Đối với những khoản cho vay dưới mức tự phán quyết của các PFI thì các PFI phải tự thẩm định tiểu dự án và được toàn quyền quyết định việc cho vay mà không phải tham khảo ý kiến của BIDV hoặc của WB. Nhưng đối với những trường hợp khoản vay lại có giá trị lớn trên mức tự phán quyết của PFI thì để vay được vốn phải có sự xem xét, chấp nhận của BIDV, thậm chí của IDA. Thực tế quy trình tái thẩm định đang được xây dựng với nỗ lực của cán bộ Ngân hàng ĐT&PT Việt Nam và chuyên gia tư vấn.
Đặc biệt là vấn đề thẩm định về vấn đề an tồn vệ sinh mơi trường, hiện nay ngân hàng đang gặp khó khăn về cán bộ thẩm định môi trường cũng như sự hạn chế về kiến thức đánh giá những tác động, xây dựng các tiêu chuẩn hợp lý đối với tiểu dự án được coi là đảm bảo an tồn vệ sinh mơi trường.
Bên cạnh đó, SGD III cũng chưa hồn thiện việc xây dựng hệ thống thơng tin quản lý phục vụ cho việc quản lý Dự án. Việc kết nối mạng giữa SGD III và Hội Sở chính của các PFI nhằm phục vụ cho cơng tác kiểm tra, giám sát hoạt động triển khai nguồn vốn Dự án cũng chưa được thực hiện. Điều này cũng làm giảm hiệu quả thực hiện Dự án.
Số lượng định chế tài chính tham gia là 22 nhưng địa bàn cho vay rất lớn lên đến 53 tỉnh thành trên cả nước do đó số lượng cán bộ hạn chế của các Phòng nghiệp vụ chức năng cũng hạn hẹp làm tần suất và chất lượng kiểm tra, giám sát chưa đáp ứng đủ nhu cầu của nhà tài trợ