-32 27 Đặng Tất Thế (2005), Phân loại voọc (colobinae) Việt Nam sở tiến hóa phân tử, Luận án tiến sĩ, Viện Sinh thái tài nguyên sinh vật, Hà Nội 28 Viện Khoa học Lâm nghiệp Việt Nam (2008), Báo cáo tóm tắt kết nghiên cứu tre trúc Việt Nam, Hà Nội 29 luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page 29 of 128 Header Page 30 of 128 TIẾNG ANH 29 Alvarez I, Wendel JF (2003), “Ribosomal ITS sequences and plant phylogenetic inference”, Mol Phylogenet Evol, 29(3), pp 34-417 30 Avise, JC (1993), “Molecular markers natural history and evolution”, Chapman & Hall, LonDon 31 Biswas S (1995), “Diversity and genetic resources of Indian bamboos and the strategies for their conservation”, Rao and Rao (eds), Bamboos and Rattan Genetic Resources and Use, IPGRI and INBAR, pp 29-34 32 But PPH, Chia LC (1995), “Bambusa tuldoides Munro”, In Dransfield S, Widjaja EA, (eds.), 1995, Plant Resources of South-east Asia, Bamboo 7, pp 72-74 33 Le Tran Chan, Ty T, Tu NH, Nhung H, Phuong DT, Van TT (1999), “Some basis characters of Vietnam flora” Science and Technics Publishing house 34 Doyle JJ, Doyle JJ (1987), “A rapid ADN isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue”, Phytochemical Bulletin, 19, pp 11-15 35 Dranhsfield S, Widjaja EA (1995), “Bamboos”, Plant Resources of South-East, Asia 7, Backhuys Pusblishers, Leiden, pp 189 36 Gamble JS (1986), “Bambusee of British India”, Annals of the Royal Botanic Garden, Calcutta, Vol VII 37 Goh WL, Chandran S, Lin RS, Xia NH, Wong KM (2010), “Phylogenetic relationships among Southeast Asian climbing bamboos (Poaceae: Bambusoideae) and the Bambusa complex” Biochemical Systematics and Ecology, 38, pp 764-773 38 Hillils DM, Moitz C, Mable BK (1996), Molecular Systematics, Sinauer Associates, Inc., Second edition 39 Jae HS, Park KC, Kim TW, Park YJ, Kang JH, Kim NS (2010), “Sequence diversification of 45S rRNA ITS, trnH-psbA spacer, and matK genic regions in several Allium species”, Genes & Genomics, 32(2), pp 165-172 40 Kim SC, Chunghee L, Mejias JA (2007), “Phylogenetic analysis of chloroplast ADN matK gene and ITS of rADN sequences reveals polyphyly of the genus Sonchus and new relationships among the subtribe Sonchinae (Asteraceae: Cichorieae)”, Mol Phylogenet Evol, 44(2), pp 578-97 30 luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page 30 of 128 Header Page 31 of 128 41 Kress WJ, Wurdack KJ, Zimmer EA, Lee A, Janzen DH (2005), “Use of ADN barcodes to identify flowering plants”, Proc Natl Acad Sci USA, 102(23), pp 8369-8374 42 Le Viet Lam (2005), Taxonomy of bamboo subfamilies in Vietnam, Pages 312-321 in MARD (ed), Paper for the Conference of forest science and technology for 20 years under renovation, 8-9/4/2005 43 Le Viet Lam (2008), A Taxonomic Revision of the genus Bambusa (Poaceae-Bambusoideae) from North Vietnam, A thesis submitted for the Degree of Doctoral at the graduate school of the Chinese Academy of Sciences 44 Vu Ta Lap (1999), Natural Geography of Vietnam, Education Puslishing House, HaNoi 45 Lee HL, Jansen RK, Timothy W, Kim CKJ (2007), “Gene Relocations within Chloroplast Genomes of Jasminum and Menodora (Oleaceae) Are Due to Multiple, Overlapping Inversions”, Molercular Biology and Evolution, 24 (5), pp 1161-1180 46 McClure FA (1938), “Bambusa ventricosa, a new species with a teratological bent”, Lingnan Science Journal, 17, pp 57-63 47 Mort ME, Levsen N, Randle RP, Jaarseld EV, Palmer A (2005), “Phylogenetics and versification of Cotyledon (Crassulaceae) inferred from nuclear and chloroplast ADN sequences data”, American Journal of Botany, 92 (7), pp 1170-1176 48 Mort ME, Soltis DE, Soltis PS, Francisco-Ortega J, Santos-Guerra A (2001), “Phylogenetic relationships and evolution of Crassulaceae inferred from matK sequence data”, American Journal of Botany, 88, pp 76-91 49 Mort ME, Soltis DE, Soltis PS, Francisco-Ortega J, Santos-Guerra A (2002), “Phylogenetic and evolution of Macaronesian Clade (Crassulaceae)”, Systematics Botany, 27, pp 271288 50 Nei M, Kumar S (2000), Molecular evolution and phylogenetic, Oxford