HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM ÂU XUÂN KHOA GIÁM SÁT SỰ LƯU HÀNH VIRUS CÚM A/H5N1 TẠI MỘT SỐ CHỢ BUÔN BÁN GIA CẦM Ở TỈNH VĨNH LONG NĂM 2016 Ngành: Thú y Mã số: 60.64.01.01 Người hướng dẫn khoa học: TS Lê Văn Phan PGS.TS Tô Long Thành NHÀ XUẤT BẢN ĐẠI HỌC NÔNG NGHIỆP – 2017 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu riêng tơi, kết nghiên cứu trình bày luận văn trung thực, khách quan chưa dùng để bảo vệ lấy học vị Tôi xin cam đoan giúp đỡ cho việc thực luận văn cám ơn, thơng tin trích dẫn luận văn rõ nguồn gốc Hà Nội, ngày tháng năm 2017 Tác giả luận văn Âu Xuân Khoa i LỜI CẢM ƠN Trong suốt thời gian học tập, nghiên cứu hoàn thành luận văn, nhận hướng dẫn, bảo tận tình thầy giáo, giúp đỡ, động viên bạn bè, đồng nghiệp gia đình Nhân dịp hồn thành luận văn, cho phép tơi bày tỏ lịng kính trọng biết ơn sâu sắc tới PGS.TS Tô Long Thành TS Lê Văn Phan tận tình hướng dẫn, dành nhiều cơng sức, thời gian tạo điều kiện cho tơi suốt q trình học tập thực đề tài Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành tới Ban Giám đốc, Ban Quản lý đào tạo, Bộ môn Vi sinh vật – Truyền nhiễm, Khoa Thú y - Học viện Nông nghiệp Việt Nam tận tình giúp đỡ tơi q trình học tập, thực đề tài hồn thành luận văn Tôi xin chân thành cảm ơn tập thể lãnh đạo, cán viên chức Trung tâm Chẩn đoán Thú y Trung ương giúp đỡ tạo điều kiện cho tơi suốt q trình thực đề tài Xin chân thành cảm ơn gia đình, người thân, bạn bè, đồng nghiệp tạo điều kiện thuận lợi giúp đỡ mặt, động viên khuyến khích tơi hồn thành luận văn./ Hà Nội, ngày tháng năm 2017 Tác giả luận văn Âu Xuân Khoa ii MỤC LỤC Lời cam đoan i Lời cảm ơn ii Mục lục iii Danh mục từ viết tắt v Danh mục hình vii Trích yếu luận văn viii Thesis abstract viii Phần Mở đầu 1.1 Tính cấp thiết đề tài 1.2 Mục tıêu nghıên cứu đề tàı 1.3 Ý nghĩa khoa học đề tàı Phần Tổng quan tài liệu 2.1 Giới thiệu chung virus cúm gia cầm 2.1.1 Khái niệm bệnh cúm gia cầm 2.1.2 Tình hình bệnh cúm gia cầm giới 2.1.3 Tình hình bệnh cúm gia cầm Việt Nam 2.1.4 Dịch tễ học bệnh cúm gia cầm 2.1.5 Triệu chứng, bệnh tích bệnh cúm gia cầm 10 2.1.6 Chẩn đoán bệnh 11 2.2 Một số đặc điểm virus cúm A 12 2.2.1 Phân loại danh pháp 12 2.2.2 Đặc điểm hình thái cấu trúc virus cúm A 13 2.2.3 Các loại kháng nguyên 15 2.2.4 Phương thức biến đổi kháng nguyên HA NA 18 2.2.5 Độc lực virus cúm gia cầm 19 2.2.6 Sự xuất lưu hành clade virus H5N1 Việt Nam 20 Phần Nội dung, nguyên liệu phương pháp nghiên cứu 23 3.1 Nội dung nghiên cứu 23 3.2 Địa điểm nghiên cứu 23 3.3 Vật liệu nghiên cứu 23 iii 3.4 Phương pháp nghiên cứu 24 3.4.1 Phương pháp phát virus cúm A/H5N1 24 3.4.2 Phương pháp giải trình tự gen 26 Phần Kết thảo luận 28 4.1 Tình hình chăn ni tiêm phòng vacxin cho gia cầm tỉnh Vĩnh Long 28 4.2 Tình hình dịch cúm gia cầm tỉnh Vĩnh Long 29 4.2.1 Tình hình dịch cúm gia cầm tỉnh Vĩnh Long năm 2014 30 4.2.2 Tình hình dịch cúm gia cầm tỉnh Vĩnh Long năm 2015 30 4.3 Xác định virus cúm type A 31 4.4 Xác định virus cúm A/H5 34 4.5 Xác định virus cúm A/H5N1 36 4.6 Kết xác định lưu hành virus cúm A/H5N1 theo loài 39 4.7 Kết xác định lưu hành virus cúm A/H5N1 theo tháng 40 4.7.1 Kết xác định lưu hành virus cúm A/H5N1 gà theo tháng 40 4.7.2 Kết xác định lưu hành virus cúm A/H5N1 vịt theo tháng 42 4.8 Kết xác định clade virus cúm A/H5N1 44 4.9 Nghiên cứu xác định độc lực virus cúm A/H5N1 47 Phần Kết luận kiến nghị 49 5.1 Kết luận 49 5.2 Kiến nghị 49 Tài liệu tham khảo 52 Phụ lục 60 iv DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT Chữ viết tắt ADN Nghĩa tiếng Việt Axit deoxyribonucleic AI Bệnh cúm gia cầm (Avian Influenza) ARN BCĐQG Axit ribonucleic Ban đạo quốc gia Ct Giá trị ngưỡng chu kỳ phản ứng (Cycle Threshold) ELISA Phản ứng miễm dịch huỳnh quang gắn enzym (Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assay) FAO Tổ chức Nông Lương Thế giới (Food and Agriculture Organisation) HA Phản ứng ngưng kết hồng cầu (Hemaglutinin) HI Phản ứng ngăn trở ngưng kết hồng cầu (Hemagglutination Inhibition) HPAI Cúm gia cầm độc lực cao (Highly Pathogenic Avian Influenza ) IVPI Chỉ số gây bệnh qua đường mạch máu (Intravenous Pathogenicity Index) LPAI Cúm gia cầm độc lực thấp (Low Pathogenic Avian Influenza) OIE Tổ chức Thú y Thế giới (Office International des Epizooties) rRT-PCR Phản ứng chuỗi Polyme phiên mã ngược thời gian thực (Realtime Reverse Transcriptase – Polymerase Chain TCVN Reaction) Tiêu chuẩn quốc gia TT TX Thị trấn Thị xã WHO Tổ chức Y tế Thế giới (World Health Organisation ) v DANH MỤC BẢNG Bảng 2.1 Những thay đổi nhánh H5N1 HA phát Việt Nam từ năm 2003 đến 2014 (FAO, 2016) 21 Bảng 3.1 Các primer probe để phát virus cúm gia cầm A/H5N1 25 Bảng 3.2 Thành phần phản ứng Real time RT-PCR 25 Bảng 3.3 Trình tự primer để nhân gen HA 26 Bảng 3.4 Thành phần phản ứng RT-PCR 26 Bảng 4.1 Tình hình chăn ni tiêm