ĐOÀN THỊ NHUNG BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VN HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ Đồn Thị Nhung SINH HỌC THỰC NGHIỆM NGHIÊN CỨU MỐI TƯƠNG QUAN DI TRUYỀN GIỮA NGƯỜI VIỆT CỔ - THUỘC GIAI ĐOẠN HẬU THỜI KỲ ĐỒ ĐÁ MỚI – VỚI NGƯỜI VIỆT HIỆN ĐẠI BẰNG PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ TỒN BỘ HỆ GEN TY THỂ LUẬN VĂN THẠC SĨ NGÀNH SINH HỌC 2021 Hà Nội - 2021 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VN HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ Đồn Thị Nhung NGHIÊN CỨU MỐI TƯƠNG QUAN DI TRUYỀN GIỮA NGƯỜI VIỆT CỔ - THUỘC GIAI ĐOẠN HẬU THỜI KỲ ĐỒ ĐÁ MỚI – VỚI NGƯỜI VIỆT HIỆN ĐẠI BẰNG PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ TỒN BỘ HỆ GEN TY THỂ LUẬN VĂN THẠC SĨ NGÀNH SINH HỌC Hà Nội - 2021 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VN HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ Đồn Thị Nhung NGHIÊN CỨU MỐI TƯƠNG QUAN DI TRUYỀN GIỮA NGƯỜI VIỆT CỔ - THUỘC GIAI ĐOẠN HẬU THỜI KỲ ĐỒ ĐÁ MỚI – VỚI NGƯỜI VIỆT HIỆN ĐẠI BẰNG PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ TỒN BỘ HỆ GEN TY THỂ Chun ngành: Sinh học thực nghiệm Mã số: 42 01 14 LUẬN VĂN THẠC SĨ NGÀNH SINH HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: PGS.TS Chu Hoàng Hà Hà Nội - 2021 i LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đề tài nghiên cứu luận văn cơng trình nghiên cứu tơi nhóm nghiên cứu góp ý người hướng dẫn Đồng thời, kết chưa xuất nghiên cứu Các số liệu, kết nêu luận văn trung thực sai tơi hồn tồn chịu trách nhiệm Học viên cao học ii LỜI CẢM ƠN Đầu tiên xin gửi lời cảm ơn đến thầy hướng dẫn PGS.TS Chu Hồng Hà, khơng có hỗ trợ tận tình suốt q trình tơi khơng thể hồn thành luận văn Tơi xin cảm ơn nhân viên lãnh đạo Trung tâm Giám định ADN Phịng thí nghiệm trọng điểm Công nghệ Gen, Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam, giúp đỡ tơi có thêm nhiều kiến thức kinh nghiệm bước tiến hành luận văn Bên cạnh đó, xin cảm ơn Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam thành viên đề tài “Nghiên cứu giải trình tự gen mẫu xương khảo cổ Việt Nam nhằm cung cấp thông tin di truyền cho nghiên cứu đa dạng sinh học người khảo cổ học”, mã số đề tài: DL0000.08/20-22 giúp đạt kết luận văn Không thể thiếu lời cảm ơn đến ban Lãnh đạo, phòng Đào tạo, phòng chức Học viện Khoa học Công nghệ để luận văn hồn thành Cuối cùng, tơi xin chân thành cảm ơn nhận ủng hộ, giúp đỡ từ gia đình bạn bè suốt trình làm luận văn iii MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i LỜI CẢM ƠN ii MỤC LỤC iii DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CHỮ CÁI VIẾT TẮT v DANH MỤC BẢNG vi DANH MỤC HÌNH vii MỞ ĐẦU 1 Lý chọn đề tài Mục đích nghiên cứu Nội dung nghiên cứu Cơ sở khoa học tính thực tiễn Những đóng góp luận văn CHƯƠNG TỔNG QUAN NGHIÊN CỨU 1.1 Tình hình nghiên cứu giới 1.1.1 Lịch sử loài người qua nghiên cứu di truyền khảo cổ học 1.1.2 Lồi người khu vực Đơng Nam Á Việt Nam qua nghiên cứu di truyền khảo cổ 1.1.3 Các thị di truyền sử dụng nghiên cứu mẫu xương khảo cổ 1.1.4 Ứng dụng cơng nghệ giải trình tự gen nghiên cứu mẫu khảo cổ 10 CHƯƠNG ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 18 2.1 ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU 18 2.1.1 Người Việt cổ sinh sống giai đoạn hậu thời kỳ đồ đá 18 2.1.2 Người Việt đại 18 2.2 PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 18 2.2.1 Tách chiết DNA ty thể giải trình tự hệ thống máy Ion S5™ (Thermo Fisher Scientific) 18 2.2.2 Phân tích đánh giá chất lượng giải trình tự hệ thống Ion S5™ phần mềm FastQC 21 2.2.3 Map đoạn đọc (reads) với hệ gen tham chiếu lọc chất lượng phần mềm bwa, samtools 21 iv 2.2.4 Ước tính mẫu bị tổn thương (deamination) chỉnh lại file BAM phần mềm mapDamage 21 2.2.5 Gọi biến thể (variants) tạo VCF (Variant Call Format) 22 2.2.6 Tạo file consensus kiểm tra nhiễm với Schmutzi 22 2.2.7 Xác định nhóm haplogroup HaploGrep2 23 2.2.8 Dựng phát sinh chủng loại thông qua phần mềm MEGA 23 CHƯƠNG KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 24 3.1 Kết tách chiết DNA ty thể giải trình tự hệ thống máy Ion S5™ (Thermo Fisher Scientific) 24 3.1.1 Kết tách chiết DNA ty thể 24 3.2 Phân tích đánh giá chất lượng giải trình tự hệ thống Ion S5™ phần mềm FastQC 32 3.3 Map đoạn đọc (reads) với hệ gen tham chiếu lọc chất lượng phần mềm bwa, samtools 35 3.4 Ước tính mẫu bị tổn thương (deamination) chỉnh lại file BAM phần mềm mapDamage 37 3.5 Gọi biến thể (variants) tạo VCF (Variant Call Format) 39 3.6 Tạo file consensus kiểm tra nhiễm với Schmutzi 41 3.7 Xác định nhóm haplogroup HaploGrep2 43 3.8 Dựng phát sinh chủng loại thông qua phần mềm MEGA 45 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 58 KẾT LUẬN 58 KIẾN NGHỊ 58 DANH MỤC CƠNG TRÌNH CỦA TÁC GIẢ 59 DANH MỤC TÀI LIỆU THAM KHẢO 60 v DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CHỮ CÁI VIẾT TẮT STT Tên viết tắt Tên đầy đủ DNA Deoxyribonucleic acid mtDNA Mitochondiral DNA H sapiens Homo sapiens H erectus Homo erectus H floresiensis Homo floresiensis NST Nhiễm sắc thể NRY Non-recombining portion of the Y chromosome Autosomal STRs Autosomal short tandem repeats SNPs Single nucleotide polymorphisms 10 PCR Polymerase chain reaction 11 GWAS Genome-wide association study 12 AMHs Anatomically modern Homo sapiens 13 TCN Trước công nguyên 14 EDTA Ethylenediaminetetraacetic acid 15 AFDIL Armed Forces DNA Identification Laboratory 16 rCRS revised Cambridge Reference Sequence 17 USA United States of America 18 HV1 Hypervariable segment 19 VCF Variant Call Format 20 BCF Binary variant call format 21 RSRS Reconstructed Sapiens Reference Sequence vi DANH MỤC BẢNG Bảng Một số loại thị sử dụng nghiên cứu lịch sử loài người Bảng 3.1: Kết kiểm tra nồng độ DNA đầu vào sử dụng Quantifiler Trio kit (ThermoFisher, USA) 30 Bảng 3.2: Kết định lượng thư viện sau chuẩn bị Ion Library Taqman Quantification kit (ThermoFisher, USA) 30 Bảng 3.3: Chất lượng trình tự thu CCNM24WG CCNM55WG 34 Bảng 3.4: Thông tin mẫu lựa chọn để xây dựng phát sinh lồi 45 Bảng 3.5: Thơng tin mẫu thuộc hai nhánh xanh dương đỏ 53 vii DANH MỤC HÌNH Hình 1.1 Mơ hình mtDNA người 12 Hình 2.1: Quy trình làm việc Schmutzi ( Renaud G et al., 2015) 22 Hình 3.1: Mẫu xương đùi – K1A06 24 Hình 3.2: Mẫu xương K1B07 24 Hình 3.3: Mẫu xương dài - K1B05 25 Hình 3.4: Mẫu xương dài mảnh xương nhỏ K1B10A 25 Hình 3.5: Mẫu xương K1B08 26 Hình 3.6: Mẫu xương gãy nát K1B10 26 Hình 3.7: Các mẫu xương sau nghiền mịn 27 Hình 3.8: Kết điện di sản phẩm PCR với cặp mồi miniset PS1 PS2 gel agarose 2% 28 Hình 3.9: Các thơng số q trình giải trình tự 31 Hình 3.10: Chất lượng trình tự mẫu xương cổ thứ (CCNM24WG) 32 Hình 3.11: Chất lượng trình tự mẫu xương cổ thứ hai (CCNM55WG) 32 Hình 3.12: File đầu thu từ samtools 36 Hình 3.13: Thơng tin tổn thương DNA cổ đại mẫu CCNM24WG tạo mapDamage 2.0 37 Hình 3.14: Thơng tin tổn thương DNA cổ đại mẫu CCNM55WG tạo mapDamage 2.0 38 Hình 3.15: Một phần file vcf đầu 40 Hình 3.16: Kết chạy schmutzi 42 Hình 3.17: Cây phát sinh chủng loại người Việt cổ người cổ thuộc số nước giai đoạn 51 Hình 