bài tập thực hành

Các cặp primer chuyên biệt của Yersinia pseudotuberculosis 9 Trang 5 DANH SÁCH CÁC HÌNHTrangHình 1.1.. Kết quả PCR của cặp primer 2 11 Trang 6 TỔNG QUAN TÀI LIỆUYersinia pseudotubercul

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

KHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BÁO CÁO THỰC HÀNH

SINH TIN HỌC

Sinh viên thực hiện : NHÓM 3 THỨ 3 CA 3

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

KHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BÁO CÁO THỰC HÀNH

SINH TIN HỌC

Hướng dẫn khoa học Sinh viên thực hiện

VÕ THỊ TƯỜNG VY - 21126589 NGUYỄN NHƯ HIỆP - 21126342

TP Thủ Đức, 06/2024

MỤC LỤC

Trang

MỤC LỤC i

DANH SÁCH CÁC BẢNG ii

DANH SÁCH CÁC HÌNH iii

TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1

THIẾT KẾ PRIMER CHUYÊN BIỆT CHO Yersinia pseudotuberculosis 2

1.1 Phương pháp thực hiện 2

1.2 Các cặp primer chuyên biệt 9

1.3 Thông tin của các cặp primer 9

1.3.1 Thông tin cặp primer 1 9

1.3.2 Thông tin cặp primer 2 10

1.3.3 Thông tin cặp primer 3 11

KẾT LUẬN 13

TÀI LIỆU THAM KHẢO 14

DANH SÁCH CÁC BẢNG

Trang

Bảng 1.1 Các cặp primer chuyên biệt của Yersinia pseudotuberculosis 9

Bảng 1.2 Kết quả kiểm tra bằng primer BLAST của trang web NCBI 13

DANH SÁCH CÁC HÌNH

Trang

TỔNG QUAN TÀI LIỆU

Yersinia pseudotuberculosis là một loại vi khuẩn gram âm gây sốt phát ban

đỏ ở người, đôi khi họ bị nhiễm bệnh từ động vật, thường là qua con đường lây truyền

qua thực phẩm Động vật cũng bị nhiễm Y pseudotuberculosis Vi khuẩn này dương

tính với Urease

Ở động vật, Y pseudotuberculosis có thể gây ra các triệu chứng giống bệnh

lao , bao gồm hoại tử mô cục bộ và u hạt ở lá lách , gan và hạch bạch huyết

Ở người, các triệu chứng của sốt phát bang tương tự như triệu chứng của nhiễm

trùng Yersinia enteratioitica (sốt và đau bụng bên phải), điều này đôi khi khiến tình

trạng bệnh khó chẩn đoán

Về mặt di truyền, mầm bệnh gây bệnh dịch hạch, Y pestis , rất giống với Y pseudotuberculosis Bệnh dịch hạch dường như đã chuyển hướng từ bệnh Y pseudotuberculosis tương đối gần đây - khoảng 1.500 đến 20.000 năm trước, và ngay

trước khi đợt bùng phát đầu tiên được ghi nhận trong lịch sử ở người Một bài báo năm 2015 trên tạp chí Cell đã lập luận về sự phân kỳ khoảng 6.000 năm trước Những ước tính hiện đại này khác biệt đáng kể so với những đề xuất trước đó trong tài liệu

khoa học phổ biến cho rằng Y pestis đã tiến hóa ở loài gặm nhấm ở khoảng thời gian

"hàng triệu năm trước"

Loài Y pseudotuberculosis được công bố trên GenBank đã được sử dụng để

thiết kế các bộ thăm dò mồi trong nghiên cứu

Cặp primer chuyên biệt cho Y pseudotuberculosis được sử dụng cho thương

mại trên thị trường hiện nay (bộ kit q-PCR Pentaplex phát triển từ plasmid đặc trưng pMT1 và pPCP1)

Primer F: ACGTGGGCGTGAATTCTCTCAA

Primer R: GCCGTTGGGATCTCCACCAA

Các cặp primer này được ứng dụng trong các phương pháp PCR Sự phát triển của phương pháp PCR và phương pháp PCR thời gian thực dựa giúp việc định tính, định lượng mẫu nghi ngờ trở nên nhanh chóng, nhạy cảm và cụ thể hơn Vì vậy, hiện nay, các phương pháp này được ứng dụng nhiều trong việc sàng lọc các mẫu thực

phẩm nhằm phát hiện sự hiện diện của Y pseudotuberculosis

THIẾT KẾ PRIMER CHUYÊN BIỆT CHO Yersinia

pseudotuberculosis

1.1 Phương pháp thực hiện

Hình 1.1 Tìm kiếm genome của loài mục tiêu

Hình 1.2 Chọn protein chuyên biệt

Hình 1.3 Điều kiện chọn protein Độ dài từ 90 đến 150 amino acid; nên chọn hypothetical protein.

Hình 1.4 Run BLAST protein

Hình 1.6 Cách tạo primer bằng web primer 3 Nên lấy cặp primer đầu tiên; Primer ở trên là primer F, Primer ở dưới là primer R.

Paste trình

tự FASTA

>200bp

Hình 1.7 Cách chạy PCR giả lập Chạy PCR trên trang web in silico PCR amplification.