phòng vacxin cho gia cầm 28 Bảng 4.2 Tình hình dịch cúm gia cầm tỉnh Vĩnh Long năm 2014 30 Bảng 4.3 Tình hình dịch cúm gia cầm tỉnh Vĩnh Long năm 2015 31 Bảng 4.4 Kết xét nghiệm virus cúm type A 32 Bảng 4.5 Kết xét nghiệm virus cúm A/H5 34 Bảng 4.6 Kết xét nghiệm virus cúm A/H5N1 36 Bảng 4.7 Kết xét nghiệm virus cúm A/H5N1 theo loài 39 Bảng 4.8 Kết xét nghiệm virus cúm A/H5N1 gà theo tháng 41 Bảng 4.9 Kết xét nghiệm virus cúm A/H5N1 vịt theo tháng 42 Bảng 4.10 Danh sách mẫu gửi giải trình tự gen 44 Bảng 4.11 Danh sách chủng virus cúm sử dụng làm tham chiếu 45 Bảng 4.12 Trình tự axit amin chuỗi nối protein HA chủng virus cúm H5 dòng Goose/Guangdong độc lực cao 48 vi DANH MỤC HÌNH Hình 2.1 Sự phân bố virus cúm A/H5 Hình 2.2 Cấu trúc virus cúm A 14 Hình 2.3 Phân bố không gian nhánh virus H5N1 HA phát Việt Nam từ năm 2003 đến 2014 22 Hình 4.1 Bản đồ tỉnh Vĩnh Long 29 Hình 4.2 Tỷ lệ nhiễm virus cúm A 33 Hình 4.3 Tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5 / số mẫu xét nghiệm 35 Hình 4.4 Tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5 / số mẫu dương tính cúm A 35 Hình 4.5 Tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5N1 / tổng số mẫu xét nghiệm .37 Hình 4.6 Tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5N1 / số mẫu dương tính virus cúm A/H5 37 Hình 4.7 Tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5N1 theo loài 39 Hình 4.8 Tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5N1 gà theo tháng 41 Hình 4.9 Tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5N1 vịt theo tháng 43 Hình 4.10 Cây phả hệ dựa chuỗi nucleotide gen H5 virus cúm A/H5N1 thu 46 Hình 4.11 Trình tự axit amin chuỗi nối protein HA virus A/H5N1 thu 48 vii TRÍCH YẾU LUẬN VĂN Tên tác giả: Âu Xuân Khoa Tên luận văn: Giám sát lưu hành virus cúm A/H5N1 số chợ buôn bán gia cầm tỉnh Vĩnh Long năm 2016 Ngành: Thú y Mã số: 60.64.01.01 Tên sở đào tạo: Học viện Nông nghiệp Việt Nam Mục đích nghiên cứu Giám sát lưu hành biến đổi (nếu có) virus cúm gia cầm A/H5N1 chợ buôn bán gia cầm tỉnh Vĩnh Long để giúp cho công tác quản lý dịch bệnh địa phương Phương pháp nghiên cứu - Xét nghiệm virus cúm A/H5N1 phương pháp rRT - PCR mẫu swab thu - Dựng phả hệ chủng virus cúm A/H5N1 phần mềm Biodit Mega Kết kết luận Các kết nghiên cứu cho thấy virus cúm A/H5N1 có lưu hành gia cầm (gà, vịt) buôn bán số chợ tỉnh Vĩnh Long năm 2016 Tỷ lệ lưu hành virus cúm A 16,30%, virus cúm A/H5 4,26% virus cúm A/H5N1 2,87% Trong đó, tỷ lệ lưu hành virus cúm A/H5N1 vịt cao gấp 2-3 lần gà Tỷ lệ lưu hành virus cúm A/H5N1 gà chợ (chợ Cái Ngang, chợ Cái Nhum chợ Thị Trấn Long Hồ) cao tháng tháng thấp từ tháng 11 đến tháng Tỷ lệ lưu hành virus cúm A/H5N1 vịt chợ (chợ Cái Ngang, chợ Cái Nhum chợ Thị Trấn Long Hồ) cao từ tháng đến tháng thấp từ tháng 11 đến tháng Các chủng virus cúm A/H5N1 thu thuộc clade 2.3.2.1c, clade lưu hành rộng khắp nước, đặc biệt tỉnh phía Nam Do đó, sử dụng loại vacxin Navet-Vifluvac (Cơng ty Navetco) H5N1 Re-5 (Trung Quốc) theo khuyến cáo Cục Thú y để phòng bệnh cúm gia cầm tỉnh Vĩnh Long Các chủng virus cúm A/H5N1 thu chủng virus có độc lực cao viii THESIS ABSTRACT Master candidate: Âu Xuân Khoa Thesis title: Surveillance for avian influenza A/H5N1 virus in some live bird markets of Vinh Long provine in 2016 Major: Veterinary Code:60.64.01.01 Educational organization: Vietnam National University of Agriculture (VNUA) Research Objectives Determine the circulation and change (if any) of the avian influenza A/H5N1 in poultry in some live bird markets in Vinh Long provine to help manage disease Materials and Methods - Detection of A/H5N1 influenza virus in obtained swab samples using rRT-PCR method - Constructing the phylogeny tree for A/H5N1 virus strains using Biodit and Mega software Main findings and conclusions - Study results showed that A/H5N1 influenza virus circulated in poultry (chickens and ducks) traded in some markets in Vinh Long provine in 2016 The prevalence of influenza A virus was 16,30%, A/H5 influenza virus was 4,26% and A/H5N1 influenza virus was 2,87% In particular, the prevalence of influenza A/H5N1 virus on ducks was 2-3 times higher in chickens - The prevalence of avian influenza A (H5N1) virus in chickens in poultry markets (Cai Ngang, Cai Nhum and Long Ho) peaked in April and June, and the lowest was from November to March - The prevalence of avian influenza A (H5N1) virus in ducks in poultry markets (Cai Ngang, Cai Nhum and Long Ho) peaked from May to July, and the lowest was from November to March - Circulating A/H5N1 virus strains belonged to clade 2.3.2.1c, this was the most common clade circulating throughout the country in 2016, especially in the southern provinces Therefore, it is possible to use Navet-Vifluvac (Navetco) and H5N1 Re-5 (China) vaccines as recommended by the Department of