BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NHA TRANG NGUYỄN THỊ BẢO CHÂU NGHIÊN CỨU CẤU TRÚC QUẦN THỂ LOÀI CÁ TRÍCH (Sardinella gibbosa, Bleeker 1894) Ở CÁC VÙNG BIỂN PHÚ QUỐC, NHA TRANG, ĐÀ NẴNG, CÁT BÀ LUẬN VĂN THẠC SĨ Chun ngành: Ni Trồng Thủy Sản Khánh Hòa - 2013 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NHA TRANG - NGUYỄN THỊ BẢO CHÂU NGHIÊN CỨU CẤU TRÚC QUẦN THỂ LOÀI CÁ TRÍCH (Sardinella gibbosa, Bleeker 1894) Ở CÁC VÙNG BIỂN PHÚ QUỐC, NHA TRANG, ĐÀ NẴNG, CÁT BÀ LUẬN VĂN THẠC SĨ Chuyên ngành: Nuôi Trồng Thủy Sản HƯỚNG DẪN KHOA HỌC TS ĐẶNG THÚY BÌNH Khánh Hịa - 2013 LỜI CẢM ƠN Trong trình thực hoàn thành luận văn tốt nghiệp, nỗ lực thân, nhận giúp đỡ tổ chức cá nhân Nhân đây, xin chân thành cảm ơn giúp đỡ quý báu Trước tiên, tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc đến TS.Đặng Thúy Bình (Viện Cơng Nghệ Sinh Học Môi Trường - Trường Đại học Nha Trang) định hướng bảo tận tình cho tơi suốt q trình thực đề tài Tôi xin chân thành cảm ơn ban chủ nhiệm khoa thầy, cô giáo khoa Nuôi trồng Thủy sản – Trường Đại học Nha Trang, người dạy dỗ, bảo truyền đạt kiến thức cho suốt quãng thời gian qua Tôi xin chân thành cảm ơn thầy, cô giáo Viện Công Nghệ Sinh Học Môi Trường tạo điều kiện thuận lợi sở vật chất cho suốt q trình thực tập tốt nghiệp Tơi xin chân thành cảm ơn dự án CT – PIRE TS Demian vè hỗ trợ traning course cung cấp thơng tin tiến trình thực đề tài Tôi xin gửi lời cảm ơn đến bạn bè, người bên cạnh giúp đỡ suốt thời gian thực tập hoàn thành luận văn Cuối cùng, xin dành biết ơn to lớn đến gia đình người thân ln động viên giúp tơi vượt qua khó khăn suốt năm học vừa qua Nha Trang, tháng năm 2013 Học Viên thực Nguyễn Thị Bảo Châu LỜI CAM ĐOAN Tơi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu thân tơi thực hiện, hướng dẫn giáo viên hướng dẫn- Tiến sĩ Đặng Thúy Bình Các số liệu thích, trích dẫn rõ ràng Các số liệu luận văn trung thực lấy từ phần dự án Coral triangle -PIRE project (http://sci.odu.edu/impa/ctpire.html) khuôn khổ hợp tác Trường Đại học Old Dominion, Hoa Kỳ Viện CNSH&MT, TRường Đại học Nha Trang Học viên thực hiên Nguyễn Thị Bảo Châu i MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN LỜI CAM ĐOAN MỤC LỤC i DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT iii DANH MỤC BẢNG iv DANH MỤC HÌNH v MỞ ĐẦU CHƯƠNG TỔNG QUAN 1.1 Tổng quan vùng nghiên cứu 1.1.1 Vị trí địa lý thủy văn đảo Phú Quốc 1.1.2.Vị trí địa lý thủy văn Nha Trang (Khánh Hòa) 1.1.3 Vị trí địa lý thủy văn Đà Nẵng 1.1.4 Vị trí địa lý thủy văn Cát Bà 1.2 Một số đặc điểm sinh học cá trích (Sardinella spp.) 1.2.1 Hệ thống phân loại 1.2.2 Đặc điểm hình thái phân bố 1.2.3 Đặc điểm sinh học, sinh sản, sinh trưởng phát triển cá trích (Sardinella spp.) 10 1.3.Các nghiên cứu di truyền 11 1.4.Nghiên cứu di truyền quần thể Sardinella spp giới 15 CHƯƠNG PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 17 2.1 Địa điểm, thời gian đối tượng nghiên cứu 17 2.2 P hương pháp nghiên cứu… 17 ii 2.3.Phương pháp nghiên cứu di truyền cá trích (Sardinella spp.) 22 2.3.1 Tách chiết DNA, khuếch đại giải trình tự 22 2.3.2 Xử lý số liệu xây dựng phát sinh loài cá trích Sardinella spp 24 2.3.2.1 Phân tích đa dạng loài Sardinella gibbosa 21 2.3.2.2.Phân tích mối quan hệ lồi Sardinella gibbosa tiến hóa 23 CHƯƠNG KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 26 3.1 Đặc điểm hình thái phân loại cá trích S gibbosa 26 3.2 Kết nghiên cứu di truyền 29 3.2.1 Tách chiết DNA 30 3.2.2.Khuếch đại gen giải trình tự DNA 31 3.3Xây dựng đa dạng loài 32 3.3.1 30 3.3.2 Đa dạng