1 VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT - NGUYỄN THỊ KHUÊ NGHIÊN CỨU GIẢI TRÌNH TỰ VÙNG GEN TRONG HỆ GEN TY THỂ CỦA LOÀI SÁN LÁ RUỘT NHỎ HAPLORCHIS TAICHUI PHÂN LẬP TẠI VIỆT NAM LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC Hà Nội – 12/2013 Số hóa Trung tâm Học liệu Tai ngay!!! Ban co the xoa dong chu nay!!! http://www.lrc-tnu.edu.vn/ VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT - Nguyễn Thị Khuê Nghiên cứu giải trình tự vùng gen hệ gen ty thể loài sán ruột nhỏ Haplorchis taichui phân lập Việt Nam Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm Mã số : 60 42 01 14 LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC Ngƣời hƣớng dẫn: PGS.TS LÊ THANH HỊA Viện Cơng nghệ sinh học Hà Nội – 12/2013 Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ MỞ ĐẦU Sán ruột nhỏ nguyên nhân gây bệnh sán ruột nhỏ (haplorchiasis), bệnh kí sinh trùng lây truyền từ động vật sang người (zoonotic), phát lưu hành phổ biến nhiều nước châu Á, phần châu Phi miền Trung Nam Mỹ Các kết nghiên cứu gần dịch tễ lưu hành, phân bố sán ruột nhỏ Việt Nam, dự án FIBOZOPA Đan Mạch tài trợ, ghi nhận có lưu hành nhiều loài sán ruột nhỏ, chủ yếu Haplorchis taichui (H taichui), nguyên nhân gây bệnh sán ruột nhỏ người nhiều địa phương nước Sán ruột nhỏ H taichui có nhiều đặc điểm tương đồng hình thái, đặc tính gây bệnh lồi sán ruột nhỏ giống Haplorchis số loài sán gây bệnh khác Đây vấn đề gây nhiều khó khăn cho việc chẩn đốn, giám định, phân biệt loài sán ruột nhỏ H taichui với loài sán ruột nhỏ, dựa phương pháp hình thái học sinh lí học truyền thống Do đó, việc nghiên cứu phát thị đặc trưng loài sán ruột nhỏ H taichui so sánh với loài sán lá, đặc biệt sán ruột nhỏ, nhằm tìm nguồn gốc lây nhiễm, phục vụ cơng tác giám định, phân loại, chẩn đốn, giúp cho việc áp dụng biện pháp phòng ngừa điều trị hiệu thực cần thiết Phương pháp nghiên cứu di truyền cho phép phân tích biến đổi gen mức độ phân tử, qua đánh giá biến đổi đặc tính di truyền, bổ sung liệu có giá trị khắc phục nhược điểm phương pháp truyền thống việc giám định phân loại sinh vật Trong đó, liệu di truyền hệ gen ty thể sinh vật, sở liệu sử dụng phổ biến cho việc phân tích quan hệ họ hàng phân loại tiến hóa sinh vật, bao gồm loài ký sinh trùng Trên giới, việc sử dụng phần toàn hệ gen ty thể, làm thị phân tử chẩn đoán, giám định nghiên cứu kí sinh trùng sán ruột nhỏ nhiều nước áp dụng Ở Việt Nam, số tác giả áp dụng thị di truyền chẩn đốn, giám định nhiều lồi ký sinh trùng như: sán dây Taenia asiatica, sán phổi Paragonimus heterotremus, sán gan lớn Fasciola gigantica Đặc biệt, Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ loài sán ruột nhỏ H taichui lưu hành Việt Nam, số cơng trình bước đầu nghiên cứu sinh học phân tử sử dụng thị gen cox1, ITS-2, 16S 18S, so sánh với gen tương ứng hệ gen ty thể chủng thu nhận từ Ngân hàng gen (GenBank) để chẩn đốn phân loại thẩm định lồi Tuy nhiên, nay, chưa có liệu hệ gen ty thể hoàn chỉnh cho loài sán ruột nhỏ (heterophyid) lây truyền từ động vật sang người nói chung H taichui nói riêng, lưu hành quốc gia giới Việt Nam sở liệu Ngân hàng gen Xuất phát từ yêu cầu thực tế trên, nhằm bổ sung liệu hệ gen ty thể loài sán ruột nhỏ H taichui lưu hành Việt Nam, tiến hành đề tài: “Nghiên cứu giải trình tự vùng gen hệ gen ty thể loài sán ruột nhỏ Haplorchis taichui phân lập Việt Nam” - Đối tượng nghiên cứu: Chủng H taichui trưởng thành phân lập người Quảng Trị (Việt Nam) kí hiệu HTAQT - Mục tiêu đề tài: Giải mã phần hệ gen ty thể (chủ yếu gen cox1, 16S RNA ribosome) loài sán ruột nhỏ H taichui – loài sán động vật lây sang người (ĐVLSN) phổ biến (mẫu thu Việt Nam), phân tích so sánh đặc điểm sinh học phân tử với loài sán khác ngành sán dẹt (Platyhelminthes); ứng dụng thị ty thể thu để phát triển phương pháp chẩn đốn giám định lồi - Nội dung nghiên cứu: Thu nhận khoảng kb liệu di truyền hệ gen ty thể chứa gen mã hóa protein, gen RNA vận chuyển (tRNA), gen RNA ribosome (rRNA) phân tích trật tự xếp thành phần gen chúng hệ gen ty thể chủng HTAQT Thống kê, phân tích độ dài, trình