Về cơ chế điều hành lãi suất, NHNN cần vận hành chính sách tiền tệ linh hoạt. Trong năm 2011 NHNN áp mức trần lãi suất 14% đối với các NHTM, trên thị trường đã có hiện tượng dịch chuyển dịng vốn tiền gửi từ các NHTM nhỏ sang các NHTM có tiềm lực tài chính, đã gây sự căng thẳng thanh khoản cho các ngân hàng này, hiện tượng các NHTM chiếm giữ vốn lẫn nhau trở nên phổ biến, nguy cơ vỡ nợ theo dây chuyền là rất lớn. Tuy nhiên trong bối cảnh hiện nay, việc bỏ trần lãi suất huy động là chưa phù hợp vì mặc dù thanh khoản của các tổ chức tín dụng đã được cải thiện tích cực nhưng chưa đồng đều giữa các tổ chức tín dụng, một số tổ chức tín dụng yếu kém vẫn gặp khó khăn về thanh khoản. Nếu bỏ trần lãi suất huy động thì các tổ chức tín dụng yếu kém sẽ tăng lãi suất huy động để thu hút nguồn vốn huy động, từ đó đẩy mặt bằng lãi suất huy động tăng cao, kéo lãi suất cho vay tăng theo. Thông tư số 19/2012/TT-NHNN, Ngân hàng Nhà nước lần lượt có các điều chỉnh về cơ chế trần lãi suất huy động, theo hướng áp trần riêng cho các loại không kỳ hạn và kỳ hạn dưới 1 tháng, các kỳ hạn từ 12 tháng trở lên các tổ chức tín dụng được ấn định trên cơ sở cung - cầu vốn.
Giải pháp hiện nay là NHNN cần phát huy tính định hướng của lãi suất thị trường liên ngân hàng, lãi suất tái cấp vốn và lãi suất thị trường mở, NHNN nên xem đây là lãi suất chủ đạo. Tùy theo trình độ quản lý kinh tế ở mỗi nước và vùng lãnh thổ mà có cách điều hành lãi suất cơ bản khác nhau.
Quy định của NHNN trong công tác quản lý rủi ro lãi suất của các NHTM: cơ sở pháp lý đối với công tác quản lý rủi ro lãi suất đối với các NHTM thực hiện theo quyết định số 16/2007/QĐ-NHNN ngày 18/4/2007, hướng dẫn chi tiết lập và trình bày báo cáo rủi ro lãi suất và đã được các NHTM áp dụng. Trên đà phát triển quy mô hoạt động các NHTM, q trình hồn thiện cơng nghệ thơng tin, nhận thức ngày càng đầy đủ về rủi ro lãi suất, NHNN cần khuyến khích các NHTM nên áp dụng các mơ hình quản lý nâng cao hơn như mơ hình thời lượng kết hợp mơ hình mơ phỏng để công tác quản lý rủi ro lãi suất ngày càng hoàn thiện hơn, đáp ứng yêu cầu hội nhập quốc tế của hệ thống ngân hàng trong nước.