Tìm hiểu SNOMED-CT ứng dụng Cấu trúc Răng BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA HÀ NỘI - Lƣu Thị Thanh Thúy Trang phu ̣ bià TÌM HIỂU VỀ BÁCH KHOA THUẬT NGỮ Y TẾ SNOMED-CT VÀ ỨNG DỤNG TRONG LĨNH VỰC CẤU TRÚC RĂNG Chuyên ngành : Công nghê ̣ thông tin LUẬN VĂN THẠC SĨ KỸ THUẬT CÔNG NGHỆ THÔNG TIN NGƢỜI HƢỚNG DẪN KHOA HỌC : TS Cao Tuấ n Dũng Hà Nội – Năm 2012 i Tìm hiểu SNOMED-CT ứng dụng Cấu trúc Răng LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan: Luận văn tha ̣c si ̃ Cơng nghê ̣ thơng tin “ Tìm hiểu Bách khoa thuật ngữ y tế SNOMED-CT ứng dụng lĩnh vực Cấu trúc Răng” này cơng trình nghiên c ứu thực cá nhân, đƣợc thực sở nghiên cứu lý thuyết và dƣ ới hƣớng dẫn khoa học Tiến sĩ Cao Tuấ n Dũng Tôi xin chiụ trách nhiê ̣m về lời cam đoan này Hà Nội, ngày 12 tháng năm 2012 Tác giả Lƣu Thị Thanh Thúy ii Tìm hiểu SNOMED-CT ứng dụng Cấu trúc Răng LỜI CẢM ƠN Đầu tiên cho em gửi lời cảm ơn sâu sắc đến TS Cao Tuấn Dũng tận tình bảo cho em suốt thời gian thực khóa luận Trong q trình nghiên cứu em gặp phải nhiều khó khăn nhƣng nhờ hƣớng dẫn tận tình động viên khích lệ thầy, em dần vƣợt qua hoàn thành đƣợc khóa luận Em xin trân trọng cảm ơn quý thầy cô chuyên gia lĩnh vực Răng Hàm Mặt Trƣờng Cao đẳng Y tế Khánh Hòa, anh chị thuộc khoa Răng Hàm Mặt – Bệnh viện đa khoa tỉnh Khánh Hịa góp ý tƣ vấn cho luận văn em thêm chuẩn xác lĩnh vực y học, cho em lời khuyên quý báu, bổ ích q trình thực luận văn Em xin bày tỏ lịng biết ơn đến thầy trƣờng Đại Học Bách khoa Hà Nội Đại học Nha Trang giảng dạy cho em kiến thức quý báu, làm tảng để hoàn thành khóa luận cũng nhƣ thành cơng nghiên cứu, làm việc tƣơng lai Và em xin cũng gởi lời cảm ơn tới cán - viên chức Trƣờng Cao đẳng Y tế Khánh Hòa tạo điều kiện thuận lợi để em hồn thành khóa luận Cuối cùng, cho gửi lời cảm ơn sâu sắc tới gia đình, bố, mẹ, chị em cho nhiều tình thƣơng cũng nhƣ động viên kịp thời để vƣợt qua khó khăn sống hồn thành đƣợc khóa luận ****** iii Tìm hiểu SNOMED-CT ứng dụng Cấu trúc Răng DANH MỤC CÁC THUẬT NGƢ̃ , TƢ̀ VIẾT TẮT STT 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 Thuâ ̣t ngƣ̃ SNOMED-CT HL7 LOINC CDA ICD RDF RDFS OWL EHR FSN PT CTV3 AI IPTV Semantic Web Concept Description Relationship Individuals Classes Properties Annotation Diễn giải Systematized Nomenclature of Medicine - Clinical Terms Health Level Seven International Logical Observation Identifiers Names and Codes Child Development Associate The International Classification of Diseases The Resource Description Framework (RDF RDF Schema The Web Ontology Language Electronic Health Record Fully Specified Name Preferred Term Clinical Terms Version Artificial intelligence Internet Protocol television Web ngữ nghĩa Khái niệm Mô tả khái niệm Mối quan hệ các khái