Trang 8 Vật liệu y tế: PHA có thể được sử dụng để sản xuất các vật liệu y tế sinh học, chẳng hạnnhư chỉ khâu, kẹp và stent.Lọc nước thải: C.. Hydro có thể được sử dụng để sản xuất điện h
Các bước tiến hành
Bước 1: Truy cập vào trang wed ncbi (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/), nhập tên loài
Cupriavidus necator tại thanh tìm kiếm.
Hình 1.1 Truy cập ncbi và tìm kiếm tên loài
Bước 2: Chọn đối vào Protein
Bước 3:: Danh sách Hypothetical của loài được đề xuất, lựa chọn những đối tượng có độ dài trình tự Protein từ 80 đến 200 amino acid tại Sequence length.
Hình 1.3 Chọn độ dài có trình tự từ 80 đến 200 amino acid tại Sequence length
Bước 4:Chọn vào 1 tên loài bất kỳ trên danh sách thông tin của loài hiện ra, sau đó chọn Run Blast
Hình 1.4 Thông tin loài xuất hiện và chọn Run BlastBước 5: Bấm vào Blast để tiến hành Blast thông tin loài
Hình 1.5 Chọn Blast để tiến hành blast thông tin loài
Bước 6: Kết quả Blast xuất hiện, chọn vào Accession của Descripsion có Per Ident 100%
Hình 1.6 Kết quả Blast xuất hiện
Bước 7: Sau khi chọn vào accession có Per Ident 100%, chọn Identical Proteins
Bước 8:Tại CDS Region in Nucleotide chọn loài (-)
Hình 1.8 Chọn loài có dấu (-)
Bước 9: Thông tin trình tự đoạn Nucleotide của loài xuất hiện, chọn Fasta
Bước 10: Sao chép toàn bộ trình tự Nucleotide sau khi Fasta
Hình 1.10 Trình tự Nucleotide của loài
Bước 11: Truy cập trang wed Primer3 Input (https://primer3.ut.ee/) đưa trình tự
Nucleotide được sao chép vào ô, chọn Pick Primers
Hình 1.11 Trình tự Nucleotide được đưa vào Primer3 Input
Bước 12: Chọn cặp Primer được ưu tiên đề xuất
Hình 1.12 Các cặp Primer được đề xuất
Bước 13: Truy cập trang wed In sillico pcr amplification (http://insilico.ehu.es/PCR/), chọn loài Cupriavidus necator -> chọn next step.
Hình 1.13 Trang wed In sillico pcr amplification
Bước 14: Nhập 2 đoạn trình tự primer được đề xuất từ trang wed Primer3 Input cho vào 2 ô primer 1 và 2, ngay chỗ Migroorganism chọn APPLY TO ALL CUPRIAVIDUS, chọn Amplify.
Hinh 1.14 Nhập đoạn 2 đoạn Primer và chạy PcrBước 15: Kết quả của In sillico đề xuất
Hình 1.15 Kết quả thu được
Bước 16: Sao chép 2 đoạn primer ở In sillico, truy cập vào Primer Blast
(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/) dán 2 đoạn primer vào ô.
Hình 1.16 Truy cập vào Primer Blast
Bước 17: Tại Database chỉnh thành “nr” và xoá “Homo Sapiens” sau đó chọn “Get
Hình 1.17 Tiến hành Get Primers
Kết quả các cặp primer thu được
Cặp primer thứ 1
Reverse primer: GCATCAGACGAACACCCTTC Cặp primer có nhiệt độ bắt cặp (Tm) và % GC thoả điều kiện
Hình 1.18 Fasta của loài cần tìm. Đoạn trình tự sau khi Fasta
GGCAAAGCAAGACCTGGCTATCAGGGGATATCGCCTAACGGATGATGCCTCG CATGCCACGGCCAAGCTGAAGATCACAGTGCGTCATGCGTTGAGCGTCCCTG TCGGCGCCAACGATGGCAGAGGGATAGCAATGAGCGTCGGTACCGAGATGGT GCGGGTATCGGATGGCAAGCAACTGTTTCTAGCCGGGGCAAGTCAGATTAAG GATCCTGGAACGAAGGGTGTTCGTCTGATGCCCTACGCGGAATGGTTCACGA ACGAGGGTTTCCTCGTCGAACAGTACCGCTTGGTCGCACGGCTACTCACGGCC CAGACGCTTGAGGGCCTTTAA
Kiểm tra cặp primer chọn cặp primer thứ 2 được đề xuất trong cặp primer được đề xuất sau cặp primer ưu tiên xem có chuyên biệt cho loài Cupriavidus necator.
Hình 1.19 Chọn cặp primer thứ 2 được đề xuất trong 4 cặp primer sau primer ưu tiên.
Vào in silico PCR Amplification, dán cặp primer vào tại Migroorganism chọn APPLY TO ALL Novosphingobium -> Amplify.
Hình 1.20 Dán cặp primer vào in sillico pcr amplification và chạy.
