| Tài liệu tham khảo |
Loại |
Chi tiết |
| 1. Đặng Cao Cường, Nguyễn Trung Thông, Hoàng Xuân Huấn (2008), “Một số phương pháp phân tích mạng trao đổi chất sinh học”, Hội thảo quốc gia CNTT, Huế 2008 |
Sách, tạp chí |
| Tiêu đề: |
Một số phương pháp phân tích mạng trao đổi chất sinh học”, "Hội thảo quốc gia CNTT |
| Tác giả: |
Đặng Cao Cường, Nguyễn Trung Thông, Hoàng Xuân Huấn |
| Năm: |
2008 |
|
| 2. PGS.TS. Trần Minh Tâm, “Trao đổi chất và sự chuyển hóa năng lƣợng”, Báo Thực phẩm & Đời sống.Tiếng Anh |
Sách, tạp chí |
| Tiêu đề: |
Trao đổi chất và sự chuyển hóa năng lƣợng”, "Báo Thực phẩm & Đời sống |
|
| 3. Dat H. Nguyen, Cuong Cao Dang (2008), “Biological Non- Commutativity Operating Paradigm In E. coli Metabolic Network”, Proceeding of The 2008 Pacific Rim International Conferences on Artificial Intelligence (PRICAI 2008) |
Sách, tạp chí |
| Tiêu đề: |
Biological Non-Commutativity Operating Paradigm In E. coli Metabolic Network” |
| Tác giả: |
Dat H. Nguyen, Cuong Cao Dang |
| Năm: |
2008 |
|
| 4. Daniel Segre, Dennis Vitkup, and George M. Church (2002), “Analysis of optimality in natural and perturbed metabolic networks”, PNAS, vol. 99 |
Sách, tạp chí |
| Tiêu đề: |
Analysis of optimality in natural and perturbed metabolic networks”, "PNAS |
| Tác giả: |
Daniel Segre, Dennis Vitkup, and George M. Church |
| Năm: |
2002 |
|
| 5. Karthik Raman, Preethi Rajagopalan, Nagasuma Chandra (2005), “Flux Balance Analysis of Mycolic Acid Pathway: Targets for Anti-Tubercular Drugs”, PLoS Computational Biology, Vol. 1, No. 5 |
Sách, tạp chí |
| Tiêu đề: |
Flux Balance Analysis of Mycolic Acid Pathway: Targets for Anti-Tubercular Drugs”, "PLoS Computational Biology |
| Tác giả: |
Karthik Raman, Preethi Rajagopalan, Nagasuma Chandra |
| Năm: |
2005 |
|
| 6. Kenethh et al (2003), “Advances in flux balance analysis”, Current Opinion in Biotechnology, pp. 14(5):491-6 |
Sách, tạp chí |
| Tiêu đề: |
Advances in flux balance analysis”, "Current Opinion in Biotechnology |
| Tác giả: |
Kenethh et al |
| Năm: |
2003 |
|
| 7. Tomer Shlomi, Omer Berkman and Eytan Ruppin (2004), “Constraint- Based Modeling of Perturbed Organisms A ROOM for improvement”, ISMB |
Sách, tạp chí |
| Tiêu đề: |
Constraint-Based Modeling of Perturbed Organisms A ROOM for improvement” |
| Tác giả: |
Tomer Shlomi, Omer Berkman and Eytan Ruppin |
| Năm: |
2004 |
|
| 8. Tomer Shlomi, Omer Berkman, and Eytan Ruppin (2005), “Regulatory on off minimization of metabolic flux changes after genetic perturbations”, PNAS, vol. 102 no. 21, pp. 7695-7700 |
Sách, tạp chí |
| Tiêu đề: |
Regulatory on off minimization of metabolic flux changes after genetic perturbations”, "PNAS |
| Tác giả: |
Tomer Shlomi, Omer Berkman, and Eytan Ruppin |
| Năm: |
2005 |
|
| 9. Edwards, J. S. & Palsson, B. O (1998). “How will bioinformatics influence metabolic engineering?”, Biotechnol Bioeng vol. 58, pp. 162-9 |
Sách, tạp chí |
| Tiêu đề: |
How will bioinformatics influence metabolic engineering?”," Biotechnol Bioeng |
| Tác giả: |
Edwards, J. S. & Palsson, B. O |
| Năm: |
1998 |
|