niệm Các thể hiê ̣n Các lớp khái niệm Thuô ̣c tin ́ h Chú thích iv Tìm hiểu SNOMED-CT ứng dụng Cấu trúc Răng DANH MỤC CÁC HÌNH Hình 1.1 – Tình hình sử dụng SNOME-CT giai đoạn 2002-2008 12 Hình 1.2 – Phân nhóm cấp SNOMED-CT 14 Hình 1.3 – Mối quan hệ IS_A 18 Hình 1.4 – Mơ tả phần Ontology SNOMED-CT 20 Hình 1.5 – Cấu trúc SNOMED-CT 26 Hình 1.6 – Mơ tả sử dụng khóa Concept, Description, Relationship 27 Hình 3.1 – Giao diện VTST (Mỹ) 41 Hình 3.2 – Giao diện Dataline (Anh) 42 Hình 3.3 – Giao diện NPEx (Anh) 43 Hình 3.4 – SnomedCT OWL Tây Ban Nha 44 Hình 3.5 - Anatomical SnomedCT OWL 45 Hình 3.6 - Minh họa đánh dấ u xá c đinh ̣ các thuâ ̣t ngƣ̃ lĩnh vực mặt 48 Hình 3.7 – Ví dụ xác định Subject – Predicate – Object 51 Hình 3.8 – Ontology theo cách thƣ́ nhấ t : đƣa thông tin vào annotation 52 Hình 3.9 – Ontology theo cách thƣ́ hai: đƣa thông tin thông qua Instance 56 Hình 3.10 – Ontology Cấu trúc Răng đƣơ ̣c biể u diễn Protégé (theo class) 60 Hình 3.11–Ontology Cấu trúc Răng đƣơ ̣c biể u diễn Protégé (theo Individiual) 61 Hình 3.6 – Mơ hình Ontology Cấu trúc Răng đƣơ ̣c biể u diễn Protégé (cấp 1) 61 Hình 3.13 – Mơ hình Ontology Cấu trúc Răng đƣơ ̣c biể u diễn Protégé (cấp 2) 62 Hình 3.14 – Màn hình chính 63 Hình 3.15 – Màn hình chức 1.1 64 Hình 3.16 – Màn hình chức 1.2 64 Hình 3.17 – Màn hình chức 1.3 65 Hình 3.18 – Màn hình chức 1.4 66 Hình 3.19 – Màn hình chức 2.1 67 Hình 3.20 – Màn hình chức 2.2 67 v Tìm hiểu SNOMED-CT ứng dụng Cấu trúc Răng PHẦN MỞ ĐẦU Tìm hiểu SNOMED-CT ứng dụng Cấu trúc Răng Lý chọn đề tài Trong ngành y tế Việt Nam, nhu cầu trao đổi tìm kiếm thơng tin cịn gặp khó khăn, việc chia sẻ trao đổi thông tin gặp nhiều vƣớng mắc ngành y tế chƣa có chuẩn danh mục dùng chung cho y tế Hiện giới có số chuẩn giúp trao đổi, lƣu trữ thông tin, truyền thông y tế nhƣ HL7 (tạo môi trƣờng thuận lợi cho việc trao đổi liệu lâm sàng hành hệ thống thơng tin y tế), chuẩn SNOMED CT (là chuẩn danh mục thuật ngữ y tế), chuẩn LOINC (là chuẩn danh mục liên quan đến xét nghiệm), chuẩn CDA (là chuẩn tài liệu lâm sàng), chuẩn danh mục bệnh ICD, dƣợc ATC Mặc dù có nhiều chuẩn y tế dùng giới, nhiên Việt Nam, chuẩn thấy áp dụng các sở y tế, đặc biệt chuẩn SNOMED-CT, theo tìm hiểu cá nhân em chuẩn đƣợc sử dụng Việt Nam Mặc dù có khá nhiều nghiên cứu nƣớc SNOMED-CT, nhiên nghiên cứu chƣa sâu vào chuyên môn ngành y Đối với việc tra cứu thông tin y tế Việt Nam, có nhiều cơng cụ nƣớc dùng để tìm kiếm, tra cứu Tuy nhiên, với cách xây dƣ̣ng các công cu ̣ tim ̀ kiế m theo tƣ̀ khóa hiê ̣n khơng đáp ứng đƣợc nhu cầu cung cấp thông tin ngày cao cho ngƣời dùng Do cầ n có mơ ̣t phƣơng pháp tiế p câ ̣n tố t để có thể giúp ngƣời quan tâm đế n lĩnh vực y học dễ dàng tìm kiếm thơng tin Viê ̣c ƣ́ng du ̣ng Web ngƣ̃ nghiã tra cứu xu