KẾT QUẢ
Sàng lọc docking: 22 3.2 Đặc điểm hóa lý của các hợp chất được chọn: 32 3.3 Dự đoán về hấp thu, phân bố, chuyển hóa, thanh thải và độc tính (ADMET)
Trước khi tiến hành sàng lọc các hợp chất, phối tử đồng tinh thể cần được re-dock vào vị trí hoạt động của mục tiêu để xác định độ lệch bình phương trung bình gốc (RMSD), từ đó đánh giá tính phù hợp của các thông số docking Sử dụng Autodock Vina để dock phân tử đồng kết tinh định dạng pdbqt với protein 6H2Z định dạng pdbqt, kết quả cho thấy năng lượng liên kết ∆G = -8.4 kCal/mol Để đánh giá sự tương đồng về cấu dạng, phần mềm Chimera 1.14 được sử dụng để xác định giá trị RMSD, cho thấy sự chồng khít về cấu trúc của phối tử trước và sau khi dock với giá trị RMSD là 1.378Å, thỏa mãn điều kiện RMSD nhỏ hơn 1.5Å, chứng tỏ kết quả docking là đáng tin cậy.
Hình 3.2: Kết quả re-dock của phân tử đồng kết tinh.
Nghiên cứu sử dụng phần mềm Discovery Studio Visualizer 4.0 để phân tích sự tương tác giữa 4-(4-phenylpiperidine-1-carbonyl) benzenesulfonamide và enzyme CAII Hình ảnh minh họa cho thấy phân tử đồng kết tinh hình thành các liên kết quan trọng với 4 acid amin, bao gồm liên kết -sulfur với His94, liên kết -σ với Leu198 và Val135, cùng với liên kết -alkyl với Val121 Hợp chất này cũng thể hiện sự tương tác với các gốc Thr199, Gln92 và Zn301.
Hình 3.3: Minh họa hai chiều tương tác của 4-(4-phenylpiperidine-1- carbonyl) benzenesulfonamide với trung tâm hoạt động CAII.
Sàng lọc chất ức chế enzyme CAII:
Sau khi chuẩn bị các phối tử, chúng tôi đã tiến hành docking 50 hợp chất tự nhiên coumarine với enzym CAII nhằm sàng lọc các phân tử có khả năng ức chế enzym này Kết quả thu được được trình bày trong bảng dưới đây.
Bảng 3.1: Kết quả docking của 50 hợp chất coumarin tự nhiên:
2a Nhóm 6, 7 furanocoumarin (hay còn gọi là nhóm psoralen) :
2c Nhóm 7, 8 furanocoumarin ( hay còn gọi là nhóm angelicin):
S o sánh năng lượn g liên kết của phối tử đồng kết tinh với
50 hợp chất, kết quả thu được
8 hợp chất tối ưu so tử đồn g kết tinh
Calo phyl lolid với năn g lượn g là
3.2 Đặc điểm hóa lý của các hợp chất được chọn:
Từ kết quả ở bảng trên, ta thấy được có 8 phân tử cho kết quả tối ưu so với 4-(4- phenylpiperidine-1-carbonyl) benzenesulfonamide.
Bảng 3.2: Kết quả lipinski của 8 hợp chất được lựa chọn từ kết quả Docking:
Trong số tám hợp chất tự nhiên tiềm năng, năm hợp chất trong số chúng đáp ứng
Có nhiều hơn hai tiêu chí RO5, khiến Calophyllolid, Imperatorin, Khellactone, Scandenin và Frutinone A trở thành những ứng cử viên tiềm năng trong phát triển thuốc Khóa luận này đã sử dụng phần mềm Discovery Studio Visualizer 4.0 để phân tích tương tác axit amin của năm hợp chất với enzyme CAII, và kết quả được trình bày trong bảng dưới đây.
Bảng 3.3: Tương tác giữa 5 hợp chất với đích CAII:
3.3 Dự đoán về hấp thu, phân bố, chuyển hóa, thanh thải và độc tính (ADMET): Để phân tích hiệu quả hóa lý của năm hợp chất ức chế protein mục tiêu nêu trên,phương pháp in silico ADMET đã được sử dụng ADMET liên quan đến năm thông số:hấp thu, phân phối, chuyển hóa, thanh thải và độc tính, tất cả đều đóng vai trò quan trọng để chứng minh khả năng thành công của một loại thuốc Dự đoán về sự hấp thu, phân bố, chuyển hóa, thanh thải và độc tính của năm hợp chất được trình bày trong bảng dưới đây:
Bảng 3.4 Kết quả ADMET của 5 hợp chất được chọn từ RO5:
Hấp thu Độ tan trong nước (log mol/L)
Thể tích phân bố VDss
Tỷ lệ hợp chất ở dạng tự do
Thấm qua hệ thần kinh trung ương
Thanh thải Độ thanh thải toàn phần (log ml/min/kg)
OCT2 thận Độc tính Độc tính
Hấp thu và tính thấm của dòng tế bào ung thư biểu mô ruột kết (Caco2) là các yếu tố quan trọng quyết định sinh khả dụng của thuốc Tất cả hợp chất trong nghiên cứu đều có tính thấm Caco2 cao, lớn hơn 0,9, và tỷ lệ hấp thu ở ruột người của chúng cũng khá cao: Calophyllolid (98.504%), Imperatorin (97.755%), Khellactone (96.737%), Scandenin (93.028%), và Frutinone A (100%) Điều này cho thấy năm hợp chất có khả năng hấp thu qua đường ruột Sự phân bố của thuốc phụ thuộc vào nhiều yếu tố như khả năng hòa tan trong lipid và nồng độ trong huyết tương Giá trị log BB lớn hơn 0,3 cho thấy khả năng qua hàng rào máu não tốt; trong số năm chất, chỉ Frutinone A đạt yêu cầu (log BB = 0.387), trong khi Khellactone không thấm qua thần kinh trung ương (log BB = -2.915).
Các isozyme cytochromes P450 (CYP) đóng vai trò quan trọng trong chuyển hóa thuốc, trong đó CYP3A4 là enzyme chính chuyển hóa hầu hết các hợp chất, ngoại trừ Khellactone Khellactone không chỉ là chất ức chế CYP2D6 mà còn ức chế CYP3A4 Tất cả bốn hợp chất được nghiên cứu đều không phải là chất nền của chất vận chuyển cation hữu cơ ở thận (OCT2) Kết quả từ thử nghiệm AMES cho thấy Calophyllolid, Khellactone và Scandenin được coi là không gây đột biến Hơn nữa, tất cả các hợp chất này không có độc tính cấp tính, độc tính với gan và không gây kích ứng da.