tự nucleotide nhóm gen Phân tích so sánh trình tự nucleotide amino acid gen đại diện mã hóa cho protein (gen cox1), sán ruột nhỏ H taichui chủng HTAQT với gen tương ứng chủng đại diện lớp sán Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ Xác lập phả hệ sử dụng đoạn gen đại diện (đoạn gen cox1) hệ gen ty thể chủng sán ruột nhỏ H taichui nghiên cứu, với chủng đại diện số lồi thuộc lớp sán Xác định vị trí xếp trình tự nucleotide cấu trúc bậc (mạch thẳng) gen mã hóa cho protein, cung cấp mô cấu trúc bậc hai gen RNA vận chuyển (tRNA), loài sán ruột nhỏ H taichui chủng HTAQT Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ CHƢƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 PHÂN LOẠI VÀ DỊCH TỄ SÁN LÁ RUỘT NHỎ H TAICHUI 1.1.1 Sơ lƣợc phân loại dịch tễ sán ruột nhỏ Sán ruột nhỏ gồm nhiều họ khác thuộc Plagiorchiida (phân Opithorchiata), lớp Trematoda (lớp phụ Digenea), ngành Platyhelminthes, giới Animalia, lưu hành phổ biến nhiều quốc gia giới Trong số 70 loài sán ruột nhỏ biết ký sinh người, có tới 69 lồi sán ruột nhỏ thuộc 11 họ sán ruột nhỏ khác phát ký sinh người, đó: - Họ Heterophyidae có 31 lồi; - Họ Echinostomatidae có 21 lồi; - Họ Leicithodendriidae có lồi; - Họ Plagiorchiidae có loài; - Ba họ: Diplostomidae, Nanophyetidae Paramphistomatidae, họ có lồi; - Bốn họ: Gastrodiscidae, Gymnophallidae, Microphllidae Strigeidae, họ có lồi phát kí sinh người Đáng ý hai họ Heterophyidae Echinostomatidae, có số lồi phát kí sinh người nhiều lây truyền chủ yếu qua cá (WHO/WR, 2002) Họ Heterophyidae Odhner phát năm 1914, thường ký sinh chim, số loài động vật có vú người (Chai et al., 2007) Trong họ này, loài giống Haplorchis đặc biệt quan tâm Hiện nay, có lồi thuộc giống Haplorchis thông báo gây bệnh người, bao gồm: H taichui, H pumilio, H yokogawai, H pleurolophocerca H vanissimus (WHO/WR, 2002) H pumilio, H taichui H yokogawai ba loài gây bệnh haplorchiasis thường xuyên công bố nước châu Á bao gồm: Trung Quốc, Philippin, Thái Lan, Lào, Campuchia Việt Nam (Belizario et al., 2004; Chai et al., 2009; 2010; Dung et al., 2007; Phan et al., 2010) Loài H yokogawai phát ký sinh người Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ Philippin, Indonesia, Thái Lan, Trung Quốc Đài Loan, Katsuta vào năm 1932 H pumilio Loss phát năm 1986, phân bố lưu hành ký sinh người quốc gia: Đài Loan, Trung Quốc, Philippin, Ai Cập, Thái Lan, Australia Việt Nam (De, Le, 2011) 1.1.2 Dịch tễ học sán ruột nhỏ H taichui Sán ruột nhỏ H taichui thuộc giống Haplorchis họ Heterophyidae Nishigori phát lần vào năm 1924, ký sinh người Philippin Cho đến nay, H taichui ghi nhận lưu hành rộng rãi Thái Lan, Lào, Đài Loan, Bangladesh, Ấn Độ, Sri Lanka, Palestin, Ai Cập, I rắc, nam Trung Quốc, Malaysia Việt Nam (Dung et al., 2007; Chai et al., 2004; 2007; 2012; De, Le, 2011) Sán ruột nhỏ H pumilio Loss phát năm 1986, phân bố lưu hành ký sinh người Đài Loan, Trung Quốc, Philippin, Ai Cập, Thái Lan, Australia Việt Nam (De, Le, 2011) Điều tra quốc gia tình hình nhiễm bệnh giun sán Hàn Quốc năm 2004 cho thấy, tỉ lệ nhiễm sán gan nhỏ Clonorchis sinensis sán ruột nhỏ (Heterophyidae) tăng lên so với năm điều tra trước Tổng số người xét nghiệm phân dương tính với sán nhỏ họ Heterophyidae 228.253 người (Kim et al., 2009) Tại Lào, sán ruột nhỏ trưởng thành H taichui phát năm 1991 học sinh trường Czechslovakia (Giboda et al., 1991) Từ đến nay, tình hình nhiễm H taichui Lào ngày phổ biến Năm 2007, tỉnh Savannakhet có 67,1% người nhiễm loài sán gan nhỏ sán ruột nhỏ, nhiễm phối hợp O viverrini loài sán ruột nhỏ khác Trong tổng số 7.693 sán trưởng thành thu nhận, đa số loài H taichui, H pumilio, H yokogawai, Prosthodendrium molenkampi, Phaneropsolus bonnei, Echinostoma spp (Chai et al., 2007) Tại nghiên cứu khác hai tỉnh Lào cho thấy có 65,2% số người xét nghiệm bị nhiễm phối hợp sán gan nhỏ O viverrini với sán ruột nhỏ bao gồm loài H taichui, H pumilio, H yokogawai, Centrocestus caninus, P molenkampi, P bonnie Tiếp đó, năm 2009, nghiên cứu sử dụng phương pháp xét nghiệm phân cho thấy 62,9% người xét nghiệm (97 người) Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ nhiễm loại sán ruột nhỏ, sau điều trị tẩy đãi Sán trưởng thành thu thập bao gồm 76/97 (78,4%) H taichui, tỷ lệ nhiễm với P bonnie 22.7%, P molenkampi (14.4%), H pumilio (5.2%), H yokogawai (3.1%) Echinochasmus japonicus (3.1%) (Sayasone et al., 2009) Trong nghiên cứu Chai cộng năm 2013 Lào, cho thấy người nhiễm sán ruột nhỏ H taichui phổ biến, với tỉ lệ nhiễm cao hai tỉnh Saravane Champasak trung bình l21.565 12.079 sán/người (Chai et al., 2013) Tại Thái Lan có 14 lồi sán ghi nhận, Philippin 12 loài, Indonesia loài Malaysia loài (Waikagul, 1991) Một điều trị tổng quát phía Nam Phillippin cho thấy 36% bệnh nhân có biểu đau vùng bụng heterophyid, chủ yếu H taichui (Liu, 2012) Chính phân bố rộng rãi mà bệnh sán ruột nhỏ ngày chiếm lĩnh quan tâm cộng đồng châu Á, châu Phi Trung Nam Mỹ (Chai et al., 2009; 2010; Dung et al., 2007) H pumilio, H taichui H yokogawai ba loài gây bệnh haplorchiasis thường xuyên công bố nước châu Á bao gồm: Trung Quốc, Philippin, Thái Lan, Lào, Cambodia Việt Nam (Belizario et al., 2004; Chai et al., 2009; 2010; Dung et al., 2007; Phan et al., 2010) Tại Việt Nam, haplorchiasis ghi nhận nhiều loài sán ruột nhỏ Do tập quán ăn gỏi cá nên người bị nhiễm với tỷ lệ cao số vùng đặc hữu Tỉnh Nam Định biết đến vùng đặc hữu với tỷ lệ nhiễm sán truyền qua cá (Fish-borne zoonotic trematodes (FZT)) cao người (64,9%), mèo (70,2%) chó (56,9%) (Dung et al., 2007) Đặc biệt, có trường hợp bệnh nhân phát mang người tới 4.834 sán ruột nhỏ sán gan nhỏ (De, 2004) Chó, mèo lợn bị nhiễm sán lây truyền từ cá với tỷ lệ 13 - 38% (Skov et al., 2009; Dung et al., 2007; Van et al., 2009) Mười tám tỉnh Việt Nam, đặc biệt miền Bắc miền Trung Việt Nam xác định vùng dịch tễ cho sán ruột nhỏ Các khu vực bao gồm vùng cao nguyên cao nguyên miền núi, đồng sông Hồng, vùng đồng ven biển đồng sông Cửu Long (De, Hop, 2006) (Hình 1.1) Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ Hình 1.1 Bản đồ phân bố sán ruột nhỏ Việt Nam (Nguyễn Văn Đề cs., 2008) 1.2 ĐẶC ĐIỂM SINH HỌC SÁN LÁ RUỘT NHỎ H TAICHUI 1.2.1 Hình thái, cấu tạo Giống nhiều loài sán ruột nhỏ khác, H taichui trưởng thành có hình dẹt theo hướng lưng bụng hình trụ Kích thước thể dao động từ 0,1120 µm Cơ quan bám đặc trưng giác bám gai bám thường nằm phần trước phần sau mặt bụng Giác miệng nằm phía trước thể có đường kính khoảng 0,06 mm, giác bụng nằm lệch phía bên phải dọc trục thể nối với giác sinh dục tạo thành quan giác bụng - sinh dục Buồng trứng nằm phía trước tinh hồn, tử cung chứa đầy trứng tạo thành nhiều gấp khúc Tinh hồn lớn, nằm phía (Le et al., 2004) (Hình 1.2A) Trứng H taichui hình oval, vỏ dày, nhẵn, có nắp nhơ lên giống có vai, có mấu nhỏ phía khơng, kích thước (25-28) µm x (12-15) µm (Mishra et al., 2007) (Hình 1.2B) Trong nghiên cứu Nam Định, kích thước H taichui là: (24,2-28) µm x (12,8-16) µm; H pumilio (25,5-31,9) µm x Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 10 (12,8-17,9) µm (De Lellis et al., 2008) Trứng loài sán ruột nhỏ có hình thái kích thước gần giống nhau, kĩ thuật xét nghiệm phân thơng thường Kato Kato-Katz (Katz et al., 1972), phân biệt trứng loài sán ruột nhỏ với trứng loài sán khác (Nguyễn Văn Đề Lê Thanh Hịa, 2006) B A Hình 1.2 Sán ruột nhỏ H taichui trưởng thành (A) trứng H taichui (B) (Dung et al., 2007) Ấu trùng (metaceraria) H taichui có hình elip có kích thước (0,19-0,22) x (0,16-0,19) mm, giống bóng chày (Hình 1.3A) Bộ phận sinh dục phần bụng có 11-19 hạt kitin hệ tiết hình bầu dục, gọi túi sinh dục – bụng (ventrogenital) Bộ phận chiếm khoảng không gian lớn nằm phía (Rim et al 1.3B) Hình 1.3 Ấu trùng H taichui (Rim et al., 2008) (A): Ấu trùng H taichui phát cá nước Lào; (B): Hình phóng to túi ventrogenital hình găng tay (mũi tên hình A) Ghi chú: OS (oral sucker): giác miệng, EB (excretory bladder): phận tiết Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 60 Hình 3.9 Cấu trúc bậc hai tRNA H taichui Ghi chú: A: tRNA-Thr; B: tRNA-Trp Kết hình 3.9A hình 3.9B cho thấy: - Cấu trúc bậc hai tRNA có cấu trúc điển hình ”lá sồi” (clove-leaf), đặc trưng phù hợp với chức vận chuyển amino acid tRNA - Mỗi tRNA đầy đủ có cấu trúc (hay cịn gọi cánh tay) (tính từ đầu 5'): + Cánh tay amino acid (amino acid arm): Gồm cặp nucleotide bắt cặp hồn chỉnh khơng hồn chỉnh tạo nên “kẹp tóc” (hairpin); đầu 3‟ cuối nhô nucleotide Vùng tiếp nhận amino acid đoạn mạch thẳng gồm nucleotide; tRNA-Thr vận chuyển Threonine CACCCUCU; tRNA-Trp vận chuyển Tryptophane GUUUGUUG (Hình 3.9A,B) + Cánh tay DHU, dihydrouridine arm (DHU-arm): có “kẹp tóc” gồm nucleotide bắt cặp “vòm” (DHU-loop) dài ngắn khác nhau, chức nhận biết aminoacyl-tRNA synthetase; + Cánh tay anticodon (đối mã) (Anticodon arm): có “kẹp tóc” gồm nucleotide bắt cặp “vòm” (anticodon-loop) đối xứng chứa đối mã gồm nucleotide với mã amino acid mà tRNA vận chuyển Ví dụ: Ở tRNA-Thr (Threonin), có đối mã UGU vận chuyển Threonin (bộ mã: ACA) (Hình 3.9A) Vịng anticodon đọc mã mRNA (RNA thông tin) kết cặp anticodoncodon (theo nguyên tắc bổ sung) có thay đổi linh hoạt tRNA vận chuyển amino acid khác nhau: tRNA-Thr anticodon ba nucleotide UGU, tRNA-Trp UCA; + Cánh tay TPsiC (TΨC, (Psi, pseudouridine): có “kẹp tóc” gồm 2-4 nucleotide bắt cặp “vịm” (TΨC-loop) dài ngắn khác nhau, nhận biết ribosome; Các kết chứng tỏ, tRNA chủng sán ruột nhỏ HTAQT thuộc loài H taichui nghiên cứu này, có cấu trúc xếp giống với tRNA Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 61 lồi sán dẹt Điều có ý nghĩa suy đoán cấu trúc xếp tRNA có giống lồi sán dẹt Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 62 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ KẾT LUẬN Chuỗi nucleotide hệ gen ty thể chủng sán ruột nhỏ HTAQT, phân lập người Quảng Trị (Việt Nam), có kích thước 2.876 bp thu nhận lưu giữ DNA plasmid tái tổ hợp Trật tự xếp độ dài gen mã hóa protein gen mã hóa cho RNA vận chuyển vùng nghiên cứu với thứ tự xếp liên tục là: i) 48 nucleotide cuối gen nad3 mã hóa cho NADH dehydrogenase subunits 3; ii) 60 nucleotide tRNA-Ser (trnS1); iii) 64 nucleotide tRNA-Trp (trnW); iv) 1542 nucleotide gen cox1 mã hóa cho cytochrome coxidase subunits 1; v) 64 nucleotide tRNA-Thr (trnT); vi) 980 nucleotide RNA ribosome (rrnL hay 16S rRNA) mã hóa cho tiểu phần ribosome loại lớn (L)); vii) 62 nucleotide tRNA-Cys (trnC); viii) 46 nucleotide gen RNA ribosome S (rrnS hay 12S rRNA) mã hóa cho tiểu phần ribosome loại nhỏ (S)) Trình tự nucleotide phần gen mã hóa protein cox1 (351bp) chủng HTAQT có mức độ tương đồng cao (98%-100%), với trình tự tương ứng chủng loài H taichui Mức độ tương đồng thấp đạt 67-80%, so với trình tự tương ứng chủng thuộc loài S falcatus, C sinensis, O viverrini, F gigantica, F hepatica, P ohirai, P westermani P heterotremus Chủng sán ruột nhỏ HTAQT thuộc lồi H taichui, có vị trí phân loại xác định: Eukaryota; Metazoa; Platyhelminthes; Trematoda; Digenea; Opisthorchiida; Opisthorchiata; Heterophyidae; Haplorchis; Haplorchis taichui KIẾN NGHỊ Cần giám định sàng lọc thêm nhiều chủng sán ruột nhỏ phân lập Việt Nam, để tìm hiểu điều tra dịch tễ lây nhiễm loài sán ruột nhỏ nhằm bổ sung liệu sán ruột nhỏ Việt Nam Tiếp tục giải trình trình tự tồn hệ gen ty thể loài H taichui phân lập Việt Nam để so sánh với chủng giống Haplorchis, họ Heterophyidae gây bệnh sán ruột nhỏ truyền lây người động vật Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 63 Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 64 CÁC CƠNG TRÌNH KHOA HỌC ĐÃ CƠNG BỐ 1- Nguyễn Thị Bích Nga, Nguyễn Thị Khuê, Lê Thanh Hòa, Nguyễn Văn Đề (2011) Xây dựng kit PCR đa mồi phát hai loài (multiplex-PCR) sán gan nhỏ Clonorchis sinensis Opisthorchis viverrini Việt Nam Tạp chí Y họcthực hành, 783(9): 30-32 2- Nguyễn Văn Đề, Nguyễn Thị Khuê, Lê Thanh Hịa (2011) Tính lai chéo ngược mẫu sán gan lớn Fasciola sp thu nhận bệnh nhân Nghệ An Tạp chí Nghiên cứu y học, 76(5): 34-40 3- Nguyễn Thị Khuê, Hoàng Thị Minh Châu, Nguyễn Văn Đề Lê Thanh Hòa (2012) Thiết kế thử nghiệm kit Triplex-PCR phân biệt ba loài sán dây (Taenia asiatica; T saginata T solium) gây nhiễm người Việt Nam Tạp chí Cơng nghệ Sinh học, 