di truyền haplotype gen 16S CR mtDNA S.gibbosa 33 3.3.3 Xây dựng đa dạng loài gen 16S CR mtDNA S.gibbosa 34 3.4 Thảo luận 41 CHƯƠNG 4: KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 44 4.1 Kết luận 44 4.2 Kiến nghị 44 TÀI LIỆU THAM KHẢO 45 iii DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT 18S rDNA Tiều phần lớn DNA ribosome A, C, G, T Adenine, Cytocine, Guanine, Thymine bp Base pair – đơn vị tính số nucleotide BI Bayesian Interence BT Giá trị bootstrap CR Control Region DHA Docosa Hexaenoic Acid DNA Acid Deoxyribo Nucleic dNTP Deoxyribonucleic acid Haplotype Kiểu đơn Kb Kilo base – đơn vị tính số nucleotide (1kb = 1000bp) ITS2 rDNA Đoạn chèn số gen DNA ribosome NJ Neighbor joining Marker Chỉ thị ML Maximum likelihood MP Maximum parsimony mtDNA Mitochondrial – Hệ gen ty thể PCR Polymerase Chain Reaction – Phản ứng khuếch đại gen PP Posterior probability (giá trị tin cậy) rDNA Ribosomal DNA – Hệ gen ribosome RNA Acid ribonucleic rRNA ARN ribosome tRNA ARN vận chuyển iv DANH MỤC BẢNG Bảng 2.1 : Trình tự cặp mồi khuếch đại đoạn gen CR 16S 20 Bảng 3.1: Các đặc điểm cá trích Sardinella spp 25 Bảng 3.2: Thơng tin trình tự 16S mtDNA Sardinella gibbosa khu vực thu mẫu sử dụng nghiên cứu 39 Bảng 3.3: Thông tin trình tự CR mtDNA Sardinella gibbosa khu vực thu mẫu sử dụng nghiên cứu…… 37 v DANH MỤC HÌNH Hình 1.1: Các vùng nghiên cứu Hình 1.2: Một số lồi cá trích Sardinella spp Hình 1.3: Các giai đoạn phát triển phôi ấu trùng Sardinella spp10 Hình 1.4: Ấu trùng Sardinella spp giai đoạn 26 mm 11 Hình1.5 : Hệ gen ti thể Hình 2.1: Sơ đồ khối nội dung nghiêncứu………… 17 Hình 2.2: Thơng sơ hình thái Sardinella gibbosa 17 Hình 2.3: Chương trình nhiệt cho phản ứng PCR Sardinella albella 21 Hình 3.1: Đặc điểm cấu tạo hình thái cá trích Sardinella gibbosa 25 Hình 3.2: Sardinella lemuru ……………………………………… …29 Hình 3.3: Sardinella albella .…………………………… .29 Hình 3.4: Sardinella fimbriata 30 Hình 3.5: Sardinella aurita 30 Hình 3.6: Kết điện di DNA tổng số cá trích 31 Hình 3.7: Kết điện di sản phẩm PCR đoạn gen CR mtDNA (A) 16S mtDNA (B) mẫu cá trích ……………………… 32 Hình 3.8: Cây đa dạng lồi dựa gen 16S S gibbosa thu vùng biển nghiên cứu; Sardina pilchardus nhóm ngoại ………… 32 Hình 3.9: Cây đa dạng loài dựa gen CR S gibbosa thu vùng biển nghiên cứu; Etrumeus micropus, Clupea pallasii nhóm ngoại 303 Hình 3.10 : Cây phát sinh loài dựa gen 16S mtDNA Sardinops caeruleus, Sardinops sagax sử dụng làm nhóm ngoại (outgroup) 37 Hình 3.11: Mạng lưới haplotype vùng gen 16S mtDNA … … 41 Hình 3.12: Cây phát sinh loài dựa gen CR mt DNA S gibbosa thu Phú Quốc, Nha Trang, Đà Nẵng Cát Bà Loài Sardinops sagax, Sardinops ocellatus Sardinops neopilchardus nhóm ngoại (outgroup) 36 Hình 3.13: Mạng lưới haplotype vùng gen CR mtDNA 42 vi Hình 3.14: Bản đồ khu vực biển Đông thể địa điểm thu mẫu S gibbosa dịng chảy đại dương 44 Hình 3.15: Dịng chảy theo mùa biển Đơng tính từ bề mặt đến độ sau 300 m 45 42 Qua cho thấy khác biệt trình tự gen CR lớn gen 16S, mức độ đa dạng di truyền sử dụng gen CR lớn gen 16S nghiên cứu hoàn toàn phù hợp với đặc tính gen Theo Woese cs (1977) xác định 16S phân tử thích hợp làm thước đo độ tiến hóa Gen 16S thành phần máy tổng hợp protein có từ lâu đời, có chức khơng thay đổi, phân bố hầu hết hệ thống sống có độ bảo tồn cao cho phép phản ánh liên quan tiến hóa lồi sinh vật [92] Trong đó, gen CR DNA khơng mã hóa, có mức đa hình cao nhất, với đa hình tập trung vùng biến đổi cao [78] Tuy có biến đổi cao RNA từ khu vực có cấu trúc bbawcj hai bảo tồn [63] nên gen CR sử dụng cho việc