hƣớng phổ biến giới có khả giải tốt vấn đề phức tạp xử lý thông tin Vì vậy, với tiện ích SNOMED-CT web ngữ nghĩa, luận văn tập trung nghiên cứu nội dung SNOMED-CT, qua áp dụng vào lĩnh vực chun sâu theo cơng nghệ web ngữ nghĩa Em tập trung vào lĩnh vực Cấu trúc Răng SNOMED-CT đơn vị cơng tác Trƣờng Cao đẳng Y tế Khánh Hịa nên em có nhiều thuận lợi tiếp cận với kiến thức y tế mà cụ thể lĩnh vực Răng – Hàm – Mặt Tìm hiểu SNOMED-CT ứng dụng Cấu trúc Răng Mục đích, đố i tƣơ ̣ng, phạm vi nghiên cứu - Khảo sát, tìm hiểu Snomed-CT - Khảo sát, tìm hiểu, đánh giá web ngƣ̃ nghiã - Khảo sát, tìm hiểu, thu thập tài liệu liên quan đến lĩnh vực Răng miệng có Việt Nam - Tìm hiểu cơng cụ soạn thảo ontology b ằng Protégé; Các ngôn ngữ biểu diễn ontology nhƣ RDF/RDFS, OWL; Ngôn ngƣ̃ truy vấ n SPARQL ; Bô ̣ thƣ viê ̣n hỗ trơ ̣ quản lý ontology với ngôn ngƣ̃ java- Jena - Xây dựng ontology tiế ng Viê ̣t “Cấu trúc Răng” dựa Snome-CT tài liệu Răng hàm mặt thu thập đƣợc, từ sƣ̉ du ̣ng đƣơ ̣c ontology này để cài đă ̣t ƣ́ng du ̣ng tìm kiếm các thu ật ngữ lĩnh vực Răng theo chuẩn SnomedCT Cấ u trúc luâ ̣n văn Phầ n nô ̣i dung chiń h của luâ ̣n văn đƣơ ̣c chia thành chƣơng, đó: Chương - Tổ ng quan về Snomed-CT Trình bày sơ lƣợc Snomed-CT, mục đích lợi ích sử dụng Snomed-CT; Các phân cấp cấu trúc Snomed-CT Chương – Một số đánh giá tron g viê ̣c ứng dụng Web ngữ nghiã và áp dụng SNOMED-CT Trình bày tổng quan Web ngƣ̃ nghiã , cần thiết các ứng dụng Web ngƣ̃ nghiã ; Các nghiên cứu biểu diễn Snomed-CT sƣ̉ du ̣ng web ngƣ̃ nghiã Chương – Áp dụng Web ngữ nghi ̃ a việc tìm kiếm thuật ngữ theo chuẩn Snomed-CT Trình bày trạng ontology Snomed-CT nay; hiểu biết thuật ngữ Răng thông qua các tài liệu lĩnh vực Răng nghiên cứu đƣợc Qua có nhâ ̣n xét cách định nghĩa thuật ngữ Răng Việt Nam so với chuẩn quốc tế Cuối chƣơng cách thức xây dựng ontology “Cấu trúc Răng” bằ ng tiế ng Viê ̣t dựa vào Snomed-CT và tạo phầ n mề m demo tra cƣ́u ontology này Tìm hiểu SNOMED-CT ứng dụng Cấu trúc Răng PHẦN NỘI DUNG Tìm hiểu SNOMED-CT ứng dụng Cấu trúc Răng CHƢƠNG – TỔNG QUAN VỀ SNOMED-CT Mở đầu : Chương trình bày số nội dung tìm hiểu chung SNOMED-CT, thành phần phân cấp SNOMED-CT Cuối chương trình bày cấu trúc SNOMED-CT 1.1 SNOMED-CT gì? 1.1.1 Khái niệm - SNOMED CT (viết tắt Systematized Nomenclature of Medicine Clinical Terms - Hệ thống Danh mục Thuật ngữ Y học lâm sàng) sƣu tập thuật ngữ lĩnh vực y học đƣợc tổ chức, xử lý máy tính cách có hệ thống mà hầu hết thuật ngữ lâm sàng bệnh tật, triệu chứng, tiến trình điều trị, phƣơng pháp điều trị, thiết bị y tế loại thuốc [7] Các bác sĩ các nhà cung cấp dịch vụ chăm sóc sức khỏe sử dụng SNOMED CT nhằm giúp cho việc trao đổi thông tin y tế lâm sàng điện tử Cụ thể : + Giữa nhà cung cấp dịch vụ chăm sóc sức