3.18: Cây phát sinh chủng loại người Việt cổ, người cổ thuộc số nước giai đoạn người Việt đại 55 52 Kết từ phân loại cho thấy trình tự ty thể mẫu sử dụng để phân tích chia thành năm nhóm lớn Nhánh thứ mẫu Jenny (mẫu ty thể loài tinh tinh), phân thành nhánh tách biệt hoàn toàn, cho thấy khác biệt rõ rệt người cổ tinh tinh Ba mẫu người Denisovan (mẫu Denisova8, mẫu Denisova2, mẫu Altai) tạo thành nhánh riêng biệt thứ hai Nhánh thứ ba nhánh thứ tư thuộc hai mẫu đơn Vindija_33_25 (mẫu người Neanderthals) mẫu tham chiếu RSRS (Hình 3.17B) Và mẫu người cổ cịn lại thuộc hai nhánh có quan hệ gần gũi với đánh dấu hai màu xanh dương (Hình 3.17 A) đỏ (Hình 3.17C) chi tiết thơng tin hai nhánh có bảng 3.5 53 Bảng 3.5: Thông tin mẫu thuộc hai nhánh xanh dương đỏ Nhánh xanh dương Mẫu Haplogroup I0627_N M7b1 I1135_N H2a/R0/R I1137_N M7b1a1/ M7b1a1+(16192) I2947_N M7b1a1/H2a2a 020808_B M7b1a1 019719_LN M7c2 020779_B M7c1b2b I1859_N M13b1/M13/M13b I10973_N No call I2731_N M74b I4458_B M74b2 I4011_LN D4q I4012_LN D4h1c I8970_IA M72a I2497_N C7a2/ N/C5b I2948_B M8a2a/H2 CCNN24_EN M 017833_LN M20 018522_IA G2b1a 018530_IA G2b1a 018531_IA G2b1a TH2A_IA G2b1a 019911_HG M21b1a 019912_LN M13c 020368_HG M5 Nhánh đỏ Mẫu I8978_LN 018521_IA Haplogroup F1f F1f 019743_LN F1f 019744_LN 019880_LN 017661_LN 020364_LN 020778_LN TH6C_IG 020777_LN 020781_B 019533_Filipino TH2B_IA TH2C_IA TH2D_IA 020796_B 019554_historic 019739_LN CCNN55 019555_historic 017727_HG 019898_HG 019525_HG 018523_IA 019534_Filipino I8977_B 014703_IA 018519_IA I0626_N I1680_IA I8974_B 019548_Ma548 F1 F1f F1a1a F1a1a1 F1a1a1 F1 F1a1’4 F1a F1a4a1 F1c1a2 F1c1a2 F1 F1e3 F3b1a+16093 F4b R B4b1a2 N9a6a N9a6a N9a6a N8 B5b1a R/B5 B5a1d B5a1d R/B5 B5a1a/ R0/H27 R B5a1a Có thể thấy mẫu thuộc nhánh xanh dương chủ yếu thuộc sub haplogroup haplogoup M G, mẫu thuộc nhánh đỏ lại chủ yếu thuộc subhaplogoup F, B, N R Và quan trọng thời đại sinh sống người cổ mẫu không ảnh hưởng đến phân nhánh mẫu ty thể Haplogoup G nhánh nhỏ haplogoup M, haplogoup R nhánh nhỏ haplogroup N, sub haplogroup F, B lại nhánh bắt nguồn từ haplogoup R Điều lí giải cho gần gũi nhánh 54 55 Hình 3.18: Cây phát sinh chủng loại người Việt cổ, người cổ thuộc số nước giai đoạn người Việt đại HG - Hunter Gather; EN - Early Neolithic; LN – Late Neolithic; N - Neolithic; B - Bronze Age; IA – Iron Age; Historic – Vài trăm năm 56 Kết phân tích khơng đưa giả thuyết mối liên hệ người Việt cổ người Việt đại mà giả thuyết mối liên hệ dân tộc khác người Việt đại với người cổ thuộc số nước khu vực Đông Nam Á Với mở rộng mẫu này, hai mẫu người Việt cổ phân tách rõ ràng hai nhánh nhỏ thuộc nhóm lớn Mẫu Nung665, Tay 135, Tay138 có mối liên hệ gần gũi với mối liên hệ thể haplogoup nhóm M7b1a1, M7b1a1a3, M7b1a1d1 Ngồi ra, ba mẫu thuộc nhóm nhỏ với ba mẫu khác I0627 (M7b1), I1135 (H2a/R0/R), I2947 (M7b1a1/H2a2a) 020808 (M7b1a1) tương ứng với mẫu người Việt cổ thời kỳ đồ đá thời kỳ đồ đồng Nhóm nhỏ tạo thành mẫu Thai249, Kinh04 020779 với haplogroup M7c1, M7c1c2, M7c1b2b Nhóm nhỏ có quan hệ gần với nhóm gồm mẫu I2497 (M7b1a1/H2a2a), Thai250 (C7), I2948 (M8a2a/H2) CCN24 (M) haplogroup C cháu haplogoup M, lí mẫu mtDNA lại có mối liên hệ gần Một điểm đáng ý khác mẫu Ede Giarai cho thấy có quan hệ gần gũi với Minh chứng Ede112 (M21b), Giarai124 (M21b) thuộc nhóm nhỏ, Ede102, Ede736 Giarai100 nằm nhóm nhỏ có haplogoup M71+151 Mặt khác, giả thuyết dân tộc khác có quan hệ di truyền gần gũi với người Việt hậu thời kỳ đồ đá – đầu thời kỳ đồ đồng Hmong với hai mẫu Hmong194, Hmong196 