phản ánh tiến hóa lồi sinh vật Chính mà gen CR có mức độ khác biệt trình tự nucleotide cao vùng so với gen 16S nghiên cứu tại, thể tính đa dạng di truyền cao so với gen 16S Do đó, sử dụng gen CR cung cấp chuẩn đốn xác, hứu hiệu thích hợp việc xây dựng mơ hình tiến hóa cá thể S.gibbosa so với 16S Phú Quốc, Nha Trang, Đà Nẵng Cát Bà có khí hậu nhiệt đới gió mùa đặc trưng (nóng ẩm, mưa nhiều), Nha Trang Đà Nẵng vùng biển kín gió, Phú Quốc chịu ảnh hưởng Vịnh Thái Lan nên khu vực chịu nhiều ảnh hưởng thiên tai Trong nghiên cứu.hiện tại, nhận thấy quần thể S gibbosa Phú Quốc có phân tách định so với quần thể S gibbosa vùng biển Nha Trang, Đà Nẵng Cát Bà Điều cho thấy giao phối ngẫu nhiên cá thể quần thể có vai trị lớn việc hình thành cấu trúc di truyền quần thể Quần thể S gibbosa Phú Quốc có mức độ đa dang cao quần thể nghiên cứu khác, bước đầu cho thấy phân tách mặt di truyên với quần thể khác Bên cạnh đó, dịng hải lưu tác động đến cấu trúc di truyền Phú Quốc, Nha Trang, Đà Nẵng Cát Bà Các dòng chảy đại dương khu vực Nha Trang, Đà Nẵng Cát Bà có liên kết với dịng chảy biển Đơng vùng khu vực quần đảo Indonesia, Malaysia Philippines (Hình 3.14) Nhưng khu vực Phú Quốc gần không chịu ảnh hưởng dòng hải lưu trên, nên đa dạng di truyền quần thể Phú Quốc so với khu vực khác có khác biệt lớn 43 Hình 3.14: Bản đồ khu vực biển Đơng thể địa điểm thu mẫu S gibbosa dịng chảy đại dương (Wyrtki 1961; Gordon Fine 1996; Gordon 2005) Các dấu đỏ tương ứng với khu vực thu mẫu Dấu mũi tên liền thể dòng chảy theo chiều Dấu mũi tên đứt thể dòng chảy theo hai chiều Hơn nữa, Yang cs (2002) nhận định dòng chảy ven biển Việt Nam chiu chi phối chung dịng chảy biển Đơng Vào mùa đơng mùa thu (Hình 3.15c Hình 3.15d), dịng chảy theo hướng từ bắc xuống nam, bị phân làm nhánh đến thềm lục địa Sunda: nhánh theo hướng đông chảy ngược lên đông bắc, dọc thoe bờ biển đảo Borneo; nhánh khác chảy phía nam giao với dịng chẩy biển Java (Indonesia) Vào mùa xuân mùa hè (Hình 3.15b Hình 3.15a) dịng chảy ven biển Việt Nam có hướng ngược lại, chảy từ nam lên bắc cuối hợp với dòng chảy biển Đơng [95] 44 Hình 3.15: Dịng chảy theo mùa biển Đơng tính từ bề mặt đến độ sau 300 m (a) Mùa xuân (b) Mùa hè (c) Mùa thu (d)Mùa đông (Yang cộng sự, 2002) Ngoài ra, Việt Nam nằm vĩ độ thấp nen mùa sinh sản S gibbosa chủ yếu vào tháng đến tháng 10 hàng năm Do đó, với thời gian sống trôi ấu trùng kéo dài dịng chảy tạo nên phá tán ấu trùng với khoảng cách xa Vì vậy, quần thể S.gibbosa Nha Trang, Đà Nẵng Cát Bà phân tách rõ rang, riêng khu vực Phú Quốc tách thành Cấu trúc quần thể chúng có kết nối mặt di truyền 45 CHƯƠNG 4: KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 4.1 Kết luận Từ kết đưa số kết luận sau: Các cá thể S gibbosa thu Phú Quốc, Nha Trang, Đà Nẵng Cát Bà có hình thái khơng khác biệt so với giới Khuếch đại gen 16S gen CR cá thể S gibbosa thu Phú Quốc, Nha Trang, Đà Nẵng Cát Bà vùng biển Việt Nam kĩ thuật PCR Đánh giá khác biệt mặt di truyền loài Sardinella gibbosa thu khu vực nghiên cứu khác biệt loài giới Xây dựng đa dạng loài dựa gen 16S mtDNA CR mtDNA, khảo sát mối quan hệ loài S gibbosa vùng biển Phú Quốc, Nha Trang, Đà Nẵng Cát Bà Cây phát đa dạng loài dựa gen 16S mtDNA CR mtDNA cho thấy cá thể vùng nghiên cứu chia thành nhóm lớn, cá thể Nha Trang, Đà Nẵng Cát Bà khơng có phân tách riêng biệt, có mối quan hệ gần gũi nhau, quần thể loài S gibbosa Phú Quốc tách thành quần thể riêng biệt 4.2 Kiến nghị - Tiếp tục thu mẫu với số lượng nhiều mở rộng địa điểm thu mẫu - Khảo sát chi tiết đặc điểm phân bố đa dạng