10(1): 1-6 4- Le TH, Nguyen TK, Nguyen TBN, Doan TTH, Le TKX, Hoang TMC, De NV (2012) Development and evaluation of a single step multiplex PCR for simultaneous detection of Fasciola hepatica and Fasciola gigantica (Fasciolidae; Trematoda; Platyhelminthes) Journal of Clinical Microbiology, 50(8): 2720-2726 (ISSN: 0022-3395) 5- Nguyễn Thị Khuê, Đỗ Thị Roan, Hoàng Thị Minh Châu, Lê Thanh Hòa (2013) Xây dựng thử nghiệm kit duplex-PCR phân biệt hai loài sán phổi P heterotremus P ohirai châu Á Tạp chí Y học Việt Nam, 410(2): 18-23 Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 65 TÀI LIỆU THAM KHẢO TIẾNG VIỆT Nguyễn Văn Đề, Lê Thanh Hoà, Nguyễn Văn Chương (2004) So sánh chuỗi gen COX1 hệ gen ty thể sán gan bé Clonorchis sinensis Opisthorchis viverrini người Việt Nam Tạp chí Y Dược học quân 29(5):14-18 Nguyễn Văn Đề, Lê Thanh Hòa, Nguyễn Thị Hợp (2006) Xác định loài sán ruột nhỏ (samll intestinal flukes) ký sinh người Việt Nam Tạp chí Y học thực hành 553(9):65-68 Nguyễn Văn Đề, Lê Thanh Hoà Jong-Yil Chai (2008) Sán ruột ký sinh người Việt Nam Bản trình chiếu PowerPoint Hội nghị Quốc tế lần thứ XVII Bệnh sốt rét Y học Nhiệt đới (ICTM), Jeju, Hàn Quốc 29/93/10/2008 Lê Thanh Hòa (2002) Sinh học phân tử: ngun lí ứng dụng, Viện Cơng nghệ sinh học - Viện Khoa học Công nghệ Việt Nam Lê Thanh Hoà, Nguyễn Văn Chương, Nguyễn Văn Đề, Paiboon Sithithaworn, Nguyễn Bích Nga, Triệu Nguyên Trung, Lê Khánh Thuận (2003) Thơng báo kết giám định lồi sán gan bé Opisthorchis viverrini thu nhận An Mỹ (Tuy Hoà, Phú Yên), từ khoa học Sinh học phân tử đến sống chăm sóc sức khoẻ Báo cáo khoa học Hội nghị Sinh học phân tử Hố sinh tồn quốc 319-324 Lê Thanh Hịa (2007) Chỉ thị di truyền phân tử sử dụng giám định, chẩn đoán, phân loại, phả hệ, dịch tễ học di truyền quần thể ký sinh trùng Tạp chí Y học thành phố Hồ Chí Minh, 11(PB2):9-14 Hồng Trọng Phán, Đỗ Quý Hai (2008) Giáo trình Nucleic acid NXB Đại học Huế (145tr):69-71 Kim Văn Vạn, Lê Thanh Hịa, Nguyễn Văn Đề, Nguyễn Thị Bích Nga, Nguyễn Thị Tuyết Nhung, Anders Dalgaard (2007) Giám định sán ruột nhỏ Haplorchis taichui H pumilio sử dụng thị ITS-2 (INTERNAL TRANSCRIBED SPACER) Tạp chí Y học thực hành 11(2):104-110 Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 66 TIẾNG ANH Belizario VY Jr, de Leon WU, Bersabe MJ, Purnomo, Baird JK, Bangs MJ (2004) A focus of human infection by Haplorchis taichui (Trematoda, Heterophyidae) in the southern Philippines The J Parasitol 90(5):1165–9 10 Bessho Y, Ohama T, Osawa S (1992) Planarian mitochondrial I Heterogeneity of cytochrome c oxidase subunit I gene sequences in the freshwater planarian, Dugesia japonica J Mol Evol 34(4):324-330 11 Blouin MS (2002) Molecular prospecting for cryptic species of nematodes: mitochondrial DNA versus internal transcribed spacer Int J Parasitol 32:527531 12 Boore JL (1999) Animal mitochondrial genomes Nucleic Acids Res 27(8):1767-1780 13 Chai JY, Park JH, Han ET, Shin EH, Kim JL, Guk SM, Hong KS, Lee SH, Rim HJ (2004) Prevalence of Heterophyes nocens and Pygidiopsis summa infections among residents of the western and southern coastal islands of the Republic of Korea Am J Tro Med Hyg 71:617-622 14 Chai JY, Murrell KD, Lymbery AJ (2005) Fish-borne parasitic zoonoses: Status and issues Int J Parasitol 35:1233–1254 15 Chai JY, Han ET, Guk SM, Shin EH, Sohn WM, Yong TS, Eom KS, Lee KH, Jeong HG, Ryang YS, Hoang EH, Phommasack B, Insisiengmay B, Lee SH, Rim HJ (2007) High prevalence of liver and intestinal fluke infections among residents of Savannakhet Province in Laos Korean J Parasitol 45(3):213-8 16 Chai JY, Shin EH, Lee SH, Rim HJ (2009) Foodborne intestinal flukes in Southeast Asia Korean J Parasitol 47: Supplement: S69-S102 17 Chai JY, Yong TS, Eom KS, Min DY, Shin EH, Banouvong V, Insisiengmay B, Insisiengmay S, Phommasack B, Rim HJ (2010) Prevalence of the intestinal flukes Haplorchis taichui and H yokogawai in a mountainous area of Phongsaly Province, Lao PDR Korean J Parasitol 48(4):339-42 Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 67 18 Chai Jong