| 10. Bailey, J. E (2001). “Complex biology with no parameters”, Nat Biotechnol, Vol. 19, pp. 503-4 |
Sách, tạp chí |
| Tiêu đề: |
Complex biology with no parameters”, "Nat Biotechnol |
| Tác giả: |
Bailey, J. E |
| Năm: |
2001 |
|
| 11. Varma, A., Boesch, B. W. & Palsson, B. O (1993), “Stoichiometric interpretation of Escherichia coli glucose”, Appl Environ Microbiol, Vol.59, No. 8, pp. 2465-2473 |
Sách, tạp chí |
| Tiêu đề: |
Stoichiometric interpretation of Escherichia coli glucose”", Appl Environ Microbiol |
| Tác giả: |
Varma, A., Boesch, B. W. & Palsson, B. O |
| Năm: |
1993 |
|
| 12. Reed, J., Vo, T., Schilling, C. & Palsson, B (2003),” An expanded genome-scale model of Escherichia coli K-12 (iJR904 GSM/GPR)”, Genome Biology, Vol. 4, R54 |
Sách, tạp chí |
| Tiêu đề: |
Genome Biology |
| Tác giả: |
Reed, J., Vo, T., Schilling, C. & Palsson, B |
| Năm: |
2003 |
|
| 13. Gertz, E. M. & Wright, S. J (2003), “Object-Oriented Software for Quadratic Programming”, ACM Transactions on Mathematical Software, vol. 29, pp. 58-81 |
Sách, tạp chí |
| Tiêu đề: |
Object-Oriented Software for Quadratic Programming”, "ACM Transactions on Mathematical Software |
| Tác giả: |
Gertz, E. M. & Wright, S. J |
| Năm: |
2003 |
|
| 14. Karmarkar, N (1984), “A New Polynomial-Time Algorithm for Linear Programming”, Combinatorica, vol. 4, pp. 373-395 |
Sách, tạp chí |
| Tiêu đề: |
A New Polynomial-Time Algorithm for Linear Programming”, "Combinatorica |
| Tác giả: |
Karmarkar, N |
| Năm: |
1984 |
|
| 15. Hucka, M. et al. (2003), ”The systems biology markup language (SBML): a medium for representation and exchange of biochemical network models”, Bioinformatics, Vol. 19, pp. 524-531 |
Sách, tạp chí |
| Tiêu đề: |
Bioinformatics |
| Tác giả: |
Hucka, M. et al |
| Năm: |
2003 |
|
| 16. Daniel Segrè, Jeremy Zucker, Jeremy Katz, Xiaoxia Lin, Patrik D’haeseleer, Wayne P. Rindone, Peter Kharchenko, Dat H. Nguyen, Matthew A. Wright and George M. Church (2003), “From annotated genomes to metabolic flux models and kinetic parameter fitting”, Omics, Vol. 7, pp. 301 |
Sách, tạp chí |
| Tiêu đề: |
From annotated genomes to metabolic flux models and kinetic parameter fitting”, "Omics |
| Tác giả: |
Daniel Segrè, Jeremy Zucker, Jeremy Katz, Xiaoxia Lin, Patrik D’haeseleer, Wayne P. Rindone, Peter Kharchenko, Dat H. Nguyen, Matthew A. Wright and George M. Church |
| Năm: |
2003 |
|
| 17. Emmerling, M., Dauner, M., Ponti, A., Fiaux, J., Hochuli, M., Szyperski, T., Wuthrich, K., Bailey, J. E. & Sauer , U. (2002), “Metabolic flux responses to pyruvate kinase knockout in Escherichia coli”, J. Bacteriol, Vol. 184, pp. 152–164 |
Sách, tạp chí |
| Tiêu đề: |
Metabolic flux responses to pyruvate kinase knockout in Escherichia coli”, "J. Bacteriol |
| Tác giả: |
Emmerling, M., Dauner, M., Ponti, A., Fiaux, J., Hochuli, M., Szyperski, T., Wuthrich, K., Bailey, J. E. & Sauer , U |
| Năm: |
2002 |
|
| 18. Neidhardt, F. C. (1996), Escherichia coli and Salmonella: cellular and molecular biology, ASM Press, Washington, D.C |
Sách, tạp chí |
| Tiêu đề: |
Escherichia coli and Salmonella: cellular and molecular biology |