haplogroup mẫu thuộc F1a subhaplogroup F1a Bên cạnh đó, mẫu người Kinh (Kinh01 – F1g) có liên hệ di truyền gần gũi với mẫu người Việt cổ thời kỳ đồ đồng (020796 – F1e3) Cũng mẫu thuộc haplogroup F, mẫu Dao50 (F2e), Dao51 (F3a1) 019739 (F4a) – mẫu người Việt cổ hậu thời kỳ đồ đá thể quan hệ di truyền gần gũi Một điểm đáng ý khác, mẫu khác dân tộc Nùng (Nung49 – B4c2c) lại có mối liên quan với mẫu người cổ đến từ Malaysia (01955 – B4b1a2) xuất cách vài trăm năm Những kết bước đầu chứng minh cho giả thuyết dân tộc Việt Nam đại khơng có mối liên hệ di truyền gần gũi với mà cịn có mối liên hệ di truyền với người Việt cổ thuộc hậu thời kỳ đồ đá - 57 đầu thời kỳ đồ đồng thời kỳ đồ đồng Bên cạnh đó, kết phân tích phả hệ thể tương đồng với số phân tích kết số nhóm nghiên cứu khác Cụ thể, cá thể người cổ Mán Bạc 4.000 năm tuổi (hậu thời kỳ đồ đá mới) từ miền Bắc Việt Nam chia sẻ mối quan hệ gần gũi với sEastAsia_LN (hậu thời kỳ đồ đá mới) ven biển (Xitoucun, Tanshishan), họ hàng với người Ami – người Nam Đảo ngày Dai, đặc biệt Dai [71] Dai dân tộc lục địa Đông Nam Á, bao gồm người Thái, người Xiêm (ở miền trung miền nam Thái Lan), người Lào (ở Lào miền bắc Thái Lan), người Shan (ở đông bắc Myanmar [Miến Điện]), người Lü (chủ yếu tỉnh Vân Nam , Trung Quốc, mà Myanmar, Lào, bắc Thái Lan Việt Nam), Tai Vân Nam (nhóm Tai Vân Nam), Tai lạc (ở miền Bắc Việt Nam) Tất nhóm nói tiếng Tai Trong nghiên cứu khác nhóm Việt Nam thuộc người Nam Đảo có nhiều điểm tương đồng với số nhóm từ Malaysia, Thái Lan, Campuchia với nhóm người cổ thuộc thời kỳ đồ đá Một số mẫu người Việt cổ thời kỳ đồ đồng, mẫu người Campuchia Thái Lan thời kỳ đồ sắt mẫu người Malaysia Việt Nam cách vài trăm năm có quan hệ gần gũi với mẫu Việt Nam đại (Chăm, Ede, Giarai, Khơ Mú, Kinh, Mảng, Mường, Hmong, Pà Thẻn, Dao, Bố Y, Cờ Lao, La Chí, Nùng, Tày, Thái, Cống, Hà Nhì, La Hủ, Lô Lô, Si La, Phù Lá [72] 58 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ KẾT LUẬN Bước đầu tách chiết mtDNA từ mẫu xương người Việt cổ cách vài nghìn năm, hàm lượng mtDNA tách chiết sau giải trình tự thu trình tự phục vụ cho phân tích sau này, nhiên chất lượng mẫu nên hiệu suất tách chiết Tỷ lệ nhiễm với mtDNA người đại mẫu CCNM24WG mẫu CCNM55WG 14% 21% Phân tích phả hệ bước đầu đưa hai mẫu người Việt cổ hậu thời kỳ đồ đá tách chiết có quan hệ gần gũi với thuộc hai haplogroup M R (subhaplogroup N), haplogroup M N hai haplogroup nhánh thuộc nhánh L3 Bước đầu hình thành giả thuyết mẫu thuộc dân tộc Tày, Kinh Dao có mối liên hệ di truyền gần gũi với mẫu người Việt cổ thuộc thời kỳ đồ đá hậu thời kỳ đồ đá – đầu thời kỳ đồ đồng KIẾN NGHỊ Tiếp tục tối ưu phương pháp tách chiết mtDNA từ mẫu vật có chất lượng để nâng cao hiệu suất tách chiết chất lượng trình tự thu Mở rộng nghiên cứu di truyền với mẫu cổ đại phân tích mối liên hệ với mẫu cung cấp thêm chứng xuất tồn người Việt cổ quan hệ di truyền người Việt cổ với người Việt đại người cổ thuộc khu vực lân cận 59 DANH MỤC CƠNG TRÌNH CỦA TÁC GIẢ 60 DANH MỤC TÀI LIỆU THAM KHẢO 10 11 12 13 14 Wilson I.J., Weale M.E., Balding D.J., 2003, Inferences from DNA data: population histories, evolutionary processes and forensic match probabilities J R Stat Soc Ser A (Statistics Soc, 166, pp 155–188 https://doi.org/https://doi.org/10.1111/1467-985X.00264 Cavalli-Sforza L.L., Feldman M.W., 2003, The application of molecular genetic approaches to the study of human evolution Nat Genet, 33, pp 266–275 Pääbo S., 1989, Ancient DNA: extraction, characterization, molecular cloning, and enzymatic