sinh học - Khảo sát đa dạng di truyền số quần thể Sardinella spp., tìm lồi xây dựng đồ phân bố - Sử dụng thêm thị phân tử khác để xác định đa dạng di truyền loài S gibbosa cấu trúc di truyền quần thể chúng 46 TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu Tiếng Việt Bình, Đ T (2011) Bảo tồn lưu giũ nguồn gen loài ốc cối (Conus spp.) cá ngựa Thân Trắng (hippocampus kelloggi) ven biển Nam Trung Bộ (Khánh Hòa Phú Yên) Báo cáo đề tài khoa học công nghệ cấp bộ, Viên Công Nghệ Sinh Học Môi Trường, trường Đại Học Nha Trang, 165tr Đỗ Công Thung, M S (2004) Bảo tồn đa dạng sinh học dải ven bờ Việt Nam NXB Đại học quốc gia Hà Nội, 36–82 Dục, Đ N T N X (2003) Đặng Ngọc Thanh Nguyễn Xuân Dục Động vật thân mềm, Sinh vật Sinh thái biển, tập IV (I).NXB KH&KT, Hà Nội, 164–178 Sở thuỷ sản tỉnh Kiên Giang (2006) Đề án thiết lập khu bảo tồn biển Phú Quốc, –17 Lê Đức Tố, Lê Đức An, Nguyễn Biểu, Hoàng Trọng Lập, Lê Như Lai, Đặng Ngọc Thanh, Nguyễn Ngọc Thụy, N T T (2003) Biển Đông (phần I: Khái quát biển Đông) NXB Đại học Quốc Gia Hà Nội, 136 – 226 Nghĩa, N V (2005) Nghiên cứu trữ lượng khả khai thác cá nhỏ (chủ yếu cá nục, cá trích, cá bạc má, …) biển Việt Nam, Báo cáo Đề tài khoa học cấp Bộ, Viện Nghiên cứu Hải sản Ngô Đăng Nghĩa, Đ T B (2009) Nghiên cứu biến dộng di truyền quần thể cá ngựa gai (Hippocampus spinosissimus) vùng biển Phú Quốc Tạp chí Khoa học-Cơng nghệ Thủy sản, số đặc biệt 2009, số đặc biệ, 105–112 Nguyễn Hữu Hồ, Bùi Hồng Long, Nguyễn Tấn Hương, Trương Thị Phương Thảo, Nguyễn Văn Thắng, Thiệu Quang Tân, Võ Anh Kiệt, Nguyễn Văn Lý, Nguyễn Đình Thanh, T V L (2003) Báo cáo tổng kết nghiên cứu khoa học đề tài: Đặc điểm khí hậu thủy văn Khánh Hịa 47 Phụng, N H (1995) Điều tra nguồn lợi đặc sản vùng biển ven bờ ven đảo Việt Nam Báo cáo tổng kết đề tài KT.03.08 Viện Hải Dương Học Nha Trang, 34–42 10 M T T N cộng (2007) Đánh giá độ tươi dự đoán thời gian bảo quản cá trích nước đá thang điểm cảm quan Torry phương pháp phân tích mơ tả định lượng, Tạp chí khoa học 11 Thanh, K H (2005) Cơ sở di truyền phân tử kỹ thuật gen NXB Khoa Học Kỹ Thuật, Hà Nội, 179 – 183 12 Thủy, T T (2011) Đề cương chuyên đề “Địa lý phân bố cá”.Trường Đại học Sư Phạm Hà Nội 13 Vũ Trung Tạng, N Đ M (2006) Khai thác sử dụng bền vững đa dạng sinh học thủy sinh vật nguồn lợi thủy sản Việt Nam, NXB Nông Nghiệp, 146tr Tài liệu Tiếng Anh 14 A, M (1994) Shortcomings of the cytochrome b gene a samolecular marker Trends in Ecology and Evolution 9(8), 278–280 15 A, S (2003) Morphometric variation among sardine (Sardina pilchardus) populations from the northeastern Atlantic and the western Mediterranean ICES Journal of Marine Science 60, 1352–1360 16 A, W D (2012) Correcting widespread misidentifications of the highly abundant and commercially important sardine species Sardinella lemuru in the Philippines 17 Arantxa, R.-C (2008) Structural changes in sardine (Sardina pilchardus) muscle during iced storage: Investigation by DRIFT spectroscopy 18 Avise, J C (2009) Phylogeography: retrospect and prospect Journal of Biogeography 36, 3–15 48 19 B.W.Bowen, G W S and (1998) Shallow population histories in deep evolutionary lineages of marine fishes : insights from sardines and anchovies and lesons for conservation 20 Ballard, J.W.O., Whitlock, M I C (2004) The incomplete natural history of mitochondria Molecular Ecology 13, 729–744 21 Bartlett S.E., D W (1991) Identification of Thunnus species by thepolymerase chain reaction and direct sequence analysis of their mitochondrialcytochrome b