Animal Health for prevention of avian influenza H5N1 in Vinh Long - Obtained A/H5N1 influenza virus belonged to high pathogen avian influenza virus ix PHẦN KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 5.1 KẾT LUẬN Từ kết nghiên cứu thu được, rút số kết luận sau: - Tỷ lệ lưu hành virus cúm A gia cầm (gà vịt) chợ Cái Ngang (15,00%), chợ Cái Nhum (14,17%) chợ Thị trấn Long Hồ (19,72%) - Tỷ lệ lưu hành virus cúm A/H5 gia cầm (gà, vịt) chợ Cái Ngang (7,22%), chợ Cái Nhum (0,28%) chợ Thị trấn Long Hồ (5,23%) - Tỷ lệ lưu hành virus cúm A/H5N1 gia cầm (gà, vịt) chợ Cái Ngang (3,89%), chợ Cái Nhum (0%) chợ Thị trấn Long Hồ (4.72%) - Tỷ lệ lưu hành virus cúm A/H5 virus cúm A/H5N1 vịt cao gấp 2-3 lần so với gà - Tỷ lệ lưu hành virus cúm A/H5N1 gà chợ (chợ Cái Ngang, chợ Cái Nhum chợ Thị trấn Long Hồ) cao tháng tháng thấp tháng 11 đến tháng - Tỷ lệ lưu hành virus cúm A/H5N1 vịt chợ (chợ Cái Ngang, chợ Cái Nhum chợ Thị trấn Long Hồ) cao từ tháng đến tháng thấp từ tháng 11 đến tháng - Virus cúm A/H5N1 (10 chủng giải trình tự gen) thu tỉnh Vĩnh Long (2016) thuộc subclade 2.3.2.1c - Virus cúm A/H5N1 (10 chủng giải trình tự gen) thu Vĩnh Long chủng virus cúm có độc lực cao 5.2 KIẾN NGHỊ - Cần tiếp tục tìm hiểu thêm subtype HxNy lưu hành chợ buôn bán gia cầm sống Vĩnh Long để chủ động phịng chống bệnh có hiệu cao - Tăng cường công tác giám sát chủ động, vệ sinh tiêu độc, khử trùng,… chợ buôn bán gia cầm đặc biệt chợ có mẫu dương tính với virus cúm A/H5N1 - Sử dụng vacxintheo khuyến cáo Cục Thú y với virus cúm A/H5N1 clade 2.3.2.1c 49 TÀI LIỆU THAM KHẢO Tiếng Việt: Ban đạo Quốc gia phòng chống bệnh cúm gia cầm (2005) Báo cáo tổng kết công tác năm phòng chống dịch cúm gia cầm, Hội nghị tổng kết năm phòng chống dịch cúm gà, ngày 18 tháng năm 2005 , Hà Nội Bùi Quang Anh (2005) Báo cáo dịch cúm gia cầm, Hội nghị kiểm kiểm soát dịch cúm gia cầm khu vực châu Á FAO, OIE tổ chức, từ 23 - 25 tháng năm 2005, thành phố Hồ Chí Minh Bùi Quang Anh Văn Đăng Kỳ (2004) Bệnh cúm gia cầm: lưu hành bệnh, chẩn đoán kiểm sốt dịch bệnh Tạp chí khoa học kỹ thuật thú y, 11(3), tr 69 -75 Cục Thú y (2004) Bệnh cúm gia cầm biện pháp phòng chống Nhà xuất Nông nghiệp, Hà Nội Cục Thú y (2016) Báo cáo kết công tác năm 2016 kế hoạch năm 2017 FAO (2016) Bài học kinh nghiệm năm hoạt động hỗ trợ kỹ thuật tăng cương ứng phó khẩn cấp với cúm gia cầm độc lực cao Việt Nam Lê Thanh Hồ (2004) Họ Orthomyxoviridae nhóm virus cúm A gây bệnh cúm gà người, Viện khoa học công nghệ Lê Thanh Hòa (2006) Y-sinh học phân tử (quyển 1) Nhà xuất Y học, Hà Nội Lê Văn Năm (2004) Kết khảo sát biểu lâm sàng bệnh tích đại thể bệnh cúm gia cầm số sở chăn nuôi tỉnh phía bắc Tạp chí Khoa học kỹ thuật Thú y 11.tr 86-90 10 Tô Long Thành (2004) Thông tin cập nhật tái xuất bệnh cúm gia cầm nước Châu Á Tạp chí Khoa học Kỹ thuật Thú y, 11(4) tr 87- 93 11 Tô Long Thành (2006) Thông tin cập nhật cúm gia cầm vacxin phịng chống bệnh cúm gia cầm Tạp chí khoa học kĩ thuật thú y tr 66-67 Tiếng Anh: Abdelwhab E.M., Christian Grund, Mona M Aly, Martin Beer, Timm C Harder and Hafez M Hafez (2011) Multiple dose vaccination with heterologous H5N2 vaccine: Immune response and protection against variant clade 2.2.1 highly pathogenic avian influenza H5N1 in broiler breeder chickens Vaccine Volume 29.Issue 37 pp 6219-6225 Alexander D J (2000) A review of avian in different bird species Vet Microbiol, (74) pp 3-13 50 Aoki FY., Boivin G and Roberts N (2007) Influenza virus susceptibility and resistance to oseltamivir Antivir Ther 12(4B) pp 603-616 Baigent S.J and McCauley J.W (2001) Glycosylation of haemagglutinin and stalklength of neuraminidase combine to regulate the growth of avian influenza viruses in tissue culture Virus Res 79(1-2) pp 177-185 Bauer T.T., Ewig S, Rodloff A.C and Müller E.E (2006) Acute respiratory distress syndrome and pneumonia: a comprehensive review of clinical data Clin Infect Dis 43(6) pp 748-756 Beard C.W., Schnitzlein W.M and Tripathy D.N (1991) Protection of chickens against highly pathogenic avian influenza virus (H5N2) by recombinant fowlpox viruses Avian Dis, 35 pp 356–359 Beard C.W Avian Influenza (1998) In Foreign Animal Diseases Richmond, VA: United States Animal Health Association pp.71-80 Bender C., Hall H, Huang J, Klimov A, Cox N, Hay A, Gregory V, Cameron K, Lim W and Subbarao K (1999) Characterization of the surface proteins of influenza A (H5N1) viruses isolated from humans in 1997 - 1998 Virology 254 pp 115-123 Bosch FX., Garten W, Klenk HD and Rott R (1981) Proteolytic cleavage of influenza virus hemagglutinins; primary structure of the connecting peptide between HA1 and HA2 determines proteolytic cleavability and pathogenicity of avianinfluenza viruses Virology 113 pp 725-735 10 Cardona C., Yee K and Carpenter T(2009) Are live bird markets reservoirs of