| Tác giả: |
Neidhardt, F. C |
| Năm: |
1996 |
|
| 19. Bono, H., Ogata, H., Goto, S. & Kanehisa, M. (1998), “Reconstruction of amino acid biosynthesis pathways from the complete genome sequence”, Genome Research, Vol. 8, 203 |
Sách, tạp chí |
| Tiêu đề: |
Reconstruction of amino acid biosynthesis pathways from the complete genome sequence”, "Genome Research |
| Tác giả: |
Bono, H., Ogata, H., Goto, S. & Kanehisa, M |
| Năm: |
1998 |
|
| 21. Covert, M. W. et al. (2001), “Metabolic Modeling of Microbial Strains in silico”, Trends in Biochemical Sciences |
Sách, tạp chí |
| Tiêu đề: |
Metabolic Modeling of Microbial Strains in silico” |
| Tác giả: |
Covert, M. W. et al |
| Năm: |
2001 |
|
![Hình 1.1. Mô hình đơn giản của quá trình đồng hoá chất đạm, chất đường và chất béo [52] - Một số phương pháp phân tích trong mạng trao đổi chất](https://media.store123doc.com/figures/003/932/hinh-gian-trinh-dong-chat-dam-chat-duong-3932666.webp)
![Hình 1.2. Vòng tuần hoàn axít citric, một trong những phần quan trọng của quá trình trao đổi chất [52] - Một số phương pháp phân tích trong mạng trao đổi chất](https://media.store123doc.com/figures/003/932/hinh-vong-tuan-citric-phan-trong-trinh-doi-3932667.webp)
![Hình 1.3. Mô hình khái quát vòng tuần hoàn axít citric [52]. - Một số phương pháp phân tích trong mạng trao đổi chất](https://media.store123doc.com/figures/003/932/hinh-hinh-khai-quat-vong-tuan-hoan-citric-3932668.webp)
![Hình 2.2. Minh hoạ lời giải của một bài toán quy hoạch bậc hai [53]. - Một số phương pháp phân tích trong mạng trao đổi chất](https://media.store123doc.com/figures/003/932/hinh-minh-hoa-loi-giai-toan-hoach-bac-3932671.webp)
![Bảng 3.1 Danh sách một số phản ứng trao đổi chất của E. coli [50]. - Một số phương pháp phân tích trong mạng trao đổi chất](https://media.store123doc.com/figures/003/932/bang-danh-sach-phan-ung-trao-doi-chat-3932672.webp)
![Hình 3.2 Minh hoạ một mạng trao đổi chất [50]. - Một số phương pháp phân tích trong mạng trao đổi chất](https://media.store123doc.com/figures/003/932/hinh-minh-hoa-mang-trao-doi-chat-3932674.webp)
![Hình 3.3 Minh hoạ ma trận stoichiometry [50]. - Một số phương pháp phân tích trong mạng trao đổi chất](https://media.store123doc.com/figures/003/932/hinh-minh-hoa-ma-tran-stoichiometry-3932675.webp)
![Hình 4.2 Minh hoạ hàm mục tiêu của một mạng trao đổi chất: Z=B+D+2E Các nghiên cứu gần đây của Edwards [39], Schilling và Segre [4] cho thấy rằng chúng ta nên sử dụng hàm Z là hàm tối đa tăng trưởng - Một số phương pháp phân tích trong mạng trao đổi chất](https://media.store123doc.com/figures/003/932/hinh-mang-doi-chat-nghien-edwards-schilling-truong-3932677.webp)
![Hình 4.4 Nguyên lý tối ƣu của FBA và MOMA [4]. - Một số phương pháp phân tích trong mạng trao đổi chất](https://media.store123doc.com/figures/003/932/hinh-nguyen-ly-toi-u-fba-moma-3932678.webp)
![Hình 4.7 Một ví dụ về dự đoán dòng của E. coli đột biến [4]. - Một số phương pháp phân tích trong mạng trao đổi chất](https://media.store123doc.com/figures/003/932/hinh-du-du-doan-dong-coli-dot-bien-3932679.webp)
