Mặc dầu có một số phương pháp chọn tạo giống khoai tây hiện đại nhưng lai hữu tính đã, đang và vẫn sẽ là phương pháp phổ biến nhất. Trong đó, phương pháp chọn lọc theo chu kỳ thường được áp dụng. Phương pháp chọn lọc theo chu kỳ được khái niệm như sau, “chọn lọc theo chu kỳ được sử dụng để làm tăng cường các đặc tính di truyền số lượng theo hệ thống đa gene. Một quần thể biến dị được tạo ra và được chọn lọc theo các đặc tính mong muốn. Các dòng được chọn thường được lai với nhau để tạo ra nền tảng cho chu kỳ chọn lọc kế tiếp. Việc lai tạo và chọn lọc như vậy thường được thực hiện trong một số chu kỳ. Sự đa dạng về di truyền được bảo tồn theo phương pháp này. Ví dụ, nó có thể được áp dụng để tạo ra một quần thể với hàm lượng chất khô cao” (Beukema và Vander Zaag, 1990) [18]. Trong giai đoạn 1986-89, đề tai chọn tạo giống khoai tây áp dụng phương pháp chọn lọc theo chu kỳ đã được áp dụng thành công ở Philippines với việc tạo ra được ít nhất là 2 giống khoai tây mới. Một là Igorota (còn được gọi là PO3), đã và đang được trồng rộng rãi ở Philippines và Việt Nam (Lâm Đồng) và hai là Cooperation 88 (Hợp tác 88), đã và đang được trồng rất rộng rãi ở vùng Tây Nam Trung Quốc (Vân Nam, Quí Châu và Tứ Xuyên) (Canhui và các đồng tác giả, 2010) [24].
Trong khuôn khổ của đề tài luận án này, phương pháp chọn lọc theo chu kỳ đã được áp dụng để cải tiến (làm tăng tần số gene) các tính trạng đa gene (các tính trạng thích nghi như năng suất, các yếu tố hợp thành năng suất, hàm lượng chất khô v.v…) và duy trì tính chống bệnh của quần thể các dòng chống bệnh virus và quần thể các dòng chống bệnh mốc sương có nguồn gốc Andigena. Các dòng bố mẹ đã được lai với nhau theo phương pháp thụ phấn cho mỗi cây mẹ bằng hỗn hợp hạt phấn (hạt phấn của các dòng bố được trộn lẫn với nhau rồi thụ phấn cho các dòng mẹ). Việc lai tạo này đã được tiến hành 2 chu kỳ, nhóm các dòng chống bệnh virus được làm riêng và nhóm các dòng chống bệnh mốc sương được làm riêng. Mỗi dòng ở từng nhóm, đồng thời vừa là dòng bố, vừa dòng mẹ. Phương pháp lai (thụ phấn) bằng hỗn hợp hạt phấn (bulk collections of
pollen) đã được Plaisted (1987) [65] tiến hành ở Mỹ năm 1970 và Chien (1989) [26] tiến hành trong hai chu kỳ chọn tạo giống ở Philippines trong giai đoạn 3 năm, 1986-89.