avian influenza? Poult Sci 88 (4) pp 856-859 11 Castrucci M.R and Kawaoka Y (1993) Biologic importance of neuraminidase stalk length in influenza A virus J Virol67 pp 759-764 12 Chen H., Smith G.J, Li K.S, Wang J, Fan X.H, Rayner J.M, Vijaykrishna D, Zhang J.X, Zhang L.J, Guo C.T, Cheung C.L, Xu K.M, Duan L, Huang K, Qin K, Leung Y.H, Wu W.L, Lu H.R, Chen Y, Xia N.S, Naipospos T.S, Yuen K.Y, Hassan S.S, Bahri S, Nguyen T.D, Webster R.G, Peiris J.S and Guan Y, 2006 Establishment of multiple sublineages of H5N1 influenza virus in Asia: implications for pandemic control Proc Natl Acad Sci 103 pp 2845–2850 13 Chen LM., Davis CT, Zhou H, Cox NJ and Donis RO (2008) Genetic compatibility and virulence of reassortants derived from contemporary avian H5N1 and human H3N2 influenza A viruses PLoS Pathog 4(5): e1000072 51 14 Chu Duc-Huy., Masatoshi Okamatsu, Keita Matsuno, Takahiro Hiono, Kohei Ogasawara, Lam Thanh Nguyen, Long Van Nguyen, Tien Ngoc Nguyen, Thuy Thu Nguyen, Dong Van Pham, Dang Hoang Nguyen, Tho Dang Nguyen, Thanh Long To, Hung Van Nguyen, Hiroshi Kida and Yoshihiro Sakoda (2016) Genetic and antigenic characterization of H5, H6 and H9 avian influenza viruses circulating in live bird markets with intervention in the center part of Vietnam Veterinary Microbiology 192 tr 194-203.11 C.W Beard (1998) Avian Influenza In Foreign Animal Diseases pp 71-80 15 Claas EC., Osterhaus AD, van Beek R, De Jong JC, Rimmelzwaan GF, Senne DA, Krauss S, Shortridge KF and Webster RG (1998) Human influenza A H5N1 virus related to a highly pathogenic avian influenza virus Lancet 351:472-477 16 Cox N J., and K Subbarao (2000) Global epidemiology of influenza: past and present Annu Rev Med 51 pp 407-21 17 Conenello G.M., Zamarin D, Perrone LA, Tumpey T and Palese P (2007) A single mutation in the PB1-F2 of H5N1 (HK/97) and 1918 influenza Aviruses contributes to increased virulence PLoS Pathog 3(10) pp 1414-1421 18 De Wit E and Fouchier RA (2008) Emerging influenza J Clin Virol 41(1) pp 1-6 19 Doherty P.C., Turner SJ, Webby R.G and Thomas P.G (2006) Influenza and the challenge for immunology Nat Immunol 7(5) pp 449-55 20 Gambotto A., Barratt-Boyes SM, de Jong MD, Neumann G and Kawaoka Y (2008) Human infection with highly pathogenic H5N1 influenza virus.Lancet 371(9622) pp 1464-1475 21 Hilleman M (2002) Realities and enigmas of human viral influenza: pathogenesis, epidemiology and control Vaccine 20(25-26) pp 3068-3087 22 Hoffmann, E., J Stech, Y Guan, R G Webster and D R Perez (2001) "Universal primer set for the full-length amplification of all influenzaA viruses." Arch Virol 146(12) pp 2275-2289 23 Hömer-Oberdörfer A., Veits J, Helferich D and Mettenleiter TC (2008) Level of protection of chickens against highly pathogenic H5 avian influenza virus with Newcastle disease virus based live attenuated vector vaccine depends on homology of H5 sequence between vaccine and challenge virus Vaccine 26(19) pp 2307-2313 52 24 Hongjie Yu,Zijian Feng,Xianfeng Zhang, Nijuan Xiang,Yang Huai, Lei Zhou, Zhongjie Li, Cuiling Xu, Huiming Luo,Jianfeng He,Xuhua Guan, Zhengan Yuan, Yanting Li, Longshan Xu, Rongtao Hong,Xuecheng Liu,Xingyu Zhou, Wenwu Yin,Shunxiang Zhang,Yuelong Shu,Maowu Wang,Yu Wang,Chin Kei Lee,Timothy M Uyeki,Weizhong Yang, and for the Avian Influenza H5N1 Study Group (2007) Human Influenza A (H5N1) Cases, Urban Areas of People’s Republic of China, 2005–2006 Emerg Infect Dis; 13(7) pp 1061–1064 25 Horimoto T., and Kawaoka Y (1994) Reverse genetics provides direct evidence for a correlation of hemagglutinin cleavability and virulence of an avian influenza A virus J Virol 68 pp 3120–3128 26 Horimoto T and Kawaoka Y (2001) Pandemic threat posed by avian influenza A viruses Clin Microbiol Rev 14(1) pp 129-149 27 Hui D.S (2008) Review of clinical symptoms and spectrum in humans with influenza A/H5N1 infection Respirology 13 Suppl pp 10-3 28 Ito T, Couceiro JN., Kelm S, Baum LG, Krauss S, Castrucci MR, Donatelli I, Kida H, Paulson JC, Webster RG and Kawaoka Y (1998) Molecular basis for the generation in pigs of influenza A viruses with pandemic potential J Virol 72 pp 7367-7373 29 Bernd Sebastian Kamps., Christian Hoffmann and Wolfgang Preiser (2006) Influenza Report 2006 30 Kayali Ghazi., Ahmed Kandeil, Rabeh El-Shesheny, Ahmed S Kayed, Mokhtar M Gomaa, Asmaa M Maatouq, Mahmoud M Shehata, Yassmin Moatasim, Ola Bagato, Zhipeng Cai, Adam Rubrum, Mohamed A Kutkat, Pamela P McKenzie, Robert G Webster, Richard J Webby and Mohamed A Ali (2014) Active Surveillance for Avian Influenza Virus, Egypt, 2010–2012 Emerging Infectious Diseases 20 (4) pp 542-551 31 Leung Y H Connie., Li-Juan Zhang, Chun-Kin Chow, Chun-Lok Tsang, Chi-Fung Ng, Chun-Kuen Wong, Yi Guan J S Malik Peiris (2007) Poultry Drinking Water Used for Avian Influenza Surveillance