khỏe, nhà nghiên cứu ngƣời nghiên cứu khả tƣơng tác ngữ nghĩa ln có nhu cầu trao đổi thông tin lâm sàng liên tục; đồng thời thơng tin y tế đƣợc ghi nhận khác từ nơi đến nơi khác (trên giấy điện tử), nên có hệ thống thuật ngữ y tế toàn diện, thống cần thiết + Bác sĩ lâm sàng các tổ chức sử dụng thuật ngữ lâm sàng khác có cách định nghĩa nhƣ Ví dụ, ca bệnh đau tim, nhồi máu tim, MI liên quan đến bác sĩ chuyên khoa tim, nhƣng với máy tính, tất chúng khác + Các hình ảnh, video các ca lâm sàng đƣợc tổ chức theo thuật ngữ SNOMED CT công cụ hỗ trợ thực mạnh mẽ cho hợp tác lâm sàng, cho phép ngƣời dùng tìm kiếm ca bệnh cách nhanh chóng cách gõ thuật ngữ liên quan đến ca bệnh - SNOMED CT dựa tƣơng tác thuật ngữ (mơ hình ý nghĩa) mơ hình thơng tin hệ thống ứng dụng (các mơ hình sử Tìm hiểu SNOMED-CT ứng dụng Cấu trúc Răng Hình 3.11–Ontology Cấu trúc Răng đƣơ ̣c biể u diễn Protégé (theo Individiual) Hình 3.12 – Mơ hình Ontology Cấu trúc Răng đƣơ ̣c biể u diễn Protégé (cấp 1) 61 Tìm hiểu SNOMED-CT ứng dụng Cấu trúc Răng Hình 3.13 – Mơ hình Ontology Cấu trúc Răng đƣơ ̣c biể u diễn Protégé (cấp 2) 3.5 Truy vấn liệu từ Ontology Cấu trúc Răng cho viêc̣ tra cƣ́u thông tin Để thực truy vấn liệu, em sử dụng SPARQL để thực tìm kiếm thuật ngữ thơng qua các class có ontology Ví dụ đoạn code sau dùng để lấ y nội dung class , ta truy vấn nhƣ sau: String prolog = "PREFIX rdf: PREFIX owl: PREFIX xsd: PREFIX rdfs: " ; String queryString = prolog + "PREFIX onto: SELECT ?dl ?content WHERE { ?dl rdf:type onto:"+ lop +" ?dl onto:"+data_pp+" ?content }"; 3.6 Thiế t kế phầ n mề m mô phỏng ƣ́ng du ̣ng tim ̀ kiế m thuâ ̣t ngƣ̃ Cấu trúc Răng Trong điề u kiê ̣n về thời gian cũng nhƣ lƣ̣c của em có ̣n , em đã ta ̣o đƣơ ̣c mô ̣t phầ n mề m nhỏ , mô phỏng ƣ́ng du ̣ng tim ̀ kiế m các thuật ngữ lĩnh vực Răng theo chuẩn SNOMED-CT sử dụng Web ngƣ̃ nghiã 62 Tìm hiểu SNOMED-CT ứng dụng Cấu trúc Răng Phầ n mề m đƣơ ̣c viế t bằ ng ngơn ngƣ̃ Java , có sử dụng công cụ Protégé Jena quá trình viế t Dƣới giao diê ̣n cũng nhƣ mô ̣t số chƣ́c của chƣơng trình 3.6.1 Màn hình giao diện chính , cho phép ngƣời sƣ̉ du ̣ng lƣ̣a cho ̣n các phƣơng thƣ́c tim ̀ kiế m Hình 3.14 – Màn hình chính Trên màn hình chính, ngƣời sƣ̉ du ̣ng có hai sƣ̣ cho ̣n lƣ̣a tìm kiế m : - Chức : Tìm kiếm thơng tin các thuộc tính dựa vào liệu input - Chức 2: Tìm kiếm các lớp class đƣợc chọn 3.6.2 Màn hình thực chức tìm kiếm thuật ngữ và thuộc tính nó dựa vào liệu input 63 Tìm hiểu SNOMED-CT ứng dụng Cấu trúc Răng Hình 3.15 – Màn hình chức 1.1 Tại hình này, ngƣời dùng nhập vào nội dung khái niệm liên quan đến Cấu trúc Răng, kết cho ta toàn các thuật ngữ liên quan đến từ khóa nhập vào Ví dụ sau ta nhập nội dung tìm “Cấu trúc răng” Hình 3.16 – Màn hình chức 1.2 Và kết theo hình ảnh dƣới 64 