Hình 1.8 Cách xem kết quả Primer chuyên biệt phải đạt yêu cầu: ra được tất cả band của loài Yersinia pseudotuberculosis và không ra band của các loài khác

1.2 Các cặp primer chuyên biệt.

Bảng 1.1 Các cặp primer chuyên biệt của Yersinia pseudotuberculosis

3 GAACGGTGAGGATAGGCAG

1.3 Thông tin của các cặp primer.

1.3.1 Thông tin cặp primer 1

Protein: WP_071840618.1

Nhiệt độ nóng chảy (Tm): 59oC

%GC: Primer F: 50% và Primer R: 55%

FASTA:

GTGACTGGCCCCCCGCTGCGGGTACGCGGTAATGAGGCATTACTGG ATGAGGCATTATTTGGTGAGATATTACTTGATGCGACATTATTTGAT AAGACACTGTTTGATAAGACACTGTTTGATGAAGTGCTATTTGATGA AGCACTGTTTGATAACTTGCTGTCTGATAAATGGCTATTGGAGGAGC GGCTGTGTGATGGCACGCCCATGAGTAAGAGACACCCAATTAATAA GCCAATCAACCCTCTAGAGCGATTTAAGTGTTTATTTTTGCCAAGAA AATACACCAAATTGAAGTTCGTCAGATTGCACCACCAAGTGCTAAA CTGCTTACCTGCAGCGAGTATAAAAATAGTCATCAGTTTACTTCCTT TTAATGCTGATCATCATCCGACAATCCATTGA

Hình 1.9 Kết quả PCR của cặp primer 1.

1.3.2 Thông tin cặp primer 2

Protein: NC_006155.1

Nhiệt độ nóng chảy (Tm): 59oC

%GC: Primer F: 55% và Primer R: 43%

FASTA:

ATGAACTTAAAAAGTAAAATCTTTATTTTCTGGGGAATGATGGATCT CTATTATATCGTTAGATATATATGGGTTAGCCTCTCTGTCGGTAAAA TCCCCTTTGTCAGTGATATTAATAATTTTCTGCCCATGGACTTTTCTG ATCTACTTATATATAGAGTTATTGTTATAGGTTCGATGCTAACCACC ATTTCAGTGTTGTTTACTGCTTTCTTCTTTTTAAAAAATAAAAAGATA GCGATAATGGCTGCTTTTATACAAGAGCCTTTTAGACTTATTTTTGGC GTGTACTCTATTTCATTGATACCTACAGTTATCAATGCACTCGGTATG ACTATATTAGTGACTAATCTATTCTTCCTTTTTATTTCTGAGGGTTTA AAAATTTACACTTTGCTTATTGCCAGGAAGATGTAG

Hình 1.10 Kết quả PCR của cặp primer 2.

1.3.3 Thông tin cặp primer 3.

Protein: CP009712.1

Nhiệt độ nóng chảy (Tm): 59oC

%GC: 55%

FASTA:

ATGATTAAACGTAAAAACCAGCCTTCGGGCTGGTTCAGACTGCTGA CAAACCCCGATGACGCGATCTTGAACGGTGAGGATAGGCAGAGGAG TAAAGCGTCCGCGCCAAGGATGGCGCGGCTCGAGCCTACATGGATG TA

TTTACGGCGTCTTTACGATCTGCCTGTTCTCTCCGTCGCGGGCACTTT GTCAACAACCTCAAACCAGCCTTCGGGCTGGTTTTTTTATGGCTGTG ATTTGTATCTGCCTACGATATTACCGGCGCGGAGTATGCATCAGATC TTGCTGTAA

Hình 1.11 Kết quả PCR của cặp primer 3.

KẾT LUẬN

Bảng 1.2 Kết quả kiểm tra bằng primer BLAST của trang web NCBI

Primer thương mại Yersinia similis, Yersinia massiliensis, Yersinia frederiksenii, Epinotia

brunnichana

Giữa 3 primer tìm được thì nhận thấy Tm với %GC ở cả 3 primer đều ổn định thỏa mãn yêu cầu khi thiết kế primer

Xét theo mức độ thì hiện tượng bắt vòng và kẹp tóc giữa 3 primer dựa vào thông số self thì có thứ tự như sau primer 2 < primer 3 < primer 1

Nhận xét primer từ báo: Primer từ bài báo có Tm và %GC nằm trong yêu cầu thiết kế primer tuy nhiên khả năng xảy ra hiện tượng bắt vòng và kẹp tóc khá cao Hơn

3 primer của nhóm tìm được đặc hiệu hơn primer của bài báo và để lựa chọn 1 trong 3 primer thì cần phải xem xét mục đích sử dụng primer của người dùng vì mỗi primer sẽ có ưu và nhược điểm khác nhau

TÀI LIỆU THAM KHẢO

1 Horisaka T, Fujita K, Iwata T, Nakadai A, Okatani AT, Horikita T, Taniguchi T, Honda E, Yokomizo Y, Hayashidani H (2004) Sensitive and specific detection of

Yersinia pseudotuberculosis by loop-mediated isothermal amplification J Clin Microbiol doi: 10.1128/JCM.42.11.5349-5352.2004 PMID: 15528740; PMCID:

PMC525174

2 Ying Bai, Vladimir Motin, Russell E Enscore, Lynn Osikowicz, Maria Rosales Rizzo, Andrias Hojgaard, Michael Kosoy, Rebecca J Eisen (2020) Pentaplex real-time PCR for differential detection of Yersinia pestis and Y pseudotuberculosis and

application for testing fleas collected during plague epizootics Original article Doi:

ORIGINAL ARTICLE