amplification Proc Natl Acad Sci U S A, 86, pp 1939–1943 https://doi.org/10.1073/pnas.86.6.1939 RAMAKRISHNAN UMA, HADLY EA., 2009, Using phylochronology to reveal cryptic population histories: review and synthesis of 29 ancient DNA studies Mol Ecol, 18, pp 1310–1330 https://doi.org/https://doi.org/10.1111/j.1365-294X.2009.04092.x Relethford J.H., 2008, Genetic evidence and the modern human origins debate Heredity (Edinb), 100, pp 555–563 https://doi.org/10.1038/hdy.2008.14 Relethford J.H., 2018, Ancient DNA and the origin of modern humans Proc Natl Acad Sci U S A, 98, pp 390–391 https://doi.org/10.1073/pnas.98.2.390 E G.R, Johannes K, W B.A., et al., 2010, A Draft Sequence of the Neandertal Genome Science (80- ), 328, pp 710–722 https://doi.org/10.1126/science.1188021 Fu Q., H L., P M., et al., 2014, Genome sequence of a 45,000-year-old modern human from western Siberia Nature, 514, pp 445–449 Reich D., Green R.E., Kircher M., et al., 2010, Genetic history of an archaic hominin group from Denisova Cave in Siberia Nature, 468, pp 1053–1060 https://doi.org/10.1038/nature09710 Nielsen R., Akey J.M., Jakobsson M., et al., 2017, Tracing the peopling of the world through genomics Nature, 541, pp 302–310 https://doi.org/10.1038/nature21347 Suissa S., Wang Z., Poole J., et al., 2009, Ancient mtDNA genetic variants modulate mtDNA transcription and replication PLoS Genet, 5, pp e1000474–e1000474 https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1000474 Nesheva D., 2014, Aspects of ancient mitochondrial DNA analysis in different populations for understanding human evolution Balkan J Med Genet, 17, pp 5–14 https://doi.org/10.2478/bjmg-2014-0019 McColl H., Racimo F., Vinner L., et al., 2018, Ancient Genomics Reveals Four Prehistoric Migration Waves into Southeast Asia bioRxiv, pp 278374 https://doi.org/10.1101/278374 Michaels G.S., Hauswirth W.W., Laipis P.J., 1982, Mitochondrial DNA 61 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 copy number in bovine oocytes and somatic cells Dev Biol, 94, pp 246– 251 https://doi.org/https://doi.org/10.1016/0012-1606(82)90088-4 Shuster RC, Rubenstein AJ, Wallace DC., 1988, Mitochondrial DNA in anucleate human blood cells Biochem Biophys Res Commun, 155, pp 1360–1365 https://doi.org/https://doi.org/10.1016/S0006291X(88)81291-9 Robin E.D., Wong R., 1988, Mitochondrial DNA molecules and virtual number of mitochondria per cell in mammalian cells J Cell Physiol, 136, pp 507–513 https://doi.org/https://doi.org/10.1002/jcp.1041360316 Wiesner R.J., Rüegg J.C., Morano I., 1992, Counting target molecules by exponential polymerase chain reaction: Copy number of mitochondrial DNA in rat tissues Biochem Biophys Res Commun, 183, pp 553–559 https://doi.org/https://doi.org/10.1016/0006291X(92)90517-O Doda J.N., Wright C.T., Clayton D.A., 1981, Elongation of displacement-loop strands in human and mouse mitochondrial DNA is arrested near specific template sequences Proc Natl Acad Sci, 78, pp 6116 LP – 6120 https://doi.org/10.1073/pnas.78.10.6116 Annex B.H., Williams R.S., 1990, Mitochondrial DNA structure and expression in specialized subtypes of mammalian striated muscle Mol Cell Biol, 10, pp 5671–5678 https://doi.org/10.1128/mcb.10.11.56715678.1990 Brown W.M., Shine J., Goodman H.M., 1978, Human mitochondrial DNA: analysis of 7S DNA from the origin of replication Proc Natl Acad Sci, 75, pp 735 LP – 739 https://doi.org/10.1073/pnas.75.2.735 Hallberg R.L., 1974, Mitochondrial DNA in Xenopus laevis oocytes: I Displacement