Emerging Infectious Diseases 13 (9) pp 1380-1382 32 Lupiani B and S M Reddy (2009) The history of avian influenza Comp Immunol Microbiol Infect Dis 32 (4) pp 311-23 53 33 Luong G and Palese P (1992) Genetic analysis of influenza virus Curr Opinion Gen Develop pp 77-81 34 Macken CA., Webby RJ and Bruno WJ (2006) Genotype turnover by reassortment of replication complex genes from avian influenza A virus J Gen Virol 87(10) pp 2803-2815 35 Matrosovich M., Zhou N, Kawaoka Y and Webster R (1999) The surface glycoproteins of H5 influenza viruses isolated from humans, chickens, and wild aquatic birds have distinguishable properties J Virol 73 pp 1146-1155 36 Murphy B.R and Webster (1996) Orthomyxoviruses, In Fields B.N, Knipe D.M, Howley P.M, (eds.), Fields Virology, 3rd ed, Lippincott-Raven Publishers, Philadelphia pp 1397-1445 37 Nina Y Kung.,Roger S Morris,Nigel R Perkins,Les D Sims, Trevor M Ellis, Lucy Bissett, Mary Chow,Ken F Shortridge, Yi Guanand Malik J.S Peiris (2007) Risk for Infection with Highly Pathogenic Influenza A Virus (H5N1) in Chickens, Hong Kong, 2002 Emerg Infect Dis; 13(3) pp 412–418 38 Nguyen D T., J E Bryant, C T Davis, L V Nguyen, L T Pham, L Loth, K Inui, T Nguyen, Y Jang, T L To, T D Nguyen, D T Hoang, H T Do, T T Nguyen, S Newman, Siembieda Jennifer and D V Pham (2014) Prevalence and distribution of avian influenza a(H5N1) virus clade variants in live bird markets of Vietnam, 2011-2013 Avian Dis 58 (4) pp 599-608 39 Nguyen T.D., Nguyen T.V, Vijaykrishna D.,Webster R.G, Guan Y, Peiris M.J.S and Smith G.J(2008) Multiple sublineages of influenza A virus (H5N1), Vietnam, 2005–2007 Emerg Infect Dis 14 pp 632–636 40 Nguyen T., CT Davis, A Balish , P Rivailler, R Loughlin, B Shu, J Jones, I Perry, BK Kapella, J Kile A Klimov and RO Donis (2010) Molecular epidemiology of highly pathogenic avian influenza H5N1 viruses in Vietnamese poultry, 20082009 Poster presentation Option VII meeting in Hongkong, 2010 41 Nguyen T., P Rivailler, C T Davis, T Hoa do, A Balish, N H Dang, J Jones, D T Vui, N Simpson, N T Huong, B Shu, R Loughlin, K Ferdinand, S E Lindstrom, I A York, A Klimov and R O Donis (2012) Evolution of highly pathogenic avian influenza (H5N1) virus populations in Vietnam between 2007 and 2010 Virology 432(2) pp 405-416 54 42 OIE and FAO (2016) Influenza A Cleavage Sites Truy cập ngày 10/5/2017 athttp://www.offlu.net/fileadmin/home/en/resourcecentre/pdf/Influenza_A_Cleavag e_Sites.pdf 43 Pfeiffer Dirk U., Martin J Otte, David Roland-Holst, Ken Inui, Nguyen Tung and David Zilberman (2011) Implications of global and regional patterns of highly pathogenic avian influenza virus H5N1 clades for risk management The Veterinary JouARNl 190 (3) pp 309-316 44 Phan M Q., W Henry, C B Bui, D H Do, N V Hoang, N T Thu, T T Nguyen, T D Le, T Q Diep, K Inui, J Weaver and J Carrique-Mas (2013) Detection of HPAI H5N1 viruses in ducks sampled from live bird markets in Vietnam Epidemiology and Infection 141 (3) pp 601-611 45 Prel A., Le Gall- eculé G and Jestin V (2008) Achievement of avian influenza virus-like particles that could be used as a subunit vaccine against lowpathogenic avian influenza strains in ducks Avian Pathol 37(5) pp 513-520 46 Rauw F.V Palya., S Van Borm, S Welby, T Tatar-Kis, Y Gardin, K Moore Dorsey,M.M Aly, M.K Hassan, M.A Soliman, B Lambrecht and T van den Berg (2011) Further evidence of antigenic drift and protective efficacy afforded by a recombinant HVT-H5 vaccine against challenge with two antigenically divergent Egyptian clade 2.2.1 HPAI H5N1 strains Vaccine Volume 29 Issue 14 pp 2590–2600 47 Scholtissek C., Stech J, Krauss S and Webster RG (2002) Cooperation between the hemagglutinin of avian viruses and the matrix protein of human influenza A viruses J Virol 76(4) pp 1781–1786 48 Soares Magalhães Ricardo J., Angel Ortiz-Pelaez, Kim Lan Lai Thi, Quoc Hoang Dinh, Joachim Otte and Dirk U Pfeiffer (2010) Associations between attributes of live poultry trade and HPAI H5N1 outbreaks: a descriptive and network analysis study in northern Vietnam BMC Veterinary Research pp 10-10 49 Sturm-Ramirez K M., D J Hulse-Post, E A Govorkova, J Humberd, P Seiler, P Puthavathana, C Buranathai, T D Nguyen, A Chaisingh, H T Long, T S P Naipospos, H Chen, T M Ellis, Y Guan, J S M Peiris and R G Webster (2005) Are Ducks Contributing to the Endemicity of Highly Pathogenic H5N1 Influenza Virus in Asia? JouARNl of Virology 79 (17) pp 11269-11279 55 50 Stubb E.L (1965) Fowl plague In H.E Biester, and L.H Schwarte (eds), Disease of Poultry 5th ed Iowa State Univeristy Press, Ames, pp 813-822 51 Subbarao K., Klimov A, Katz J, Regnery H, Lim W, Hall H (1998) Characterization of an avian influenza A (H5N1) virus isolated from a child with a fatal respiratory illness Science 279 pp 393-396 52 Subbarao K