genes Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 48, 309–317 22 Bensam, & Brown W.M., G M J and W A (1979) Notes on the eggs, larvae and juveniles of the Indian sprat, Sardinella jussieu (Lacepede) Rapid evolution of animal mitochondrial DNA Proc Natl Acad Sci 23 C, M (1994) Applications of mitochondrial DNA analysis in conservation: acritical review Molecular Ecology, 401–411 24 Casey, S (1999) Conservation genetics of seahorse (Hippocampus species) PhD thesis, University of London, Queen Mary and WestfieldCollege,London, U.K 25 Cunningham, C.O., McGillivray, D.M., MacKenzie, K., Melvin, W T (1995) Discrimination between Gyrodactylus salaris, G derjavini and G truttae (Platyhelminthes: Monogenea) using restriction fragment length polymorphisms and an oligonucleotide probe within the small subunit ribosomal RNA gene Parasitology 111 (Part 1), 87–94 26 Cunningham, C.O., Mo, T.A., Collins, C.M., Buchmann, K., Thiery, R., B., & G., Lautraite, A (2001) Redescription of Gyrodactylus teuchis Lautraite, Blanc, Thiery, Daniel & Vigneulle, 1999 (Monogenea: Gyrodactylidae), a speciesidentified by ribosomal RNA sequence Systematic Parasitology 48, 141–150 27 DA, P (1991) Evolutionary genetics of fish Advances in Genetics 29, 120– 228 49 28 Darwin, C (1859) On the Origin of Species (1st ed.) London John Murray, 29 Duellman WE, H D (1987) Marsupial frogs (Anura: Hylidae: Gastrotheca) of the Ecuadorian Andes: Resolution of taxonomic problems and phylogenetic relationships Herpetologica 43, 135–167 30 FAO-FIGIS (2005) A world overview of species of interest to fisheries Chapter: Sardinella gibbosa 31 G.G, A (1989) On the age, growth and mortality of Sardinella gibbosa (Bleeker, 1849) of Karwar waters (west coast of India) 32 Galbusera, P H A., Gillemot, S., P, Jouk, P R Teske, B Hellemans, F A M J V (2007) Isolation of microsatellite markers for the endangeredKnysna seahorse Hippocampus capensis and their use in the detection of agenetic bottleneck Molecular Ecology Notes, 7(4), 638 – 640 33 Ganapati, P.N and Rao, K (n.d.) On the bionomies of Sardinella gibbosa (Bleeker, 1894) off Waltair coast, J zool Sve India, (2), 162–182 34 Grande, C, Templado, J, Zardoya, R (2008) Evolution of gastropod mitochondrial genome arrangements BMC Evolutionary Biology 8, 15 35 Griffiths, William M.; Miller, Jeffrey H.; Suzuki, D T et al (2000) Bacterial conjugation" An Introduction to Genetic Analysis (7th ed.) New York: W.H.Freeman 36 Hall, T A (1999) BioEdit: A user – friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT Nuclelic Acid Symposium Series 41, 95 – 98 37 Hanie, H (2012) Descriptive key to the otoliths of three Sardinella species (Pisces, Clupeidae) from the northern Oman Sea 38 Hassan M, Lemaire C, Fauvelot C, B F (2002) Seventeen new exon-primed intron-crossing polymerase chain reaction amplifiable introns in fish Molecular Ecology 2, 334 –340 39 Hebert, P.D.N., Cywinska, A., Ball, S.L., De Waard, J (2003) Biological identifications through DNA barcodes Proc.R.Soc.B 270, 313–321 50 40 Hebert, P.D.N., Penton, E.H., Burns, J.M., Janzen, D H., Hallwachs, W (2004) Ten species in one: DNA barcoding reveals cryptic species in the neotropicalskipper butterfly Astraptes fulgerator Proc Natl Acad Sci USA 101, 14 812–14 817 41 Hiendleder, S., Thomsen, H., Reinsch, N., Bennewitz, J., Leyhe-Horn, B.,Looft, C., Xu, N., Medjugorac, I., Russ, I., Kühn, C., Brockmann, G.A.,Blümel, J., Brenig, B., Reinhardt, F., Reents, R., Averdunk, G., Schwerin, M.,Förster, M., Kalm, E., and Erhardt, G (2003) Mapping of QTL