loop occurrence Dev Biol, 38, pp 346–355 https://doi.org/https://doi.org/10.1016/0012-1606(74)90012-8 Kasamatsu H., Robberson D.L., Vinograd J., 1971, A Novel ClosedCircular Mitochondrial DNA with Properties of a Replicating Intermediate Proc Natl Acad Sci, 68, pp 2252 LP – 2257 https://doi.org/10.1073/pnas.68.9.2252 Callen J.C., Tourte M., Dennebouy N., Mounolou J.C., 1983, Changes in D-loop frequency and superhelicity among the mitochondrial DNA molecules in relation to organelle biogenesis in oocytes of Xenopus laevis Exp Cell Res, 143, pp 115–125 https://doi.org/https://doi.org/10.1016/0014-4827(83)90114-3 Goddard J.M., Wolstenholme D.R., 1978, Origin and direction of replication in mitochondrial DNA molecules from Drosophila melanogaster Proc Natl Acad Sci, 75, pp 3886 LP – 3890 https://doi.org/10.1073/pnas.75.8.3886 Rubenstein J.L.R., Brutlag D., Clayton D.A., 1977, The mitochondrial DNA of drosophila melanogaster exists in two distinct and stable superhelical forms Cell, 12, pp 471–482 62 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 https://doi.org/https://doi.org/10.1016/0092-8674(77)90123-4 Andrews R., Kubacka I C.P et al., 1999, Reanalysis and revision of the Cambridge reference sequence for human mitochondrial DNA Nat Genet, 23, pp 147 Searle J.B., 2000, Phylogeography — The History and Formation of Species Heredity (Edinb), 85, pp 201 https://doi.org/10.1046/j.13652540.2000.0765d.x Bandelt H-J, Quintana-Murci L, Salas A, Macaulay V., 2002, The fingerprint of phantom mutations in mitochondrial DNA data Am J Hum Genet, 71, pp 1150–1160 https://doi.org/10.1086/344397 Krings M., Stone A., Schmitz RW., et al., 1997, Neandertal DNA sequences and the origin of modern humans Cell, 90, pp 19–30 https://doi.org/10.1016/s0092-8674(00)80310-4 Gokcumen O., 2020, Archaic hominin introgression into modern human genomes Am J Phys Anthropol, 171, pp 60–73 https://doi.org/https://doi.org/10.1002/ajpa.23951 Prüfer K., Racimo F., Patterson N., et al., 2014, The complete genome sequence of a Neanderthal from the Altai Mountains Nature, 505, pp 43–49 https://doi.org/10.1038/nature12886 Wolf A.B., Akey J.M., 2018, Outstanding questions in the study of archaic hominin admixture PLoS Genet, 14, pp e1007349–e1007349 https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1007349 Posth C., Wißing C., Kitagawa K., et al., 2017, Deeply divergent archaic mitochondrial genome provides lower time boundary for African gene flow into Neanderthals Nat Commun, 8, pp 16046 https://doi.org/10.1038/ncomms16046 Richards M., Macaulay V., Torroni A., Bandelt H-J., 2002, In search of geographical patterns in European mitochondrial DNA Am J Hum Genet, 71, pp 1168–1174 https://doi.org/10.1086/342930 Simoni L., Calafell F., Pettener D., et al., 2000, Geographic patterns of mtDNA diversity in Europe Am J Hum Genet, 66, pp 262–278 https://doi.org/10.1086/302706 Eliot M., 1998, DNA Studies Challenge the Meaning of Race Science (80- ), 282, pp 654–655 https://doi.org/10.1126/science.282.5389.654 Llamas B., Fehren-Schmitz L., Valverde G., et al., 2016, Ancient mitochondrial DNA provides high-resolution time scale of the peopling of the Americas Sci Adv, 2, pp e1501385–e1501385 https://doi.org/10.1126/sciadv.1501385 T.H T., Trần T.H., Phạm Đ.K., et al., 2015, Sự Đa Dạng Di Truyền Của 15 Locus Str Trên Nhiễm Sắc Thể Thường Trong Quần Thể Người Khmer Sống Tỉnh Sóc Trăng, Việt Nam Tạp Chí Phân Tích Hóa, Lý Sinh Học, 20, pp 152–158 Cừ LT., 2014, Khảo Sát Xây Dựng Cơ Sở Dữ Liệu