and Joseph T (2007) Scientific barriers to developing vaccines against avian influenza viruses Nature Reviews Immunology 7(4) pp 267-278 53 Swayne DE (2012) Impact of vaccines and vaccination on global control of avian influenza Avian Dis.56(4 Suppl) pp 818-28 54 Tumpey T.M., Suarez D.L, Perkins L.E, Senne D.A, Lee J.G, Lee Y.J, Mo I.P, Sung H.W and Swayne D.E(2002) Characterization of a highly pathogenic H5N1 avian influenza A virus isolated from duck meat J Virol 76 pp 6344–6355 55 Uiprasertkul M., Kitphati R, Puthavathana P, Kriwong R, Kongchanagul A, Ungchusak K, Angkasekwinai S, Chokephaibulkit K, Srisook K, Vanprapar N and Auewarakul P (2007) Apoptosis and pathogenesis of avian influenza A (H5N1) virus in humans Emerg Infect Dis 13(5) pp 708-712 56 Vittoria Offeddu., Benjamin J Cowling and J.S Malik Peiris (2016) Interventions in live poultry markets for the control of avian influenza: A systematic review One Health pp 55–64 57 Wagner R., Matrosovich M and Klenk H (2002) Functional balance between haemagglutinin and neuraminidase in influenza virus infections Med Virol 12(3) pp 159-166 58 Wan X.F., Nguyen T, Davis C.T, Smith C.B, Zhao Z.-M, Carrel M, Inui K, Do H.T, Mai D.T, Jadhao S, Balish A, Shu B, Luo F, Emch M, Matsuoka Y, Lindstrom S.E, Cox N.J, Nguyen C.V, Klimov A and Donis R.O (2008) Evolution of highly pathogenic H5N1 avian influenza viruses in Vietnam between 2001 and 2007 PLoS ONE 3, e3462 59 Wanasawaeng., Wisanu, Bunpapong, Napawan, Leelamanit, Wichet, Thanawongnuwech and Roongroje (2009) Growth Characteristics of the H5N1 Avian Influenza Virus in Chicken Embryonic Eggs and MDCK Cells Thai J Vet Med., 39(3) pp 281-286 60 Wasilenko JL., Lee CW, Sarmento L, Spackman E, Kapczynski DR, Suarez DL and Pantin-Jackwood MJ (2008) NP, PB1, and PB2 viral genes contribute to 56 altered replication of H5N1 avian influenza viruses in chickens J Virol 82(9) pp 4544-4553 61 WHO, OIE and FAO (2008) Toward a Unified Nomenclature System for Highly Pathogenic Avian Influenza Virus (H5N1) Emerging Infectious Disease jouARNl 14 (7) 62 WHO (2017) Avian Influenza Weekly Update Number 573, 24 February 2017 63 Xiu-Feng Wan.,Libo Dong, Yu Lan, Li-Ping Long, Cuiling Xu, Shumei Zou, Zi Li, Leying Wen,Zhipeng Cai, Wei Wang, Xiaodan Li,Fan Yuan, Hongtao Sui, Ye Zhang, Jie Dong, Shanhua Sun, Yan Gao,Min Wang, Tian Bai, Lei Yang, Dexin Li, Weizhong Yang, Hongjie Yu,Shiwen Wang, Zijian Feng, Yu Wang, Yuanji Guo, Richard J WebbyandYuelong Shu (2011) Indications that Live Poultry Markets Are a Major Source of Human H5N1 Influenza Virus Infection in China J Virol.vol 85no 24 pp 13432-13438 64 Xu X., Subbarao K, Cox NJ and Guo Y (1999) Genetic characterization of the pathogenic influenza A/Goose/Guangdong/1/96 (H5N1) virus: similarity of its hemagglutinin gene to those of H5N1 viruses from the 1997 outbreaks in Hong Kong Virology 261 pp 15-19 65 Zhu Q., Yang H, Chen W, Cao W, Zhong G, Jiao P, Deng G, Yu K, Yang C, Bu Z, Kawaoka Y and Chen H (2008) A naturally occurring deletion in its NS gene contributes to the attenuation of an H5N1 swine influenza virus in chickens J Virol 82(1) pp 220-228 57 PHỤ LỤC 1: TRÌNH TỰ NUCLEOTID GEN HA CỦA CÁC CHỦNG VIRUS A/H5N1 PHÂN LẬP ĐƯỢC A/Duck/VinhLong/NCVD-16H5-VL2-112/2016 GATCATATTGCCATTGGTTATCATGCAAATAACTCGACAGAGCAGGTTGACA CAATAATGGAAAAGAATGTTACTGTTACACATGCCCAAGACATACTGGAAA AGACACACAACGGGAAGCTCTGCGATCTAAATGGAGTGAAGCCTCTGATTT TAAAAGATTGTAGTGTGGCAGGATGGCTCCTCGGAAATCCATTGTGTGACG AATTCACCAATGTGCCAGAATGGTCTTACATAGTAGAGAAGGCCAATCCAG CCAATGACCTCTGTTACCCAGGGAATTTCAACGATTATGAAGAATTGAAAC ACCTATTGAGCAGGATAAACCATTTTGAGAAAATACAGATCATCCCCAAAA ATTCTTGGCCAGATCATGAAGCCTCATTGGGGGTGAGCGCAGCATGTTCATA CCAAGGAAATTCCTCCTTCTTCAGAAATGTGGTGTGGCTTATCAAAAAGAAC GATGCATACCCAACAATAAAAAAGGGCTACAATAACACCAATCGAGAAGAT CTCTTGATCCTGTGGGGGATCCACCATCCTAATGATGAGGCAGAGCAGACA AGGCTCTACCAAAACCCAACTACCTATGTTTCCATTGGGACTTCAACACTGA ACCAGAGATTGGTACCAAAAATAGCCACTAGATCCAAAATAAATGGGCAAA GTGGCAGGATAGATTTCTTCTGGACAATTTTAAAACCGAATGACACAATCCA CTTCGAGAGTAATGGAAATTTCATTGCTCCAGAATATGCATACAAAATTGTC AAGAAGGGAGACTCCACAATCATGAGAAGTGAAGTGGAATATGGTAATTGC AACACCAGGTGTCAGACTCCAATAGGGGCGATAAACTCTAGTATGCCATTC CACAACATACACCCTCTCACTATCGGAGAATGTCCTAAATATGTGAAATCAA ACAAATTAGTCCTTGCAACTGGGCTCAGAAATAGTCCTCAAAGAGAGAGAA GAAGAAAAAGAGGACTGTTT A/Duck/VinhLong/NCVD-16H5-VL2-302/2016 GATCATATTGCCATTGGTTATCATGCAAATAACTCGACAGAGCAGGTTGACA CAATAATGGAAAAGAACGTTACTGTTACACATGCCCAAGACATACTGGAAA AGACACACAACGGGAAGCTCTGCGATCTAAATGGAGTGAAGCCTCTGATTT TAAAAGATTGTAGTGTGGCAGGATGGCTCCTCGGAAATCCATTGTGTGACG AATTCACCAATGTGCCAGAATGGTCTTACATAGTAGAGAAGGCCAATCCAG CCAATGACCTCTGTTACCCAGGGAATTTCAACGATTATGAAGAATTGAAAC ACCTATTGAGCAGGATAAACCATTTTGAGAAAATACAGATCATCCCCAAAA ATTCTTGGTCAGATCATGAAGCCTCATTGGGGGTGAGCGCAGCATGTTCATA CCAAGGAAATTCCTCCTTCTTTAGAAATGTGGTGTGGCTTATCAAAAAGAAC