Tìm hiểu SNOMED-CT ứng dụng Cấu trúc Răng Hình 3.17 – Màn hình chức 1.3 Để xem nội dung class, ta lựa chọn chức tìm kiếm sau : - Tìm kiếm theo tên đầy đủ: hiển thị đầy đủ tên class - Tìm kiếm theo tên tiếng anh : hiển thị tên tiếng anh class - Tìm kiếm theo tình trạng hành : hiển thị class hiệu lực (1) hay hết hiệu lực (0) - Tìm kiếm đầy đủ : Hiển thị đầy đủ tất thuộc tính class Ví dụ sau thực tìm kiếm hiể n thi ̣ đầy đủ các thuộc tính class “Cấu trúc cố i” 65 Tìm hiểu SNOMED-CT ứng dụng Cấu trúc Răng Hình 3.18 – Màn hình chức 1.4 3.6.3 Màn hình thực chức tìm kiếm Instance của lớp cho ̣n Ví dụ sau thực tìm cho kết tấ t cả instance của lớp “Cấu trúc cƣ̉a bên” 66 Tìm hiểu SNOMED-CT ứng dụng Cấu trúc Răng Hình 3.19 – Màn hình chức 2.1 Và hiể n thi ̣nơ ̣i dung của Instance “Cau_truc_rang_cua_ben_Ins” nhƣ sau: Hình 3.20 – Màn hình chức 2.2 Tở ng kế t chƣơng : Trong chƣơng này, em đã trin ̀ h bày các hiểu biết ontology SNOMED-CT, thuật ngữ lĩnh vực Răng theo SNOMED-CT Việt Nam Từ xây dựng ontology có phƣơng pháp để thƣ̣c hiê ̣n tƣ̀ thao tác đầ u tiên là đo ̣c ghi nhận các thuật ngữ , đến tạo ontology tiế ng Viê ̣t về Cấu trúc Răng khởi tạo mô ̣t phầ n mề m mang tiń h chấ t demo để tim ̀ kiế m thông tin về thuật ngữ lĩnh vực miệng 67 Tìm hiểu SNOMED-CT ứng dụng Cấu trúc Răng PHẦN KẾT LUẬN 68 Tìm hiểu SNOMED-CT ứng dụng Cấu trúc Răng Kế t quả đa ̣t đƣơ ̣c Sau hoàn thành luâ ̣n văn này , em đã thu đƣơ ̣c mô ̣t số kế t quả nhƣ sau: 1.1 Về mă ̣t lý thuyế t - Nắ m bắ t đƣơ ̣c công nghê ̣ Web ngƣ̃ nghiã , vai trò của nó các liñ h vƣ̣c thƣ̣c tế và cách ta ̣o mô ̣t ƣ́ng du ̣ng Web ngƣ̃ nghiã - Hiểu đƣợc các lợi ích hữu dụng cũng nhƣ cấu trúc SNOMED-CT - Nắ m bắ t đƣơ ̣c cách sƣ̉ du ̣ng bô ̣ công cu ̣ Protégé - Ban đầ u nắ m đƣơ ̣c cách xây dƣ̣ng mô ̣t ontology dùng để biể u diễn thông tin có ngƣ̃ nghiã mô ̣t liñ h vƣ̣c cu ̣ thể - Hiể u đƣơ ̣c viê ̣c áp du ̣ng Ontology và dƣ̃ liê ̣u ngƣ̃ nghiã vào viê ̣c xây dƣ̣ng công cu ̣ tim ̀ kiế m 1.2 Về mă ̣t chƣơng trin ̀ h - Bƣớc đầ u xây dƣ̣ng đƣơ ̣c Ontology Cấu trúc Răng dựa chuẩn SNOMED-CT - Xây dƣ̣ng đƣơ ̣c mô ̣t chƣơng trình mô phỏng công cu ̣ tìm kiế m thông tin về Cấu trúc Răng theo các chƣ́c khác Đánh giá kế t quả 2.1 Về mă ̣t lý thuyế t Với bản thân em , Web ngƣ̃ nghiã là mô ̣t công nghê ̣ rấ t mới và liên quan đến nhiều vấn đề kỹ thuật phức tạp Viê ̣c xây dƣ̣ng công cu ̣ tìm kiế m là không mới, nhƣng hƣớng tiế p câ ̣n ngƣ̃ nghiã hiê ̣n ta ̣i chƣa có nhiề u công trin ̀ h nghiên cƣ́u Qua thời gian làm luâ ̣n văn , em đã nâng cao k nghiên cứu , khả đo ̣c và tham khảo tài liê ̣u Tuy nhiên, nhƣ̃ng khó khăn bản thân cũng nhƣ khả kỹ thuâ ̣t của em có ̣n , nên chƣa thể có nhƣ̃ng nghiên cƣ́u thâ ̣t sâu về công nghê ̣ Web ngƣ̃ nghiã , cũng nhƣ chƣa có đóng góp mới về