Tần Suất Các Alen 15 Locus Gen Bằng Hệ Identifiler Từ Quần Thể 63 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 H Đ.D., 2017, Khảo Sát Xây Dựng Cơ Sở Dữ Liệu Tần Suất Các Alen Của 15 Locus Gen Hệ Identifiler Từ Quần Thể Ha H.H., Nguyen T.H., Tran L.H., et al., 2019, Genetic characteristics of 23 Y-chromosomal STRs in the Kinh population in Northern Vietnam Int J Legal Med, 133, pp 1403–1404 https://doi.org/10.1007/s00414-019-02098-x Tran H.L., Nguyen H.T., Pham T.T., et al., 2019, Allele frequencies for 22 autosomal STRs in the Kinh population in Vietnam Int J Legal Med, 133, pp 1761–1762 https://doi.org/10.1007/s00414-018-01996-w Hugh M., Fernando R., Lasse V., et al., 2018, The prehistoric peopling of Southeast Asia Science (80- ), 361, pp 88–92 https://doi.org/10.1126/science.aat3628 Lipson M., Cheronet O., Mallick S., et al., 2018, Ancient genomes document multiple waves of migration in Southeast Asian prehistory Science, 361, pp 92–95 https://doi.org/10.1126/science.aat3188 Duong N.T., Macholdt E., Ton N.D., Arias L., Schröder R., Van Phong N., Thi Bich Thuy V., Ha N.H., Thi Thu Hue H., Thi Xuan N., Thi Phuong Oanh K., Hien L.T.T., Hoang N.H., Pakendorf B S.M and VHN., 2018, Complete human mtDNA genome sequences from Vietnam and the phylogeography of Mainland Southeast Asia Sci Rep, 8, pp 11651 Qiagen., 2014, EZ1 DNA Investigator Handbook Walsh P.S., Metzger D.A., Higuchi R., 2013, Chelex 100 as a Medium for Simple Extraction of DNA for PCR-Based Typing from Forensic Material Biotechniques, 54, pp 134–139 https://doi.org/10.2144/000114018 Minh V.Đ., 2001, Phát triển hệ chương trình xử lý, phân tích tài liệu phân cực kích thích Việt Nam Đại học Quốc gia Hà Nội Andrews S., 2010, FastQC: a quality control tool for high throughput sequence data Ginolhac A., Rasmussen M., Gilbert M.T.P., et al., 2011, mapDamage: testing for damage patterns in ancient DNA sequences Bioinformatics, 27, pp 2153–2155 https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr347 Li H., 2009, SAMtools Renaud G., Slon V., Duggan A.T., Kelso J., 2015, Schmutzi: estimation of contamination and endogenous mitochondrial consensus calling for ancient DNA Genome Biol, 16, pp 224 https://doi.org/10.1186/s13059015-0776-0 Weissensteiner H., Pacher D., Kloss-Brandstätter A., et al., 2016, HaploGrep 2: mitochondrial haplogroup classification in the era of highthroughput sequencing Nucleic Acids Res, 44, pp W58–W63 https://doi.org/10.1093/nar/gkw233 Nei M., Kumar S., Tamura K., et al., 2021, Molecular Evolutionary Genetics Analysis 64 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 Loreille, O M., Diegoli, T M., Irwin, J A., Coble, M D., & Parsons TJ., 2007, High efficiency DNA extraction from bone by total demineralization Forensic Sci Int Genet, 1, pp 191–195 Dabney J., Knapp M., Glocke I, et al., 2013, Complete mitochondrial genome sequence of a Middle Pleistocene cave bear reconstructed from ultrashort DNA fragments Proc Natl Acad Sci U S A, 110, pp 15758– 15763 https://doi.org/10.1073/pnas.1314445110 Xavier C., Eduardoff M., Bertoglio B., et al., 2021, Evaluation of DNA Extraction Methods Developed for Forensic and Ancient DNA Applications Using Bone Samples of Different Age Genes (Basel), 12, pp 146 https://doi.org/10.3390/genes12020146 Maïté R., Choongwon J., Stephan S., et al., 2021, Ancient genome-wide DNA from France highlights the complexity of interactions between Mesolithic hunter-gatherers and Neolithic farmers Sci Adv, 6, pp eaaz5344 