Yil, Nguyen Van De and Woon-Mok Sohn (2012) Foodborne Trematode Metacercariae in Fish from Northern Vietnam and Their Adults Recovered from Experimental Hamsters Korean J Parasitol 50(4):317-325 19 Chai JY, Yong TS, Eom KS, Min DY, Jeon HK, Kim TY, Jung BK, Sisabath L, Insisien B, Phommasack B, Rim HJ (2013) Hyperendemicity of Haplorchis taichui infection among riparian people in Saravane and Champasak province, Lao PDR Korean J Parasitol 51(3):305-11 20 Chuboon Suksan, Wongsawad Chalobol and Wongsawad Pheravut (2013) Molecular Identifcation of Trematode, Haplorchis taichui Cercariae (Trematoda: Heterophyidae) in Tarebia granifera Snail Using ITS2 Sequences Journal of Yala Rajabhat University 8(1):22-30 21 De Lellis L, Curia MC, Veschi S, Aceto GM, Morgano A, Cama A (2008) Methods for routine diagnosis of genomic rearrangements: multiplex PCRbased methods and future perspectives Expert Rev Mol Diagn 8(1):41-52 22 De NV (2004) Fish-borne Trematodes in Vietnam Se Asian J Trop Med 35 (Suppl 1):299–301 23 De NV, Hop NT (2006) Small intestinal fluke Heterophyidae and Echinostomatidae infection in human in Vietnam J Med Parasitol 3:31–33 24 De NV, Murrell KD, Cong LD, Cam PD, Chau LV, Toan ND, Dalsgaard A (2003) The Food-borne Trematode zoonoses of Vietnam Se Asian J Trop Med 34 Suppl 1:12-34 25 De NV, Le TH (2011) Human infections of fish-borne trematodes in Vietnam: prevalence and molecular specific identification at an endemic commune in Nam Dinh province Exp Parasito 129(4):355-361 26 Dung DT, Hop NT, Thaenkham U, Waikagul J (2013) Genetic differences among Vietnamese Haplorchis taichui populations using the COI genetic marker J Helminthol 87(1):66-70 27 Dung DT, Van De N, Waikagul J, Dalsgaard A, Chai JY, Sohn WM, Murrell KD (2007) Fishborne zoonotic intestinal trematodes, Vietnam Emerg Infect Dis 13(12):1828-1833 Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 68 28 Faust EC, Nishigori M (1926) The life cycles of two new species of Heterophyidae parasitic in manmals and birds J Parasitol 13:91-131 29 Fleming C (1999) House dust allergy J Allergy Clin Immunol 11(2):43-48 30 Giboda M, Ditrich O, Scholz T, Viengsay T, Bouaphanh S (1991) Human Opisthorchis and Haplorchis infections in Laos Trans R Soc Trop Med Hyg 85:538-540 31 Hop Nguyen Thi, Nguyen Van De, Darwin Murrell, Anders Dalsgaard (2007) Occurrence and species distribution of fishborne zoonotic trematodes in wastewater-fed aquaculture in northern Vietnam Trop Med Int Health 12(2):66–72 32 Hu M, Gasser RB (2006) Mitochondrial genomes of parasitic nematodes progress and perspectives Trends Parasitol 22(2):78-84 33 Katz N, Chaves A, Pellegrino J (1972) A simple device for quantitative stool thick smear technique in schistosomiasis mansoni Rev Inst Med Tropl de São Paulo 14:397–400 34 Keiser J, Utzinger J (2009) Food-Borne Trematodiases Clin Microbiol Rev 22(3):466–483 35 Kim TS, Cho SH, Huh S, Kong Y, Sohn WM, Hwang SS, Chai JY, Lee SH, Park YK, Oh DK, Lee JK (2009) Working Groups in National Institute of Health; Korea Association of Health Promotion A nationwide survey on the prevalence of intestinal parasitic infections in the Republic of Korea, 2004 Korean J Parasitol 47(1):37-47 36 Kitade Y, Ootsuka S, Iitsuka O, Saga N (2003) Effect of DMSO on PCR of Porphyra yezoensis (Rhodophyta) gene J Appl Phycol 15: 555–557 37 Kumchoo K, C Wongsawad, P Vanittanakom, JY Chai, and A Rojanapaibul1 (2007) Effect of niclosamide on the tegumental surface of Haplorchis taichui using scanning electron microscopy J of Helminthol 81:329–337 38 Kuroiwa T, Nishida K, Yoshida Y, Fujiwara T, Mori T, Kuroiwa H, Misumi O (2006) Structure, function and evolution of the mitochondrial division apparatus Biochim Biophys Acta 1763(5-6):510-521 Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 69 39 Le TH, Blair D, McManus DP (2000) Mitochondrial genomes of human helminths and their use as markers in population genetics and phytogeny Acta Trop 77:243-256 40 Le TH, Blair D, McManus DP (2001) Complete DNA sequence and gene organization