for body conformation and behaviour in cattle J of Heredity 94, 496–506 42 Huelsenbeck, J., Ronquist, P (2001) MRBAYES: Bayesian inference of phylogenetic trees Bioinformatics 17:754–755 43 IUCN (2004) IUCN Red List of Threatened Species www.iucnredlist.org Viewed February 2006 44 JC, A (1995) Mitochondrial DNA polymorphism and a connection betweengenetics and demography of relevance to conservation Conservation Biology 9(3), 686–690 45 K.V., S (1969) Spawning concentrations of the Sardine, Sardinella gibbosa (Bleeker), off the North Andhra coast in March- April 1969 46 Kochzius M, N A (2008) Strong genetic population structure in the boring giant clam, Tridacna crocea, across the Indo-Malay Archipelago: implications related to evolutionary processes and connectivity Molecular Ecology 17, 3775–3787 47 Kühn, C., Bennewitz, J., Reinsch, N., Xu, N., Thomsen, H., Looft, C., Brockmann, C A., Schwerin, M., Weimann, C., Hiendleder, S., Erhardt, G., Medjugorac, I., Förster, M., Brenig, B., Reinhardt, F., Reents, R., Russ, I., Averdunk, G, Blümel, J., and Kalm, E (2003) Quantitative trait loci mapping of functional traits in the German Holstein cattle population J Dairy Sci 86, 360–368 51 48 Kumar S, Tamura K, N M (2004) Mega3: integrated software for molecular evolutionary genetics analysis and sequence alignment Brief Bioinform 5, 150–163 49 Lourie S A., DM Green, A V (2005) Dispersal, habitat differences, and comparative phylogeography of Southeast Asian seahorses (Syngnathidae:Hippocampus) Mol Ecol., 14, 1073–1094 50 Lourie, S A., Pritchard, J.C., Casey, S.P., Truong, S.K., Hall, H.J & Vincent, A C (1999) The taxonomy of Vietnam’s exploited seahorses (family Syngnathidae) Bio-logical Journal of the Linnean Society 66, 231–256 51 M, H G (1998) Spawning habitat of the Pacific Sardine( Sardinops sagax) in the gulf of California: egg and larval distribution 1956- 1957 and 1971-1991 52 Maolin, W (2008) Genetic diversity in the mtDNA control region and population structure in the Sardinella zunasi Bleeker 53 MarcJearroome, Christophe Lemaire, Josea M.Bautista, Joe L Fleurence, and M E (2003) Molecular phylogeny and species identification of Sardines 54 Mindell DP, S M & D DE (1998) Multiple independent origins of mitochondrialgene order in birds Proc Natl Acad Sci USA 95, 10693–10697 55 Mobley, K.B., Small, C.M., and Jones, A (2011) The genetics and genomics of Syngnathidae: pipefishes, seahorses and seadragons Journal of Fish Biology 56 Nair, R (1959) Notes on the spawning habits and early life-hostory of the oil sardine, Sardinella longiceps Cuv,& Val Indian J.Fish, 6(2), 342–359 57 Nam H.H., P.S Corneli, M Watkins, B O and P B (2009) Multiple genes elucidate the evolution of venomous snail-hunting Conus species Molecular Phylogenetics and Evolution 58 Nei, M (1987) Molecular Evolutionary Genetics ColumbiaUniversity Press, New York 59 O, E (2002) Observation on the spawning of Sardina and Sardinella off the south Moroccan Atlantic coast (21–26◦N) 52 60 Page, R D (1996) TreeView: an application to display phylogenetic trees on personal computers Computer Application Bioscience, 12, 357–358 61 Palumbi, D T F J and S R (1999) Molecular genetics of ecological diversification: Duplication and rapid evolution of toxin genes of the venomous gastropod Conus The Proceedings of the National Acedemy of Sciences USA, 6820–6823 62 Pardo, B G., A López, P Martínez, C B (2007) Novel microsatellite loci in the threatened European long-snouted seahorse (Hippocampus guttulatus) forgenetic