AATGCATACCCAACAATAAGGAAAGGCTACAATAACATCAATCGAGAAGAT CTCTTGATCCTGTGGGGGATTCACCATCCTAATGATGAGGCAGAGCAGACA AGGCTCTACCAAAACCCAACTACCTATATTTCCATTGGGACTTCAACACTGA ACCAGAGATTGGTACCAAAAATAGCCACTAGATCCAGAATAAACGGGCAAA 58 GTGGCAGGATAGATTTCTTCTGGACAATTTTAAAACCGAATGACACAATCCA CTTCGAGAGTAATGGAAATTTCATTGCTCCAGAATATGCATACAAAATTGTC AAGAAGGGAGACTCCACAATCATGAGAAGTGAAGTGGAATATGGTAATTGC AACACCAGGTGTCAGACTCCAATAGGGGCGATAAATTCTAGTATGCCATTC CACAACATACACCCTCTCACTATCGGAGAATGTCCCAAATATGTGAAATCA AACAAATTAGTCCTTGCAACTGGGCTCAGAAATAGTCCTCAAAGAGAGAGA AGAAGAAAAAGAGGACTGTTT A/Duck/VinhLong/NCVD-16H5-VL2-309/2016 GATCATATTGCATTGGTTATCATGCAAATAACTCGACAGAGCAGGTTGACACAATAATGGAA AAGAACGTTACTGTTACACATGCCCAAGACATACTGGAAAAGACACACAAC GGGAAGCTCTGCGATCTAAATGGAGTGAAGCCTCTGATTTTAAAAGATTGT AGTGTGGCAGGATGGCTCCTCGGAAATCCATTGTGTGACGAATTCACCAAT GTGCCAGAATGGTCTTACATAGTAGAGAAGGCCAATCCAGCCAATGACCTC TGTTACCCAGGGAATTTCAACGATTATGAAGAATTGAAACACCTATTGAGC AGGATAAACCATTTTGAGAAAATACAGATCATCCCCAAAAATTCTTGGTCA GATCATGAAGCCTCATTGGGGGTGAGCGCAGCATGTTCATACCAAGGAAAT TCCTCCTTCTTTAGAAATGTGGTGTGGCTTATCAAAAAGAACAATGCATACC CAACAATAAGGAAAGGCTACAATAACATCAATCGAGAAGATCTCTTGATCC TGTGGGGGATTCACCATCCTAATGATGAGGCAGAGCAGACAAGGCTCTACC AAAACCCAACTACCTATATTTCCATTGGGACTTCAACACTGAACCAGAGATT GGTACCAAAAATAGCCACTAGATCCAGAATAAACGGGCAAAGTGGCAGGA TAGATTTCTTCTGGACAATTTTAAAACCGAATGACACAATCCACTTCGAGAG TAATGGAAATTTCATTGCTCCAGAATATGCATACAAAATTGTCAAGAAGGG AGACTCCACAATCATGAGAAGTGAAGTGGAATATGGTAATTGCAACACCAG GTGTCAGACTCCAATAGGGGCGATAAATTCTAGTATGCCATTCCACAACATA CACCCTCTCACTATCGGAGAATGTCCCAAATATGTGAAATCAAACAAATTA GTCCTTGCAACTGGGCTCAGAAATAGTCCTCAAAGAGAGAGAAGAAGAAAA AGAGGACTGTTT A/Duck/VinhLong/NCVD-16H5-VL2-447/2016 GATCATATTGCATTGGTTATCATGCAAATAACTCGACAGAGCAGGTTGACACAATAATGGAA AAGAACGTTACTGTTACACATGCCCAAGACATACTGGAAAAGACACACAAC GGGAAGCTCTGCGATCTAAATGGAGTGAAGCCTCTGATTTTAAAAGATTGT AGTGTGGCAGGATGGCTCCTCGGAAATCCATTGTGTGACGAATTCACCAAT GTGCCAGAATGGTCTTACATAGTAGAGAAGGCCAATCCAGCCAATGACCTC TGTTACCCAGGGAATTTCAACGATTATGAAGAATTGAAACACCTATTGAGC 59 AGGATAAACCATTTTGAGAAAATACAGATCATCCCCAAAAATTCTTGGTCA GATCATGAAGCCTCATTGGGGGTGAGCGCAGCATGTTTATACCAAGGAAAT TCCTCCTTCTTCAGAAATGTGGTGTGGCTTATCAAAAAGAACAATGCATACC CAACAATAAGGAAAGGCTACAATAACACCAATCGAGAAGATCTCTTGATCC TGTGGGGGATTCACCATCCTAATGATGAGGCAGAGCAGACAAGGCTCTACC AAAACCCAACTACCTATATTTCCATTGGGACTTCAACACTGAACCAGAGATT GGTACCAAAAATAGCCACTAGATCCAGAATAAACGGGCAAAGTGGCAGGA TAGATTTCTTCTGGACAATTTTAAAACCGAATGACACAATCCACTTCGAGAG TAATGGAAATTTCATTGCTCCAGAATATGCATACAAAATTGTCAAGAAAGG AGACTCCACAATCATGAGAAGTGAAGTGGAATATGGTAATTGCAACACCAG GTGTCAGACTCCAATAGGGGCGATAAATTCTAGTATGCCATTCCACAACATA CACCCTCTCACTATCGGAGAATGTCCCAAATATGTGAAATCAAACAAATTA GTCCTTGCAACTGGGCTCAGAAATAGTCCTCAAAGAGAGAGAAGAAGAAAA AGAGGACTGTTT A/Duck/VinhLong/NCVD-16H5-VL-157/2016 GATCATATTTGCATTGGTTATCATGCAAATAACTCGACAGAGCAGGTTGACA CAATAATGGAAAAGAACGTTACTGTTACACATGCCCAAGACATACTGGAAA AGACACACAACGGGAAACTCTGCGATCTAAATGGAGTGAAGCCTCTGATTT TAAAAGATTGTAGTGTAGCAGGATGGCTCCTCGGAAATCCATGGTGTGACG AATTCACCAATGTGCCAGAATGGTCTTACATAGTAGAGAAGGCCAATCCAG CCAATGACCTCTGTTACCCAGGGAATTTCAACGATTATGAAGAATTGAAAC ACCTATTGAGCAGGATAAACCATTTTGAGAAAATACAGATCATCCCCAAAG ATTCTTGGTCAAATCATGAAGCCTCATTGGGGGTGAGCGCAGCATGTTCATA CCAAGGAAATTCCTCCTTCTTCAGAAATGTGGTGTGGCTTATCAAAAAGAAC AATGCATACCCAACAATAAAGAAAGGCTACAATAACACCAATCGAGAAGAT CTCTTGATCCTGTGGGGGATCCACCATCCTAATGATGAGGCAGAGCAGACA AGGCTCTACCAAAACCCAGCTACCTATATTTCCATTGGGACTTCAACACTGA ACCAGAGATTGGTACCAAAAATAGCCACTAGATCCAAAATAAACGGGCAAA GTGGCAGGATAGATTTCTTCTGGACAATTTTAAAACCGAATGACACAATCCA TTTCGAAAGTAATGGAAATTTCATTGCTCCAGAATATGCATACAAAATTGTC AAGAAGGGAGACTCCACAATCATGAGAAGTGAAGTGGAATATGGTAATTGC AACACCAGGTGTCAGACTCCAATAGGGGCGATAAACTCTAGTATGCCATTC CACAACATACACCCTCTCACTATCGGAGAATGTCCCAAATATGTGAAATCA AACAAATTAGTCCTTGCAACTGGGCTCAGAAATAGTCCTCAAAGAGAGAGA AGAAGAAAAAGAGGACTGTTT 60 A/Duck/VinhLong/NCVD-16H5-VL-857/2016 GATCATATTTGCATTGGTTATCATGCAAATAACTCGACAGAGCAGGTTGACA CAATAATGGAAAAGAACGTTACTGTTACACATGCCCAAGACATACTGGAAA AGACACACAACGGGAAGCTCTGCGATCTAAATGGAGTGAAGCCTCTGATTT TAAAAGATTGTAGTGTAGCAGGATGGCTCCTCGGAAATCCATTGTGTGACG AATTCACCAATGTGCCAGAATGGTCTTACATAGTAGAGAAGGCCAATCCAG CCAATGACCTCTGTTACCCAGGGAATTTCAACGATTATGAAGAATTGAAAC ACCTATTGAGCAGGATAAACCATTTTGAGAAAATACAGATCATTCCCAAAG ACTCTTGGTCAGATCATGAAGCCTCATTGGGGGTGAGCGCAGCATGTTCATA CCAAGGAAATTCCTCCTTCTTCAGAAATGTGGTGTGGCTTATCAAAAAGAAC GATGCATACCCAACAATAAAGAAAGGCTACAATAACACCAATCGAGAAGAT CTCTTGATACTGTGGGGGATCCACCATCCTAATGATGAGGCAGAGCAGACA AGGCTCTACCAAAACCCAACTACCTATATTTCCATTGGGACTACAACACTGA ACCAGAGATTGGTACCAAAAATAGCCACTAGATCCAAAATAAACGGGCAAA GTGGCAGGATAGATTTCTTCTGGACAATTTTAAAACCGAATGACACAATCCA CTTCGAGAGTAATGGAAATTTCATTGCTCCAGAATATGCATACAAGATTGTC AAGAAGGGAGACTCCACAATCATGAGAAGTGAAGTGGAATATGGTAACTGC AACACCAGGTGTCAGACTCCAATAGGGGCGATAAACTCTAGTATGCCATTC CACAATATACACCCTCTCACTATCGGAGAATGTCCCAAATATGTGAAATCAA ACAAATTAGTCCTTGCAACTGGGCTCAGAAATAGTCCTCAAAGAGAGAGAA GAAGAAAAAGAGGACTGTTT A/Duck/VinhLong/NCVD-16H5-VL-817/2016 