of the mitochondrial genome of the liver fluke, Fasciola hepatica L (Platyhelminthes; Trematoda) Parasitology 123:609-621 41 Le TH, Blair D, McManus DP (2002) Mitochondrial genomes of parasitic flatworms Trends Parasitol 18(5):206-213 42 Le TH, Blair D, McManus DP (2004) Codonusage and bias in mitochondrial genome of platyhelminths Korean J Parasitol 42(4):159-167 43 Le TH, De NV, Agatsuma T, Blair D, Vercruysse J, Dorny P, Nguyen TGT, McManus DP (2007) Molecular confirmation that Fasciola gigantica can undertake aberrant migrations in human hosts J Clin Microbiol 45(2):648-650 44 Liu DY (2012) Molecular detiection of human parasitic pathogens 379 – 387 45 Lowe TM and Eddy SR (1997) tRNAscan-SE: a program for improved detection of transfer RNA genes in genomic sequence Nucleic Acids Res 25(5):955-964 46 Mishra K, Raj DK, Hazra RK, Dash AP, Supakar PC (2007) The development and evaluation of a single step multiplex PCR method for simultaneous detection of Brugia malayi and Wuchereria bancrofti Mol Cell Probes 21(5-6):355-62 47 Nicholas KB and HB Nicholas (1999) GeneDoc: a tool for editing and annotating multiple sequence alignments Distributed by authors 48 Nissen S, Thamsborg SM, Kania PW, Leifsson PS, Dalsgaard A, Johansen MV (2013) Population dynamics and host reactions in young foxes following experimental infection with the minute intestinal fluke, Haplorchis pumilio Parasit Vectors 6:4 49 O‟Brien EA, Zhang Y, Yang L, Wang E, Marie V, Lang BF, Burger G (2009) GOBASE: an organelle genome database Nucleic Acids Res 37(Database issue): D946-D950 Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 70 50 Okimoto R, Wolstenholme DR (1990) A set of tRNAs that lack either the Tpsi C arm or the dihydrouridine arm, towards a minimal tRNA adaptor EMBO J 9:3405-3411 51 Ozawa T (1995) Mechanism of somatic mitochondrial DNA mutations associated with age and diseases Biochim Biophys Acta 1271(1):177-189 52 Phan VT, Ersbøll AK, Nguyen KV, Madsen H, Dalsgaard A (2010) FarmLevel Risk Factors for Fish-Borne Zoonotic Trematode Infection in Integrated Small-Scale Fish Farms in Northern Vietnam PLoS Negl Trop Diseases 4(7): e742 53 Rim HJ, Sohn WM, Yong TS, Eom KS, Chai JY, Min DY, Lee SH, Hoang EH, Phommasack B, Insisiengmay S (2008) Fishborne trematode metacercariae detected in freshwater fish from Vientiane Municipality and Savannakhet Province, Lao PDR Korean J Parasitol 46(4):253-260 54 Saccone BC, De Giorgi C, Gissi C, Pesole G, Reyes A (1999) Evolutionary genomics in Metazoa: the mitochondrial DNA as a model system Gene 238(1):195-209 55 Saenphet S, Wongsawad C, Saenphet K, Rojanapaibul A, Vanittanakom P, Chai JY (2008) Haplorchis taichui: worm recovery rate and immune responses in infected rat (Rattus norvegicus) Exp Parasitol 120(2):175-179 56 Sayasone S, Tesana S, Utzinger J, Hatz C, Akkhavong K, Odermatt P (2009) Rare human infection with the trematode Echinochasmus japonicus in Lao PDR Parasitol Int 58(1):106-9 57 Scholz T, Ditrich O, Giboda M (1990) Larval stages of medically important flukes (Trematoda) from Vientiane Province, Laos Part I Metacercariae Ann Parasitol Hum Comp 65(5-6):238-243 58 Skov J, Kania PW, Dalsgaard A, Jørgensen TR, Buchmann K (2009) Life cycle stages of heterophyid trematodes in Vietnamese freshwater fishes traced by molecular and morphometric methods Vet Parasitol 160(1-2):66-75 59 Sukontason K, Piangjai S, Sukontason K, Chaithong U (1999) Potassium permanganate staining for differentiation the surface morphology of Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 71 Opisthorchis viverrini, Haplorchistaichui and Phaneropsolus bonnei eggs Se Asian J Trop Med 30(2):371-4 60 Tamura K, Peterson D, Peterson N, Stecher G, Nei M, and Kumar S (2011) MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis using Maximum Likelihood, Evolutionary Distance, and Maximum Parsimony Methods Mol Biol Evol 28:2731-2739 61 Telford MJ, Herniou EA, Russell RB, Littlewood DT (2000) Changes in mitochondrial genetic codes as phylogenetic characters: two examples