mă ̣t lý thuyế t 2.2 Về mă ̣t chƣơng trin ̀ h Em đã xây dƣ̣ng đƣơ ̣c mô ̣t chƣơng trin ̀ h demo tim ̀ kiế m thông tin về Cấu trúc theo chuẩn SNOMED-CT Viê ̣c phát triể n đƣơ ̣c ƣ́ng du ̣ng này , giúp ngƣời làm công tác y tế, đă ̣c biê ̣t là nhƣ̃ng các bác sĩ hàm mặt, cử nhân 69 Tìm hiểu SNOMED-CT ứng dụng Cấu trúc Răng nha khoa, cử nhân phục hình … tiế p câ ̣n nhanh chóng các thuật ngữ theo tiêu chuẩn quốc tế Đánh giá ƣu điểm, nhƣợc điểm Tuy cố gắng để hoàn thiện tốt cho ứng dụng, nhƣng điề u kiê ̣n thời gian có ̣n , nên ứng dụng vài điểm hạn chế Sau em xin tự nêu mô ̣t số ƣu điể m và nhƣơ ̣c điể m của ƣ́ng du ̣ng nhƣ sau : - Về ƣu điể m: Ứng dụng sử dụng mơ hình liệu có ngữ nghĩa đƣợc khởi tạo dựa theo chuẩn SNOMED-CT, nên viê ̣c tìm kiế m sẽ chính xác mà đảm bảo tính quốc tế Với mô hin ̀ h lƣu trƣ̃ dƣ̃ liê ̣u thƣ́ nhấ t , sƣ̉ du ̣ng annotation để lƣu trữ, thích hợp với việc tìm kiếm thơng tin mang tính chất khái niê ̣m, đinh ̣ nghiã Cịn việc tìm kiếm mang tính phức tạp , mô hin ̀ h lƣu trƣ̃ dƣ̃ liê ̣u thƣ́ hai, sƣ̉ du ̣ng instance đƣơ ̣c biể u diễn bởi chƣ́c sau là hơ ̣p lý - Về nhƣơ ̣c điể m : ứng dụng chƣa sƣ̉ du ̣ng bấ t kỳ công cu ̣ xƣ̉ lý ngôn ngƣ̃ tƣ̣ nhiên nào để p hân tić h , tấ t cả thuâ ̣t ngƣ̃ dùng để xây dựng thành ontology đƣơ ̣c liê ̣t kê thủ cơng có tham khảo cách lƣu trữ ontology các tổ chức giới Chƣơng triǹ h còn it́ tiń h cho ngƣời dùng Ontology Cấ u trúc mớ i thực đƣợc với số thuộc tính mà chƣa khai thác hết các thuộc tính, thành phần SNOMED-CT So sánh các giải pháp hiêṇ ta ̣i So với cách tìm kiếm thuật ngữ y tế Việt Nam, đa phần việc tìm kiếm thuật ngữ thực chất việc “tra từ điển” không mang tính chất cung cấp ngữ nghĩa cho thuật ngữ Ví dụ nhƣ cách tìm kiếm thuật ngữ Medisoft mang tính chất dịch từ Anh sang Việt 70 Tìm hiểu SNOMED-CT ứng dụng Cấu trúc Răng Cũng có vài ứng dụng thể ngữ nghĩa thuật ngữ, nhiên số lƣợng đƣợc cung cấp cho ngữ nghĩa quá ít Đơn cử website Y khoa Net, ta tìm các từ nhƣ “molar”, “canine” khơng có kết đƣợc trả Nếu tìm từ “răng sữa” kết tìm kiếm lại chung chung, khơng thể trực tiếp kết sữa 71 Tìm hiểu SNOMED-CT ứng dụng Cấu trúc Răng So với các giải pháp đã nêu thì phầ n mề m tra cƣ́u ontology Cấ u trúc cung cấ p cho ngƣời dùng thông tin chính xác về các thuâ ̣t ngƣ̃ mă ̣t Các thông tin đƣợc tra cứu vừa đảm bảo tính nhấ t quán theo tiêu chuẩ n quố c tế , vƣ̀a đảm bảo tiń h chấ t ngƣ̃ nghiã cho thuâ ̣t ngƣ̃ nhƣ thể hiê ̣n đinh ̣ nghiã cho thuâ ̣t ngƣ̃, các đặc điểm thuật ngữ, … Với ƣ́ng du ̣ng của em , viê ̣c tim ̀ theo nô ̣i dung cầ n tim ̀ giúp ngƣời sƣ̉ dụng có thơng tin đầ y đủ về thuâ ̣t ngƣ̃ cầ n tim ̀ Cụ thể là, phầ n mề m thể hiê ̣n thông tin cụ thể thuật ngữ Ví dụ, cầ n xem thông tin của lớp “cấ u trúc cố i” ta sẽ nhâ ̣n đƣơ ̣c kế t quả rấ t đầ y đủ về lớp nhƣ : Có mã , tên thƣờng dùng, tên đồ ng nghiã , đinh ̣ nghiã cố i và đă ̣c điể m của nhóm cố i… Hơn nƣ̃a , để hiển thị xem cố i có các loại , ta có thể xem thông qua instance của class Ví dụ nhƣ “Cấu trúc nan h” có loại dạng biến thể khác nhau.Về điề u này thì các công cu ̣ kể không thể thƣ̣c hiê ̣n đƣơ ̣c Hƣớng phát triể n Tuy ứng dụng mang tính demo, chƣơng trình dừng lại ít chƣ́c và giao diê ̣n chƣa đ ẹp mắt, nhƣng em tin tƣởng rằ ng kế t quả của luâ ̣n văn này là tiề n đề để em có thể phát triể n phầ n mề m công cu ̣ tìm kiế m thông tin thuật ngữ y tế nhiều lĩnh vực (nhƣ Nội, Ngoại, Sản, Nhi…) cũng nhƣ phát triển thêm nhiều chức để chƣơng trình thâ ̣t sƣ̣ ƣ́ng du ̣ng vào thƣ̣c tế ngành y 72 Tìm hiểu SNOMED-CT ứng dụng Cấu trúc Răng TÀI LIỆU THAM KHẢO Tiế ng Anh [1] Berner-Lee, Tim (1998), Semantic web Road map, URI: http://www.w3.org/DesignIssues/Semantic.html, [2] Bijan Parsia, Semantic Web Technologies In Practice, URI: http://clarkparsia.com/talks/semweb-tech-in-practice/ [3] Chris Wroe, Is Semantic Web technology ready for Healthcare?, BT Global Services, London [4] Jérôme Euzenat (2003), OntoWeb workshop:1st International Semantic Web Conference (ISWC), Free University of Amsterdam [5] M.C.Dacota, Leo J Obrst, Kevin T Smith (2003), The Semantic Web, Wiley Publisher, ch 1,2, [6] S.F Liang, R Stevens, A.Rector(2011), OntoVerbal-M: a Multilingual Verbaliser for SNOMED CT, School of Computer Science, The University of Manchester [7] Ruch,Patrick; Gobeill, Julien; Lovis, Christian; Geissbühler, Antoine (2008),Automatic medical encoding with SNOMED categories, BMC Medical Informatics&Decision, http://en.wikipedia.org/wiki/SNOMED_CT#cite_note-0 [8] The International Health Terminology Standards Development Organisation (2009),SNOMED CT® Technical Implementation Guide, URI: http://www.ihtsdo.org/fileadmin/user_upload/doc/ [9] The International Health Terminology Standards Development Organisation (2009), SNOMED CT® User Guide, URI: http://www.ihtsdo.org/fileadmin/user_upload/Docs_01/ [10] Y.Tseng, S.Y Lee, X Ping, H.Chang and F.Lai(2012), Describing electronic medical record by semantic web technology, Taiwan [11] http://snomed.dataline.co.uk/snomed.htm [12] http://www.ihtsdo.org/snomed-ct/snomed-ct0/ 73 Tìm hiểu SNOMED-CT ứng dụng Cấu trúc Răng [13] http://www.readwriteweb.com/ [14] http://vtsl.vetmed.vt.edu/ [15] http://www.snomedbrowser.com/ [16] http://www.cap.org/apps/cap.portal [17] http://www.ihtsdo.org/snomed-ct/whysnomedct/benefits/ [18] http://www.w3.org [19] http://www.w3.org/2000/Talks/1206-xml2k-tbl/Overview.htm [20] http://en.wikipedia.org/wiki/Rich_Internet_Application [21] http://en.wikipedia.org/wiki/Amazon_Mechanical_Turk [22] M.Kanhov, X Feng, H Dalianis (2012), Natural Language Generation from SNOMED Specifications,Department of Computer and Systems Sciences (DSV), Stockholm University, Sweden Tiế ng Viêṭ [1] Cao Tuấ n Dũng (2011), Bài III-Ngôn ngƣ̃ biể u diễn Ontology [2] Hoàng Tử Hùng (2008),Giải Phẫu Răng, Nhà xuất y học TPHCM [3] Hoàng Tử Hùng (2001),Mô phôi miệng, Nhà xuất y học TP HCM [4] Nguyễn Thế Dũng (2006), Bài giảng Giải phẫu răng, Trƣờng Cao đẳng Y Khánh Hòa [5] Nguyễn Toại, Lê Hồng Liên, Nguyễn Thúc Quỳnh Hoa, Trần Thanh Phƣớc, Vũ Thị Bắc Hải (2008), Giáo trình Răng Hàm Mặt, Trƣờng ĐH Y Dƣợc Huế [6] Lê Văn Truyền (2004), SnakeDict 1.0 [7] Vũ Bội Hằng (2005), Luâ ̣n văn cao ho ̣c, Trƣờng đa ̣i ho ̣c công nghê ̣, pp 11-12 [8] http://medisoft.com.vn/medic.asp [9] http://ykhoa.net 74 Tìm hiểu SNOMED-CT ứng dụng Cấu trúc Răng MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN ii DANH MỤC CÁC THUẬT NGƢ̃ , TƢ̀ VIẾT TẮT iv DANH MỤC CÁC HÌNH VẼ v PHẦN MỞ ĐẦU 1 Lý chọn đề tài 2 Mục đích, đố i tƣơ ̣ng, phạm vi nghiên cứu 3 Cấ u trúc luâ ̣n văn PHẦN NỘI DUNG CHƢƠNG I – TỔNG QUAN VỀ SNOMED-CT 1.1 SNOMED-CT gì? 1.2 Thành phần SNOMED- CT 12 1.3 Phân cấp SNOMED-CT 18 1.4 Cấu trúc SNOMED-CT 26 CHƢƠNG – MỘT SỐ ĐÁNH GIÁ VỀ CÁC Ƣ́NG DỤNG CỦ A WEB NGƢ̃ NGHĨA VÀ ÁP DỤNG TRONG SNOMED-CT 31 2.1 Web ngƣ̃ nghiã gì? 31 2.2 Sự cần thiết Web ngƣ̃ nghiã 34 2.3 Web ngƣ̃ nghiã các ứng dụng 35 2.4 Mô ̣t số nghiên cƣ́u biể u diễn Snomed -CT sƣ̉ du ̣ng Web ngƣ̃ nghiã 37 CHƢƠNG - ÁP DỤNG WEB NGƢ̃ NGHĨA TRONG VIỆC TÌM KIẾM 40 THUẬT NGỮ VỀ RĂNG THEO CHUẨN SNOMED -CT 40 3.1 Tìm hiểu ontology SNOMED –CT 40 3.2 Tìm hiểu các thuật ngữ thuộc Lĩnh vực Răng qua tài liệu nƣớc tham khảo ý kiến chuyên gia 46 3.3 So sánh class SNOMED-CT với cách định nghĩa Việt Nam 47 3.4 Xây dựng ontology lĩnh vực “Cấu trúc Răng” dựa SNOME-CT tài liệu lĩnh vực Răng 47 3.5 Truy vấn liệu từ Ontology Cấu trúc Răng cho viê ̣c tra cƣ́u thông tin 62 3.6 Thiế t kế phầ n mề m mơ phỏng ứng dụng tìm kiếm thuật ngữ Cấu trúc Răng 62 PHẦN KẾT LUẬN 68 Kế t quả đa ̣t đƣơ ̣c 69 Đánh giá kế t quả 69 Đánh giá ƣu điểm, nhƣợc điểm 70 So sánh các giải pháp hiê ̣n ta ̣i 70 Hƣớng phát triể n 72 TÀI LIỆU THAM KHẢO 73 75 .. .Tìm hiểu SNOMED-CT ứng dụng Cấu trúc Răng LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan: Luận văn tha ̣c si ̃ Công nghê ̣ thông tin “ Tìm hiểu Bách khoa thuật ngữ y tế SNOMED-CT ứng dụng lĩnh vực Cấu trúc Răng? ??... 2.2 67 v Tìm hiểu SNOMED-CT ứng dụng Cấu trúc Răng PHẦN MỞ ĐẦU Tìm hiểu SNOMED-CT ứng dụng Cấu trúc Răng Lý chọn đề tài Trong ngành y tế Việt Nam, nhu cầu trao đổi tìm kiếm thơng tin... Tuy nhiên, các tổ chức đa phần chọn phần SNOMED-CT để thực cho y? ?u cầu 45 Tìm hiểu SNOMED-CT ứng dụng Cấu trúc Răng 3.2 Tìm hiểu thuật ngữ thuộc Lĩnh vực Răng qua tài liệu nƣớc tham khảo y? ?