diversity and parentage analysis Conservation Genetics 8(5), 1243– 1245 63 Pereira F, Soares P, C J (2008) Evidence for Variable Selective Pressures at a Large Secondary Structure of the Human Mitochondrial DNA Control Region", oxford journal, life sciences, mathermatic & physical sciences molecular biology and evolution 25(12), 2759–2770 64 PJP, W (1985) FAO Species Catalogue Vol Fish Clupeoid of the world (suborder Clupeioidei) An annotated list and illustrations of herring, sardines, pilchards, sprats, shads, anchovies and wolf herring FAO Fish Tech 125, 1– 303 65 Posada, D., Crandall, K (1998) Modeltest: testing the model of DNA substitution Bioinformatics, 14, 817–818 66 Quilang Jonas P., Brian S Santos, Perry S Ong, Zubaida U Basiao, I K C F and E P C (2011) DNA Barcoding of the Philippine Endemic Freshwater Sardine Sardinella tawilis (Clupeiformes: Clupeidae) and Its Marine Relatives,, 248–257 67 R, D P & M (1990) Sequence and gene organisation of the chicken mitochondrialgenome A novel gene order in higher vertebrates J Mol Biol 212, 599–634 68 Rozas, J., Sánchez – Delbarrio, J.C., Meseguer, X., Rozas, R (2003) DnaSP, DNA polymorphism analyses by the coalescent and other methods Bioinformatics 19, 2496–2497 53 69 Russell BC, H W (1989) Offshore fishes of the Arafura Sea, 69–84 70 S, G (2003) Perspective: models of speciation: what have we learned in 40 years Evolution; international journal of organic evolution 57 (10), 197–215 71 S, L (1977) Observations on the food and feeding habits of Sardinella gibbosa from Vizhinjam officical digital repository of CMFRI publications(24), 107– 112 72 Sanders MJ, M G (1989) Review of the fisheries resources of the Red Sea and Gulf of Aden FAO Fish Tech 304, 138 73 Sappasith, K (2006) Proteolytic degradation of sardine (Sardinella gibbosa) proteins by trypsin from skipjack tuna (Katsuwonus pelamis) spleen 74 Sarmafilk Aliye, Fatma Arik Colakoglu, T A (2008) Mitochondrial DNA Sequence and Body Size Variations in Turkish Sardine (Sardina pilchardus) Stocks 75 Schander, C., and E W (2005) What can biological barcoding formarine biology Mar Biol Res 1, 79–83 76 Song, C.B., Near, T.J., Page, L (1998) Phylogenetic relations among Percid fishes as inferred from mitochondrial cytochrome b sequence data Mol Phylogenet.Evol 10, 343–353 77 Spanakis E, Tsimenides N, Z E (1989) Genetic differences between populations of Sardine, Sardina pilchardus, and anchovy, Engraulis encrasicolus, in the Aegean and Ionian seas Fish Biology 35(3), 417–437 78 Stoneking M, Hedgecock D, Higuchi RG, Vigilant L, E H (1991) Population variation of human mtDNA control region sequences detected by enzymatic amplification and sequence-specific oligonucleotide probes Am J Hum Genet 48(2), 370–382 54 79 Sturmbauer C, Verheyen E, M A (1994) Mitochondrial phylogeny of the Lamprologini, the Major substrate spawning lineage of cichlidfishes from Lake Tanganyika in Eastern Africa Molecular Biology and Evolution 11(4), 691– 703 80 Sullivan, J., Abdo, Z., Joyce, P., Swofford, D (2005) Evaluating the performance of a successive-approximations approachto parameter optimization in maximum-likelihood phylogeny estimation Molecular Biology Evolution 22, 386–1392 81 Swofford, D (2001) PAUP: Phylogenetic analysis using parsimony (and other methods) Sinauer Associates, Sunderland MA 82 Swofford, D L., G J Olsen, P J Waddell, and D M H (1996) Phylogenetic inference 407–514 2nd edition Pp in Molecular systematic eds D.M Hillis, C Moritz, B.K Mable Sunderland, MA: Sinauer 