Thu được kết quả có band ở mức 247 bp phù hợp yêu cầu
Hình 1.21 Kết quả thu được sau khi in sillico pcr
Kiểm tra cặp primer này trên lại trên Primer Blast, coppy cặp primer này cho vào ô primer trong Primer Blast sau đó bấm Get primer để chạy trên tất cả các loài.
Hình 1.22 Chạy cặp primer trên tất cả các loài.
Kết quả thu được sau khi chạy Get Primer
Hình 1.22 Kết quả thu được
Cặp primer thứ 2
Cặp primer có nhiệt độ bắt cặp (Tm) và % GC thoả điều kiện
Hình 1.23 Fasta của loài cân tìm Đoạn trình tự sau khi Fasta
ATGGATATCTATCCGGCTGCAACTTACAAGGGATACGACCTCTATCCCCTGGT GTACAAGCACGCCGCCGAGCGCATATGGCCCGAGCCGCGGCCCGACCGTTCC TTCGATGCTGCCGTGGTGATCTGCCTGGAAGGCGAGTCGCCCGAAGGCATGC AGGCGCGCACGTTCCGCCTGGACGCCGCACCGTGGGATAACGTCGGTGGCGC GCGACGCGGTGCGTTGCGCTATGCCGAGGCCATCATCAATGGCGCGGTGCCG GGGGTATCGGTAACAACGGCCGGCGCGCCGATGGCGTCCTGA
Kiểm tra cặp primer chọn cặp primer ưu tiên được đề xuất xem có phải cặp primer chuyên biệt cho loài Cupriavidus necator.
Nhập đoạn 2 đoạn Primer và chạy Pcr
Hình 1.15 Kết quả thu được
Bước 16: Sao chép 2 đoạn primer ở In sillico, truy cập vào Primer Blast
(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/) dán 2 đoạn primer vào ô.
Hình 1.16 Truy cập vào Primer Blast
Bước 17: Tại Database chỉnh thành “nr” và xoá “Homo Sapiens” sau đó chọn “Get
Hình 1.17 Tiến hành Get Primers
II Kết quả các cặp primer thu được
Reverse primer: GCATCAGACGAACACCCTTC Cặp primer có nhiệt độ bắt cặp (Tm) và % GC thoả điều kiện
Hình 1.18 Fasta của loài cần tìm. Đoạn trình tự sau khi Fasta
GGCAAAGCAAGACCTGGCTATCAGGGGATATCGCCTAACGGATGATGCCTCG CATGCCACGGCCAAGCTGAAGATCACAGTGCGTCATGCGTTGAGCGTCCCTG TCGGCGCCAACGATGGCAGAGGGATAGCAATGAGCGTCGGTACCGAGATGGT GCGGGTATCGGATGGCAAGCAACTGTTTCTAGCCGGGGCAAGTCAGATTAAG GATCCTGGAACGAAGGGTGTTCGTCTGATGCCCTACGCGGAATGGTTCACGA ACGAGGGTTTCCTCGTCGAACAGTACCGCTTGGTCGCACGGCTACTCACGGCC CAGACGCTTGAGGGCCTTTAA
Kiểm tra xem cặp primer thứ hai được đề xuất trong danh sách cặp primer đề xuất có tính đặc hiệu cho loài Cupriavidus necator hay không.
Hình 1.19 Chọn cặp primer thứ 2 được đề xuất trong 4 cặp primer sau primer ưu tiên.
Vào in silico PCR Amplification, dán cặp primer vào tại Migroorganism chọn APPLY TO ALL Novosphingobium -> Amplify.
Hình 1.20 Dán cặp primer vào in sillico pcr amplification và chạy.
Thu được kết quả có band ở mức 247 bp phù hợp yêu cầu
Hình 1.21 Kết quả thu được sau khi in sillico pcr
Kiểm tra cặp primer này trên lại trên Primer Blast, coppy cặp primer này cho vào ô primer trong Primer Blast sau đó bấm Get primer để chạy trên tất cả các loài.
Hình 1.22 Chạy cặp primer trên tất cả các loài.
Kết quả thu được sau khi chạy Get Primer
Hình 1.22 Kết quả thu được
Cặp primer có nhiệt độ bắt cặp (Tm) và % GC thoả điều kiện
Hình 1.23 Fasta của loài cân tìm Đoạn trình tự sau khi Fasta
ATGGATATCTATCCGGCTGCAACTTACAAGGGATACGACCTCTATCCCCTGGT GTACAAGCACGCCGCCGAGCGCATATGGCCCGAGCCGCGGCCCGACCGTTCC TTCGATGCTGCCGTGGTGATCTGCCTGGAAGGCGAGTCGCCCGAAGGCATGC AGGCGCGCACGTTCCGCCTGGACGCCGCACCGTGGGATAACGTCGGTGGCGC GCGACGCGGTGCGTTGCGCTATGCCGAGGCCATCATCAATGGCGCGGTGCCG GGGGTATCGGTAACAACGGCCGGCGCGCCGATGGCGTCCTGA
Kiểm tra cặp primer chọn cặp primer ưu tiên được đề xuất xem có phải cặp primer chuyên biệt cho loài Cupriavidus necator.