https://doi.org/10.1126/sciadv.aaz5344 Liu Y., Wang T., Wu X., et al., 2021, Maternal genetic history of southern East Asians over the past 12,000 years J Genet Genomics https://doi.org/https://doi.org/10.1016/j.jgg.2021.06.002 Drosou K., Collin T.C., Freeman P.J., et al., 2020, The first reported case of the rare mitochondrial haplotype H4a1 in ancient Egypt Sci Rep, 10, pp 17037 https://doi.org/10.1038/s41598-020-74114-9 Božič L., Benedik Bevc T., Podovšovnik E., et al., 2021, Intra-bone nuclear DNA variability and STR typing success in Second World War first ribs Int J Legal Med https://doi.org/10.1007/s00414-021-02681-1 Nores R., Rena V., Angeletti SC., et al., 2020, Biological kinship in 750 year old human remains from Central Argentina with signs of interpersonal violence Forensic Sci Med Pathol, 16, pp 649–658 https://doi.org/10.1007/s12024-020-00296-3 Ghezzi D., Marelli C., Achilli A., et al., 2005, Mitochondrial DNA haplogroup K is associated with a lower risk of Parkinson’s disease in Italians Eur J Hum Genet, 13, pp 748–752 https://doi.org/10.1038/sj.ejhg.5201425 Petraglia; M.D., Allchin B., 2007, The evolution and history of human populations in South Asia Springer Jin H-J., Tyler-Smith C., Kim W., 2009, The peopling of Korea revealed by analyses of mitochondrial DNA and Y-chromosomal markers PLoS One, 4, pp e4210–e4210 https://doi.org/10.1371/journal.pone.0004210 Peng M-S., Quang H.H., Dang K.P., et al., 2010, Tracing the Austronesian Footprint in Mainland Southeast Asia: A Perspective from Mitochondrial DNA Mol Biol Evol, 27, pp 2417–2430 https://doi.org/10.1093/molbev/msq131 González A.M., Larruga J.M., Abu-Amero K.K., et al., 2007, Mitochondrial lineage M1 traces an early human backflow to Africa 65 68 69 70 71 72 BMC Genomics, 8, pp 223 https://doi.org/10.1186/1471-2164-8-223 Larruga J.M., Marrero P., Abu-Amero K.K., et al., 2017, Carriers of mitochondrial DNA macrohaplogroup R colonized Eurasia and Australasia from a southeast Asia core area BMC Evol Biol, 17, pp 115 https://doi.org/10.1186/s12862-017-0964-5 Karmin., Monika., 2005, Human mitochondrial DNA haplogroup R in India: dissecting the phylogenetic tree of South Asian-specific lineages (M.Sc Thesis) University of Tartu Palanichamy M.G., Sun C., Agrawal S., et al., 2004, Phylogeny of mitochondrial DNA macrohaplogroup N in India, based on complete sequencing: implications for the peopling of South Asia Am J Hum Genet, 75, pp 966–978 https://doi.org/10.1086/425871 A Y.M, Xuechun F., Bo S., et al., 2020, Ancient DNA indicates human population shifts and admixture in northern and southern China Science (80- ), 369, pp 282–288 https://doi.org/10.1126/science.aba0909 Liu D., Duong N.T., Ton N.D., et al., 2020, Extensive Ethnolinguistic Diversity in Vietnam Reflects Multiple Sources of Genetic Diversity Mol Biol Evol, 37, pp 2503–2519 https://doi.org/10.1093/molbev/msaa099 66 ... CƠNG NGHỆ Đồn Thị Nhung NGHIÊN CỨU MỐI TƯƠNG QUAN DI TRUYỀN GIỮA NGƯỜI VIỆT CỔ - THUỘC GIAI ĐOẠN HẬU THỜI KỲ ĐỒ ĐÁ MỚI – VỚI NGƯỜI VIỆT HIỆN ĐẠI BẰNG PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ TOÀN BỘ HỆ GEN TY THỂ Chuyên... Mục đích nghiên cứu Phân lập tách chiết DNA ty thể (mtDNA) từ mẫu người Việt cổ Ước đoán mối liên hệ di truyền người Việt cổ hậu thời kỳ đồ đá với người Việt đại người Việt cổ số người cổ thuộc. .. chứng phân tử tồn người Việt cổ đại mối quan hệ di truyền người Việt cổ người Việt đại người Việt cổ với người cổ thuộc số nước Đông Nam Á thời đại, văn hoá 3 CHƯƠNG TỔNG QUAN NGHIÊN CỨU 1.1