GACCATATTTGCATTGGTTATCATGCGAATAACTCGACAGAGCAGGTTGACA CAATAATGGAAAAGAACGTTACTGTTACACATGCCCAAGACATACTGGAAA AGACACACAACGGGAAGCTCTGCGATCTAAATGGAGTGAAGCCTCTGATTT TAAAAGATTGTAGTGTAGCAGGATGGCTCCTCGGAAATCCATTGTGTGACG AATTCACCAATGTACCAGAATGGTCTTACATAGTAGAGAAGGCCAATCCAG CCAATGACCTCTGTTACCCAGGGAATTTCAACGATTATGAAGAATTGAAAC ACCTATTGAGCAGGATAAACCATTTTGAGAAAATACAGATCATCCCCAAAG ATTCTTGGTCAGATCATGAAGCCTCATTGGGGGTGAGCGCCGCATGTTCATA CCAGGGAAATTCCTCCTTCTTCAGAAATGTGGTGTGGCTTATCAAAAAGAAC AATGCATACCCAACAATAAAGAAAGGCTACAATAACACCAATCGAGAAGAT CTCTTGATACTGTGGGGGATCCACCATCCTAATGATGAGGCAGAGCAGACA AGGCTCTACCAAAACCCAACTACCTATATTTCCATTGGGACTTCAACACTAA ACCAGAGATTGGTACCAAAAATAGCCACTAGATCCAAAATAAACGGGCAAA GTGGCAGGATAGATTTCTTCTGGACAATTTTAAAACCGAATGACACAATCCA CTTCGAGAGTAATGGAAATTTCATTGCTCCAGAATATGCATACAAAATTGTY 61 AAGAAGGGAGACTCCACAATCATGAGGAGTGAAGTGGAATATGGTAACTGC AACACCAGGTGTCAGACCCCAATAGGGGCAATAAACTCTAGTATGCCATTC CACAACATACACCCTCTYACTATCGGAGAATGTCCCAAATATGTGAAATCA AACAAATTAGTCCTTGCAACTGGGCTCAGAAATAGTCCTCAAAGAGAGAGA AGAAGAAAAAGAGGACTGTTT A/Chicken/VinhLong/NCVD-16H5-VL652/2016 GATCATATTTGCATTGGTTATCATGCAAATAACTCGACAGAGCAGGTTGACA CAATAATGGAAAAGAACGTTACTGTTACACATGCCCAAGACATACTGGAAA AGACACACAACGGGAAGCTCTGCGATCTAAATGGAGTGAAGCCTCTAATTT TAAAAGATTGTAGTGTAGCAGGATGGCTCCTCGGAAATCCATTGTGTGACG AATTCACCAATGTGCCAGAATGGTCTTACATAGTAGAGAAGGCCAATCCAG CCAATGACCTCTGTTACCCAGGGAATTTCAACGATTATGAAGAATTGAAAC ACCTATTGAGCAGGATAAACCATTTTGAGAAAATACAGATCATCCCCAAAG ATTCTTGGTCAGATCATGAAGCCTCATTGGGGGTGAGCGCCGCATGTTCATA CCAGGGAAATTCCTCCTTCTTCAGAAATGTGGTGTGGCTTATCAAAAAGAAC AATGCATACCCAACAATAAAGAAAGGATACAATAACACCAATCGAGAAGA TCTCTTGATACTGTGGGGGATCCACCATCCTAATGATGAGGCAGAGCAGAC AAGGCTCTACCAAAACCCAACTACCTATATTTCCATTGGGACTTCAACACTA AACCAGAGATTGGTACCAAAAATAGCCACTAGATCCAAAATAAACGGGCAA AGTGGCAGGATAGATTTCTTCTGGACAATTTTAAAACCGAATGACACAATCC ACTTCGAGAGTAATGGAAATTTCATTGCTCCAGAATATGCATACAAAATTGT CAAGAAGGGAGACTCCACAATCATGAGAAGTGAAGTGAAATACGGTAACT GCAACACCAGGTGTCAGACCCCAATAGGGGCGATAAACTCTAGTATGCCAT TCCACAACATACACCCTCTCACTATCGGAGAATGTCCCAAATATGTGAAATC AAACAAATTAGTCCTTGCAACTGGGCTCAGAAATAGTCCTCAAAGAGAGAG AAGAAGAAAAAGAGGACTGTTT A/Chicken/VinhLong/NCVD-16H5-VL657/2016 GACCATATTTGCATTGGTTATCATGCAAATAACTCGACAGAGCAGGTTGACA CAATAATGGAAAAGAACGTTACTGTTACACATGCCCAAGACATACTGGAAA AGACACACAACGGGAAGCTCTGCGATCTAAATGGAGTGAAGCCTCTGATTT TAAAAGATTGTAGTGTAGCAGGATGGCTCCTCGGAAATCCATTGTGTGACG AATTCACCAATGTACCAGAATGGTCTTACATAGTAGAGAAGGCCAATCCAG CCAATGACCTCTGTTACCCAGGGAATTTCAACGATTATGAAGAATTGAAAC ACCTATTGAGCAGGATAAACCATTTTGAGAAAATACAGATCATCCCCAAAG ATTCTTGGTCAGATCATGAAGCCTCATTGGGGGTGAGCGCCGCATGTTCATA CCAGGGAAATTCCTCCTTCTTCAGAAATGTGGTGTGGCTTATCAAAARGAAC AATGCATACCCAACAATAAAGAAAGGCTACAATAACACCAATCGAGAAGAT 62 CTCTTGATACTGTGGGGGATCCACCATCCTAATGATGAGGCAGAGCAGACA AGGCTCTACCAAAACCCAACTACCTATATTTCCATTGGGACTTCAACACTAA ACCAGAGATTGGTACCAAAAATAGCCACTAGATCCAAAATAAACGGGCAAA GTGGCAGGATAGATTTCTTCTGGACAATTTTAAAACCGAATGACACAATCCA CTTCGAGAGTAATGGAAATTTCATTGCTCCAGAATATGCATACAAAATTGTC AAGAAGGGAGACTCCACAATCATGAGAAGTGAAGTGAAATATGGTAACTGC AACACCAGGTGTCAGACCCCAATAGGGGCAATAAACTCTAGTATGCCATTC CACAACATACACCCTCTCACTATCGGAGAATGTCCCAAATATGTGAAATCA AACAAATTAGTCCTTGCAACTGGGCTCAGAAATAGTCCTCAAAGAGAGAGA AGAAGAAAAAGAGGACTGTTT 10 A/Chicken/VinhLong/NCVD-16H5-VL660/2016 GATCATATTTGCATTGGTTATCATGCAAATAACTCGACAGAGCAGGTTGACA CAATAATGGAAAAGAACGTTACTGTTACACATGCTCAAGACATACTGGAAA AAACACACAACGGGAAGCTCTGCGATCTAAATGGAGTGAAGCCTCTGATTT TAAAGGATTGTAGTGTGGCAGGATGGCTCCTCGGAAATCCATTGTGTGACG AATTCACCAATGTGCCAGAATGGTCTTACATAGTAGAGAAGGCCAATCCAG CCAATGACCTCTGTTACCCAGGAAATTTCAACGATTATGAAGAATTGAAAC ACCTATTGAGCAGGATAAACCATTTTGAGAAAATACAGATCATCCCCAAAA ATTCTTGGTCAGATCATGAAGCCTCATTGGGGGTGAGCGCAGCATGTTCATA CCAAGGAAATTCCTCCTTCTTCAGAAATGTGGTGTGGCTTATCAAAAAGAAC AATGCATACCCAACAATAAAGAAAGGCTACAATAACACCAATCGAGAAGAT CTCTTGATCCTGTGGGGGATCCACCATCCTAATGATGAGGCAGAGCAGATA AGGCTCTACCAAAACCCAACTACCTATATTTCCATTGGGACTTCAACACTGA ACCAGAGATTGGTACCAAAAATAGCCACTAGATCCAAAATAAACGGGCAAA GTGGCAGGATAGATTTCTTCTGGACAATTTTAAAACCGAATGACACAATCCA CTTCGAGAGTAATGGAAATTTCATTGCTCCAGAATATGCATACAAAATTGTC AAGAAGGGAGACTCCACAATCATGAGAAGTGAAGTGGAATATGGTAATTGC AACACCAGGTGTCAGACTCCAATAGGGGCGATAAACTCTAGTATGCCATTC CACAACATACACCCTCTCACTATCGGAGAATGTCCCAAATATGTGAAATCA AACAAATTAGTCCTTGCAACTGGGCTCAGAAATAGTCCTCAAAGAGAGAGA AGAAGAAAAAGAGGACTGTTT 63 ... TGT AAA ACG ACG GCC AGT AGC AAA AGC AGG S17_H5-F1 GGT YTA AT Cặp S18_H5CAG GAA ACA GCT ATG ACC CAT ACC AAC CAT 1111R CTA YCA TTC C TGT AAA ACG ACG GCC AGT AYG CMT AYA ARA S19_H5-F751 TTG TCA AG... CGT CTA Probe TCA ACA GTG GCG AGT TCC CTA GCA Xuôi ACA TAT GAC TAC CCA CAR TAT TCA G Ngược AGA CCA GCT AYC ATG ATT GC Probe TGG TCT TGG CCA GAC GGT GC Xuôi TGG ACT AGT GGG AGC AGC AT Ngược FAM BHQ1... dịch cúm gia cầm (Cục Thú y, 2016) 32 Hình 4.2 Tỷ lệ nhiễm virus cúm A Việc lưu hành virus cúm gia cầm chợ buôn bán gia cầm sống yếu tố nguy lây lan bệnh cúm gia cầm Thủy cầm hoang dã, bao gồm