83 T, A (2006) Genetic population structure of sardine (Sardina pilchardus) of Morocco detected with intron polymorphism (EPIC-PCR) 84 Tautz, D., P Arctander, A Minelli, R.H Thomas, and A P V (2003) A plea for DNA taxonomy Trends Ecol Evol 18, 71–74 85 Teske, P.R., Hamilton, H., Palsboll, P.J., Choo, C.K., Gabr, H., Lourie, S A., & Santos, M., Sreepada, A., Cherry, M.I & Matthee, C A (2005) Molecularevidence for long distance colonization in an Indo-Pacific seahorse lineage Marine Ecology Progress Series 286, 249–260 86 Thomassen, H.A., Povel, G D (2006) Comparative and phylogenetic analysis of the echo clicks and social vocalizations of swiftlets (Aves: Apodidae) Biological Journal of the Linnean Society, 88, 631–643 87 Tsikliras, A C (2008) Climate-related geographic shift and sudden population increase of a small pelagic fish (Sardinella aurita) in the eastern Mediterranean Sea, 477–481 55 88 W O (1969) An analysis of the features Sardinella gibbosa (Bleeker) scales, with special reference to the problem of age determination Department of Zoology & Marine Biology, University College, Dares Salaam 89 Walsh, P.S., D.A Metzger, and R H (1991) Chelex 100 as a medium for a simple extraction of DNA for PCR-based typing from forensic material BioTechniques 10, 506–513 90 Weiss T., 2004 Seahorse food and feeding: A brief overview of what and how to feed your seahorse 91 Wilson, A B., Vincent, A., Ahnesjă O, I & Meyer, A (2001) Male pregnancy in seahorses and pipefishes (family Syngnathidae): rapid diversification of paternalbrood pouch morphology inferred from a molecular phylogeny Journal ofHeredity 92, 159–166 92 Woese R, G E (1977) Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: The primary kingdoms Proc Natl Acad Sci U S A 74(11), 5088–5090 93 Wolf, YI.; Rogozin, IB.; Grishin, NV.; Koonin, E (2002) Genome trees and the tree of life Trends in genetics 18 (9), 472–479 94 Wu, X.Y., Chilton, N.B., Zhu, X.Q., Xie, M.Q., Li, A X (2005) Molecular and morphological evidence indicates that Pseudorhabosynochus lantauensis (Monogenea: Diplectanidae) represents two species Parasitology 130, 669– 677 95 Yang H, Liu Q, Liu Z, Wang D, L X (2002) A general circulation model study of the dynamics of the upper ocean circulation of the South China Sea JOURNAL OF GEOPHYSICAL RESEARCH 107(C7), 3085 96 Zhang Z., Schwartz S., Wagner L., & M W (2000) A greedy algorithm for aligning DNA sequences J Comput Biol 2000; 7(1-2), 203–214 Các địa trang web tham khảo 97 http://www.preservearticles.com 98 http://en.wikipedia.org/wiki/Sardinella 56 99 http://www.fishbase.org 100 http://www.fao.org/docrep/003/P0152E/p0152e05.htm#TopOfPage 101 http://www.genecodes.com, Sequencher® version 5.1 sequence analysis software, Gene Codes Corporation, Ann Arbor, MI USA 102 Vị trí địa lý Đà Nẵng (theo http://vi.wikipedia.org/) 103 Cát Bà theo (http://dulichcatba.com/camnang/tong-quan/vi-tri-dia-ly/) ... VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NHA TRANG - NGUYỄN THỊ BẢO CHÂU NGHIÊN CỨU CẤU TRÚC QUẦN THỂ LOÀI CÁ TRÍCH (Sardinella gibbosa, Bleeker 1894) Ở CÁC VÙNG BIỂN PHÚ QUỐC, NHA TRANG, ĐÀ NẴNG, CÁT BÀ... 1A bao gồm cá thể Nha Trang, Đà Nẵng Cát Bà, nhóm 1B bao gồm cá thể Cát Bà Nhóm bao gồm cá thể Phú Quốc Cây đa dạng loài cho thấy quần thể S gibbosa khu vực Nha Trang, Đà Nẵng Cát Bà có mối quan... gồm cá thể Sardinella gibbosa Nha Trang, Đà Nẵng Cát Bà Nhóm chia làm nhóm nhỏ, nhóm 1A bao gồm cá thể Nha Trang, Đà Nẵng Cát Bà, nhóm 1B bao gồm cá thể Nha Trang Đà Nẵng Nhóm bao gồm cá thể Phú