University Press 51 Nguyen Hoang Nghia (2006), Bamboos of Vietnam, Agricultoral publ House 52 Ohrnberger D, (1999), The Bamboos of the World Elsevier 53 Page DM, Holmes HC (2000), Molecular evolution a Phylogenetic Approach, Blackwell Science 54 Rao VR, Rao AN (1995), Bamboo and Rattan, Genetic Resources and Use, Proceedings of 31 luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page 31 of 128 Header Page 32 of 128 the First INBAR Biodiversity, Genetic Resources and Conservation Working 55 Rao AN, Rao VR (1999), Bamboo and Rattan, Genetic Resources and Use, Proceedings of the third INBAR-IPGRI Biodiversity, Genetic Resources and Conservation Working Group, 24-27 August 1997, Sergan, Malaysia, IPGRI: 203 56 Saitou N, Nei M (1987), “The neighbor-joining method: A new method for reconstructing phylogenetic trees”, Molecular Biology Evolution, 4, pp 406-425 57 Sang T, Crawford DJ, Stuessy TF (1997), “Chloroplast ADN phylogeny, reticulate evolution, and biogeography of Paeonia (Paeoniaceae)”, American Journal of Botany, 84(8), pp 1120 – 1136 58 Shaw JE, Lickey E, Beck JT, Farmer SB, Liu W, Miller KC, Winder CT, Schilling EE, Small RL (2005), “The tortoise and the hare II: relative utility of 21 noncoding chloroplast ADN sequences for phylogenetic analysis”, American Journal of Botany, 92, pp 142166 59 Shaw JE, Small RL (2005), “Chloroplast ADN phylogeny and phylogeography of the North American plums (Prunus subgenus Prunus section Prunocerasus, Rosaceae)”, American Journal of Botany, 92, pp 2011-2030 60 Schreber JCD (1789), Genera Plantarum, ed Vol Frankfurt 61 Sun Y, Xia N, Lin R (2005), “Phylogenetic analysis of Bambusa (Poaceae: Bambusoideae) based on internal transcribed spacer sequences of nuclear ribosomal ADN”, Biochemical Genetics, 43(11-12), pp 12-603 62 Taberlet P, Coissac E, Pompanon F, Gielly L, Miguel C, Valentini A, Vermat T, Corthier G, Brochmann C, Willerslev E (2006), “Power and limitations of the chloroplast trnL (UAA) intron for plant ADN barcoding”, Nucleic Acid Research, 35, e14 63 Tamura K, Dudley J, Nei M, Kumar S (2007), “MEGA4: Molecular Evolutionary Genetic Analysic (MEGA) sofware version 4.0”, Molecular Biology and Evolution, 10.1093/molbev/msm092 64 Tate JA, Simpson BB (2003), “Paraphyly of Tarasa (Malvaceae) and diverse origins of the polyploidy species”, Systemtatic Botany, 28, pp 723-737 65 Thompson JD, Higgins DG, Gibson TJ (1994), “CLUSTAL X: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific 32 luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page 32 of 128 Header Page 33 of 128 gap penalties and weight matrix choice”, Nucleoic Acids Res, 22, pp 46-80 66 Wu FH, Kan DP, Lee SB, Daniell H, Lee YW, Lin CC, Lin NS, Lin CS (2009), “Complete nucleotide sequence of Dendrocalamus latiflorus and Bambusa oldhamii chloroplast genomes”, Tree Physiology, 29(6): 56 – 847 67 Yang HQ, Yang JB, Peng ZH, Gao J, Yang YM, Peng S, Li DZ (2008), “A molecular phylogenetic and fruit evolutionary analysis of the major groups of the paleotropical woody bamboos (Gramineae: Bambusoideae) based on nuclear ITS, GBSSI gene and plastid trnL-F ADN sequences”, Molecular Phylogenetics and Evolution, 48(3), pp 24809 68 Zhou MB, Lu JJ, Zhong H, Liu XM, Tang DQ (2010), “Distribution and diversity of PIF-like transposable elements in the Bambusoideae subfamily”, Plant Science, 179, pp 257-266 33 luan van thac si - luan van kinh te - khoa luan - tai lieu -Footer Page 33 of 128 ... (Bambusa Schreb.) có biến đổi hình thái Việt Nam Xuất phát từ sở trên, tiến hành nghiên cứu đề tài: Xác định tên số loài thuộc chi tre (Bambusa Schreb.) biến đổi hình thái Việt Nam kỹ thuật phân tích. .. 4, 34] cho tre Đùi gà biến danh lồi Bambusa tuldoides (tên Việt Nam Hóp nhỏ) Khó khăn không Việt Nam mà giới Vì việc định loại tên lồi chi tre nan giải, cần có hỗ trợ kỹ thuật phân tích ADN Phương... Giới thiệu tổng quát số loài thuộc chi tre (Bambusa Schreb.) 1.1.1 Vị trí phân loại chi Bambusa Schreb Cây tre phân bố rộng rãi nhiều vùng nước ta Tre quen thuộc người Việt Nam tre sử dụng nhiều