from the flatworms Proc Natl Acad Sci USA 97(21):11359-11364 62 Tesana S, Srisawangwonk T, Kaewkes S, Sithithaworn P, Kanla P, Arunyanart C (1991) Eggshell morphology of the small eggs of human trematodes in Thailand Se Asian J Trop Med 22(4):631-6 63 Thaenkham U, Dekumyoy P, Komalamisra C, Sato M, Dung T, Waikagul J (2010) Systematics of the subfamily Haplorchiinae (Trematoda: Heterphyidae), based on nuclear ribosomal DNA genes and ITS2 region Parasitol Int 59(3):460-5 64 Thaenkham U, Visetsuk K, Dung T, Waikagul J (2007) Discrimination of Opisthorchis viverrini from Haplorchis taichui using COI sequence marker Acta Trop 103(1):26-32 65 Thien PC, Dalsgaard A, Thanh BN, Olsen A, Murrell KD (2007) Prevalence of fishborne zoonotic parasites in important cultured fish species in the Mekong Delta, Vietnam Parasitol Res 101(5): 1277-84 66 Thu ND, Dalsgaard A, Loan LTT and Murrell KD (2007) Survey for zoonotic liver and intestinal trematode metacercariae in cultured and wild fish in An Giang Province, Vietnam Korean J Parasitol 45(1):45-54 67 Van KV, Dalsgaard A, Blair D, Le TH (2009) Haplorchis pumilio and H taichui in Vietnam discriminated using ITS-2 DNA sequence data from adults and larvae Exp Parasitol 123(2):146-51 Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 72 68 Velasquez CC (1982) Heterophyidiasis, In Steele JH Ed, CRC Handbook Series in Zoonoses, Section C: Parasitic Zoonoses, Vol III (Trematode Zoonoses) Boca Raton 99-107 69 Waikagul J (1991) Intestinal fluke infections in Southeast Asia Se Asian J Trop Med 22(Suppl):158-62 70 Watthanakulpanich D, Waikagul J, Maipanich W, Nuamtanong S, Sanguankiat S, Pubampen S, Praevanit R, Mongkhonmu S and Nawa Y (2010) Haplorchis taichui as a possible etiologic agent of irritable bowel syndrome-like symptoms Korean J Parasitol 48:225–229 71 WHO/WR (2002) Food-borne trematode infections in Asia Report of the Joint WHO/FAO workshop, Hanoi, 26-28/11/2002 72 Yamaguti S Part I (1958) The digenetic trematodes of vertebrates In Systema Helminthum Interscience Publishers Inc Vol I:1-979 73 Zhang D X, Hewitt GM (1997) Insect mitochondrial control region: a review of its structure, evolution and usefulness in evolutionary studies Biochem Syst Eco 25:99-120 TÀI LIỆU INTERNET http://www.dpd.cdc.gov/dpdx/HTML/Heterophyiasis.htm http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 73 PHỤ LỤC Phụ lục 1: Tên tên viết tắt 20 loại amino acid TT Tên amino acid Tên viết tắt (3 ký tự) Tên viết tắt (1 ký tự) TT Tên amino acid Tên viết tắt (3 ký tự) Tên viết tắt (1 ký tự) Alanine Ala A 11 Leucine Leu L Arginine Arg R 12 Lysine Lys K Asparagine Asn N 13 Methionine Met M Aspartic acid Asp D 14 Phenylalanine Phe F Cysteine Cys C 15 Proline Pro P Glutamine Gln Q 16 Serine Ser S Glutamic acid Glu E 17 Threonine Thr T Glycine Gly G 18 Tryptophan Trp W Histidine His H 19 Tyrosine Tyr Y 10 Isoleucine Ile I 20 Valine Val V Phụ lục 2: Bảng mã di truyền (Trematode Mitochondrial Code) AAs = FFLLSSSSYY**CCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIMMTTTTNNNKSSSSVVVVAAAADDEEGGGG Starts = -M -M -Base1 = TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG Base2 = TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG Base3 = TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG TTT F Phe TTC F Phe TTA L Leu TTG L Leu TCT S Ser TCC S Ser TCA S Ser TCG S Ser TAT Y Tyr TAC Y Tyr TAA * Ter TAG * Ter TGT C Cys TGC C Cys TGA W Trp TGG W Trp CTT L Leu CTC L Leu CTA L Leu CTG L Leu CCT P Pro CCC P Pro CCA P Pro CCG P Pro CAT H His CAC H His CAA Q Gln CAG Q Gln CGT R Arg CGC R Arg CGA R Arg CGG R Arg ATT I Ile ACT T Thr AAT N Asn AGT S Ser ATC I Ile ACC T Thr AAC N Asn AGC S Ser ATA M Met ACA T Thr AAA N Asn AGA S Ser ATG M Met i ACG T Thr AAG K Lys AGG S Ser GTT V Val GTC V Val GTA V Val GTG V Val i GCT A Ala GCC A Ala GCA A Ala GCG A Ala GAT D Asp GAC D Asp GAA E Glu GAG E Glu GGT G Gly GGC G Gly GGA G Gly GGG G Gly Nguồn: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 74 Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/